日本侵略者于6月17日举行“始政”仪式，之前已派日军越过淡水河，向新竹推进。新竹原本并无防营驻扎，防务空虚。台北陷落前，林朝栋所部傅德升、谢天德北上驰援，抵达新竹。义军吴汤兴、姜绍祖、胡嘉猷、徐骧、邱国霖等部，以及前台湾镇总兵吴光亮1个营，提督首茂林和傅宏禧各二营，亦汇集新竹，“是日不期而会者万人，遍山漫野”。[209]6月11日，众人公推义民统领吴汤兴为首领，祭旗誓师，准备北上收复台北。众人立约法数章，以鼓为号，协同作战，并约接济粮食费用。次日，吴汤兴发布公告，号召民众奋起抗敌。[210]13日，吴汤兴率军自大湖口出发。[211]
前此一日，台北的日军预备南下。为摸清新竹的情况，派出一个中队沿铁路前往侦察，沿途强征台民为夫役搬运辎重。14日，日军途经崩坡时，获知新竹有不少清军活动，便让担任后援的另一中队进驻中坜待命。为进一步了解清军动向，河村参谋带了十来人留在崩坡继续侦察，独自行进。他们在杨梅坜遭到北上义军的围击，待突围至大湖口火车站与侦察中队汇合，发现后路已经被义军截断。此时，大湖口已成抗日义军的前哨据点，也是日军进入新竹的必经之地。徐骧、吴汤兴、姜绍祖率部自东、西两面对进犯大湖口的日军发起攻击，一时枪声大作，“弹如雨下”，日军几度突围未果，直至16日才成功脱困，回到头亭溪与后援汇合，又退至中坜待命。[212]
日军根据侦察中队的报告，认为义军正在集结，决定迅速占领新竹，以瓦解台民的抗日信心。[213]6月19日，日军派出步兵第2联队第1大队及第8中队、骑兵1小队、炮兵1中队，以及装备先进的第4机关炮队编成一个支队，1000余人，由第2联队队长坂井大佐指挥，从台北向新竹出发，途中又收编了第1大队本部及第1、第4中队。21日晨，日军抵达杨梅坜附近，遭到小股义军的伏击。义军利用有利地形，射击日军的骑兵小队。日军分兵作战，试图夹击义军。义军渐不支，被迫撤离。日军逼近大湖口时，沿路义军依靠房屋与树木掩护，顽强抵抗。日军虽调来炮兵增援，仍无法奏效，只好放弃进攻。22日，日军留下第2中队担任警戒，其余部队继续向新竹挺进。当日，日军击退枋寮社、安溪社的义军，11时30分攻到新竹城外，新竹县知县王国瑞、游击廖榕盛未战先逃，居民闭城待援。日军派工兵打开城门，占领新竹城。[214]
新竹城虽然陷落，周边的义军仍然坚持抗敌，除了苗栗、大湖口等处抗日义军重要据点，新竹至台北的交通线也还在义军控制之中，桃仔园以西至新竹之间的联系一度陷于断绝状态。[215]义军不时在新竹城附近骚扰日军，他们破坏铁道，割断电线，袭击哨岗，并伺机反攻新竹城，给日军造成很大的威胁。[216]6月23日，300多名义军从东西南三面突袭中坜兵站，激战4个半小时。日军惊叹，自中日开战以来，虽在大陆设过不少兵站，但从未遭受如此猛烈的攻击，[217]足见抗日义军抗敌之决心与勇气。6月24日，日军一个骑兵小队在侦察途中，再遭义军攻击，小队长和一名士兵被打死。接着，义军又巧妙地避开日军的反扑，这种避重就轻的游击战术，令日军十分头痛。6月25日，为了扫荡新竹附近的义军，日军坂井大佐命令步兵第一中队携带两门机关炮清剿枋寮社附近的义军，遭到顽强的抵抗，未达到目的，此刻又传来新竹前哨遭到数百名义军攻击的讯息，不得已班师回援。如此反复遭到袭击，日军疲于应付。当听说义军以龙潭坡为据点，正准备大举进攻桃仔园街，驻守头亭溪的第3中队主动撤回中坜，收缩防线，同时向台北求援。
