在“台湾民主国”溃败之后，唐景崧、丘逢甲[198]、林朝栋等民主国领袖相继内渡，镇守台南的抗法名将刘永福及其率领的黑旗军，吴汤兴、姜绍祖、徐骧等所领导的义军成为抗日保台的中坚，抗日的中心随之移至台南。[199]
1895年6月28日，台南各界数千人在台南关帝庙集会，商讨抗日大计，共推刘永福继任“台湾民主国”大总统。刘永福拒绝了“总统”的名号，但表示愿意率领台民抗战到底。7月2日，刘永福率部自凤山县的旗后移驻台南，仍以“帮办台湾防务南澳镇总兵”名义，召集台南绅民开会，决定召开议会，设于府学，以举人许献琛为议长，廪生谢鹏翀、陈凤昌等为议员。郎中陈鸣锵为筹防局长，共讨抗日大局。
刘永福以台南为中心，重新布防台湾的抗日力量。台南内地防务，其子成良统“福”字军各营守旗后大坪山炮台；提督陈罗统领翊安军及黄金龙军驻四草海口；台湾镇标中军游击李英统镇海军和道标卫队、柏正才、吴锦州军守白沙墩海口；周明标、张占魁守喜树庄海口；都司柯壬贵镇守安平海口。副将袁锡中统镇海后军守后山埤南诸路；台湾城守参将吴世添仍驻守台湾府城。除了黑旗军，还包括增生吴汤兴所率领的新竹义军、林得谦率领的十八堡义军、兵部主事许南英的台南团练营、生员李清泉、谢鹏翀的五段团练等。[200](www.xing528.com)
台北失陷后，大部分军需饷械均落入敌手。刘永福拒接总统印时，便强调此时筹措军饷乃是第一紧要之事。[201]刘永福发布告示，表示抗战到底的决心，同时希望台民抛却异见，戮力同心，积极助饷：“照得倭寇要盟，全台竟割，此诚亘古变异，为人所不忍闻、所不忍见，更何怪我台民发指眥裂，誓与土地共存亡，抗不奉诏，而为自主之国。本帮办则以越南为鉴，迄今思之，无日不抚膺痛哭，追悔无穷。不料防守台民，未尝建树，离奇百变，意见两端，何以天无厌乱之心，而使民遭非常之劫！自问年将六十，万死不辞。独不思苍生无罪，行将夏变为夷乎！嗟乎！积忿同深，自可挽回造化；厚德载福，谅能默转气机。愿合众志成城，制梃胜敌，在我坚心似石。弃职以为，所有旗后、凤、恒地方，业经布置，倭如有志，任往试之。刻顺舆情，移往南郡。查安平海口天险生成，此外要隘多可补其罅漏，惟军民共守，气味最贵相投；淮楚同仇，援助岂容稍异！本帮办亦犹人也，无尺寸长，有忠义气，任劳任怨，无诈无虞。短愿人攻，将弁不妨面告；事如未洽，绅民急宜指陈。切莫以颇有虚声，便为足恃；更莫因稍尊官制，遇事推崇。从此有济时艰，庶可稍舒众望。若因力微畏怯，语不由衷，在上天断不佑予；若因饷绌吝筹，颇为挠阻，本帮办亦难恕尔。总之，如何战事，一担肩膺；凡有军需，绅民力任。誓师慷慨，定能上感天神；惨淡经营，何难徐销倭焰。合应剀切晓谕，为此示仰军民人等，须知同心戮力，自可转危为安；达变通权，无用专拘小节。不以斯言为河汉，仰各遵而无违。”[202]
当时台湾富民多已内渡，或潜匿不出，筹款寥寥，无济于事。刘永福虽截流海关、盐局、厘局各项收入，每月所得不过四五万两，而仅台南一处每月即需饷十一二万两，缺口极大。[203]为了缓解军饷紧张，刘永福曾专设官银票局发行官银票，每票1～5元，共发行25万元左右。开始民众尚能接受银票，随着战事和财政恶化，后来无人肯用。[204]台南抗日政府还曾设置安全公司，发行股票（即公债）。[205]除了银票、公债，刘永福还委托英人麦嘉林在安平海关设置官邮政局，发行“官信票”（又名“士单纸”，即邮票），充作征饷的途径之一。[206]刘永福还曾多次派人向大陆各省督抚求援，但清政府为避嫌，下令断绝对台的接济。除了福建督抚少量接济外，均遭拒绝。张之洞屡次拒绝刘永福的请援，告其“万勿指望”[207]。军需饷械的极度匮乏，严重限制了台湾的抗日运动，但刘永福适时而起取代唐景崧统领台湾的抗日运动，鼓舞了台民的抗日热情。[208]
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