义军的英勇顽强大出日人意料，“其彪悍者，与闻一炮声而逃跑之清军相比，不可同日而语”。[218]接到中坜方面的警报，近卫师团长赶忙在23、24日命令第一联队第1、6中队前去增援。不过台北成内外传言义军将攻打台北，给日军很大的压力，难以分出更多兵力支援新竹。24日，桦山资纪勉强从驻守基隆的比志岛混合支队分出一部分交给近卫师团。26日，近卫师团长命令三木少佐统一指挥新竹沿线的日军，力图肃清义军的反抗。三木少佐经过侦察，认为驻扎在中坜东南安平镇的胡嘉猷部是义军主力，便于6月28日率部大举强攻安平。义军依靠坚固的房屋顽强抵抗，日军虽动用了火攻等各种手段，都无法占领安平，被迫撤回中坜。7月1日，日军再度出击，此番配备了炮兵、工兵，沿路烧毁附近民宅，围困义军。胡嘉猷率军沉着应战拼死抵抗，坚守一日。临近黄昏，日军死伤30余人，仍未能攻下安平，不得已撤回中坜。[219]胡嘉猷则因水井被毁，义军饮水困难，决定趁夜突围，撤至龙潭陂，弃守安平。[220]7月6日，日军第三次进攻安平，但在那里除了找到失踪士兵的尸体，已然成空城，气急败坏的日军焚毁了安平镇泄愤。
与此同时，吴汤兴也在筹划大规模的反攻，鉴于日军装备优良，他认为必须集中各路义军的力量，才能与之抗衡。台湾府知府黎景崧也召集了台湾、彰化、云林、苗栗四县官绅组织的“新楚军”，由副将杨载云统领，与吴汤兴所率义军配合作战。经过周密的安排，7月9日夜，[221]在吴汤兴的指挥下，抗日军兵分三路，自头份进攻新竹城：新楚军傅德星、陈澄波分攻东、西门、吴汤兴攻南门，杨载云继后策应，姜绍祖、徐骧跟进。日军也听到新竹即将受到袭击的传言，派兵出城侦察。10日晨，双方在新竹东南的十八尖山遭遇，吴汤兴率队迎击，杨载云、傅德星分两翼夹攻，日军不敌后退。[222]义军占领了十八尖山及虎头山一带高地，炮击新竹城。日军凭借火力优势，出城迎击。双方激战半日，义军渐渐不支，被迫撤退。陈澄波、徐骧的进攻也分别受阻。午后，姜绍祖率百余人突袭新竹车站，被日军三面包围，苦战未果，战死50余人，其余被俘。姜绍祖被俘后，寻隙逃出。[223]
义军第二次反攻新竹失败后，仍以新竹东南的尖笔山为根据地，坚持在新竹地区活动。他们在赤崁头至香山坑南面高地一带修筑工事，加紧备战。[224]中日双方小规模冲突不断。7月25日午夜，吴汤兴、杨载云率千余名义军再度对新竹前哨发起猛烈冲击，从三面包围日军。战斗一直持续到上午8时，“长达三千余米的战线上，枪声、炮声一度非常激烈”。[225]日军凭借优势炮火，又一次击退了义军。这样的战斗，一直持续到8月上旬。义军的失败，除了兵力分散、武器落后以及缺乏统一指挥外，内部不合也是重要原因。(www.xing528.com)
几番激烈交锋后，桦山资纪深感到台民抗日实力不可轻视，为了稳定台北局势，决定重新布置作战路线，放弃从海上直接进攻台南的计划，改从陆路南进。[226]他将派往台南的增援部队调回台北，与近卫师团会合，加上混合旅团，组成一支强大的力量。同时，向日军大本营请求支援。7月3日，桦山资纪命令近卫师团先行扫荡台北、新竹附近的抵抗力量，消除南进的后顾之忧。当时在龙潭坡附近活动的胡嘉猷部成为日军的首要目标。山根少将、坊城少佐、今田大尉分别率领三支部队，分三路向龙潭坡进发，力图打通前往苗栗的道路。
7月12日，坊城大队沿大嵙崁溪两岸行进，经枋桥街到三角涌宿营。今田大尉率领的第7中队跟随大队出发，经海山口、树林庄到二甲九庄露营。次日凌晨，500余名义军从四面包围今田中队，猛烈射击。今田中队仓皇应战，直到黄昏才寻机朝桃仔园方向突围，前往龙潭坡与山根支队会合。13日，坊城大队在自三角涌至大嵙崁的山谷当中，遭到江国辉、廖运藩、李光飚、吕建邦、简玉和等大嵙崁义军的截击；三角涌义军也在苏力、苏俊、陈小埤的率领下攻击日军后卫；黄晓潭、郑西风、刘大容等人出乌涂窟攻击日军背部，附近义军也纷纷前来助阵，总计义军不下5000余人。[227]坊城大队腹背受敌，进退维谷，陷入苦战。激战三昼夜，粮饷用尽，陷于绝境。直到山根支队占领大嵙崁，义军南移，才得以侥幸解困。与此同时，另一支日军运粮护卫队在三角涌附近被歼灭。[228]
14日，山根少将亲率支队主力进犯龙潭坡，用炮火摧毁了义军的阵地，胡嘉猷战死。[229]接着，于16日大举进攻大嵙崁，江国辉、吕建邦、简玉和等首领率军回师应战。日军坚壁清野，烧毁民宅，使义军失去有利的屏障，难以抵挡日军的进攻。此时，听到己方炮火声音的坊城大队也全力往大嵙崁方向突围，[230]义军前后受敌，处境更加艰难。此战江国辉被俘，吕建邦负伤，义军终被冲散。[231]大嵙崁落入敌手。
日军付出十分惨重的代价才占领大嵙崁、三角涌，这迫使桦山资纪与北白川能久决定分二期实施更彻底的“扫攘计划”，进行全面的焦土政策。7月17日，桦山资纪下达扫荡命令，根据山根支队的报告，判断义军主力应在三角涌一带，决定先集中兵力扫荡台北、基隆之间铁路线以南大嵙崁河孟地区。近卫师团组建山根、内藤、松原三个支队，专门负责扫荡任务。7月22日，山根支队从大嵙崁向三角涌出发，在炮队的掩护下从四面围剿三角涌地区的义军，沿途放火烧毁村落、市街，大肆屠杀无辜乡民。在优势敌人面前，元气大损的义军虽有零星抵抗，未能给日军造成很大的障碍。24日，山根支队返回大嵙崁。山根支队进犯三角涌的当天，内藤支队从大嵙崁左岸出发，在打类坑附近高地遭到义军的抵抗，双方相持一日。23日，日军增援火炮抵达，同时受到见山根支队占领三角涌的鼓舞，士气大振，冲入义军阵地占领高地。接着向海山口方向前进，沿途焚毁民宅千余间。松原支队亦于22日自台北出发，沿大嵙崁溪右岸搜索前进，烧毁村落，任意杀害乡民。23日，占领土城庄后，当地即成废墟。日军此番扫荡，屠杀上千乡民，烧毁民屋数千间，三角涌附近数里内不见人烟。[232]
接着，近卫师团发动第二期扫荡，派内滕、山根两个支队对铜锣圈庄、杨梅坜、龙潭坡、牛栏河、新埔、大湖口等义军活动频繁地区进行扫荡。7月29日，内滕支队从桃仔园街铁路线以北地区到达中坜，途中未遇义军，日军认为该地区已被肃清，停止扫荡。而山根支队则先后对龙潭坡西面高地、铜锣圈庄、咸菜硼、新埔街、大湖口的义军发起攻击，义军虽一如既往地进行顽强抵抗，无奈实力悬殊，逐一溃败。日军基本肃清了台北至新竹一线的义军反抗。义军退至尖笔山一带据守险要。
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