在澎湖陷入战争前后，中日两国间的媾和谈判已正式拉开，而媾和条件之争，主要在于割地问题。为了赶在达成协议以前“获得南进的基地”，造成占领台澎的既成事实，增加谈判筹码。[9]日军攻占威海卫后，加紧着手实行南进台湾的战略。1895年2月，日本在广岛组织由海陆军联合构成的“南征军”，由海军中将伊东祐亨率领，陆军混成支队则由步兵大佐比志岛义辉任队长。“南征军”征调了包括联合舰队主力巡洋舰松岛、严岛、桥立、千代田、吉野、浪速、高千穗、秋津州八艘军舰，以及水雷艇、运输舰、补给舰、医疗船等各类舰只，总兵力约1万人，其中陆军5400人（包括佣役军夫2400余人）。3月15日，“南征军”从九州佐世保港起航，20号下午抵澎湖群岛南端的将军澳屿。
清廷深悉日本人的野心，已加强台澎的防务。甲午战前，澎湖的守军仅三营，兵员约1500人。战争开始后，清廷考虑到澎湖守备空虚，从湖南、广东、福建以及台湾等地增派援兵，澎湖驻军增至十三营，包括步兵十二营、炮兵一营、水雷一队，兵员总数有6000余人。清军的防守重心布置在圆顶半岛沿岸，主力阵地置于大城一带。
早在3月6日，日军间谍曾利用法国军舰掩护，到澎湖天妃澳刺探港路，并登岸侦查清军防务。守军将领周振邦疏于防范，反倒设宴款待，使得日军轻易获得澎湖的详细军情。并以此制订周密的作战计划，决定把登陆地点设在清军守备空虚的里正角湾。[10]
日军本计划于3月21日发动进攻，是日旗舰“吉野”号碰暗礁搁浅，次日风浪过大，日军迟至23日才正式发动对澎湖的攻击。当日，伊东祐亨命令高千穗、浪速、秋津州三舰率先朝澎湖进发，松岛、桥立、严岛三舰运输舰等随后。9时20分，日舰升起“开战”旗。大城北炮台的清军发觉日军动向后，守将熊国昌即令开炮轰击，“先后中倭船二艘，将沈未沈之际，被其余倭船拖带而去”。[11]日浪速、高千穗、秋津州三舰朝炮台排炮猛轰，双方展开激烈炮战。11时30分，日舰在里正角集中，运输舰驶近海岸，日军登陆部队在炮火掩护下，在里正角西侧良文港陆续登岸。大城北炮台的清军见此，转向良文港轰击，但遭到日本军舰集中火力打击，炮台“暂时衰歇，逐渐静了下来”。[12]到下午2时许，日军混成支队已全部登陆，并占领良文港。清军炮台守军虽仅有宏字营一哨，仍坚持炮击到2时30分左右。
良文港一带守卫空虚，日军得以顺利登陆，而后迅速抢占西北的高地。据高地以西约2000米的大武山是通向大城北炮台及马公城的必经之路。日军分兵两路向太武山进攻。镇守太武山的清军督带林福喜率队迎战，“奋勇直前，血战至晚”，伤亡六七十人，终力战不敌败走，退往大城北社西方高地，日军占领太武山。[13]
澎湖总兵周振邦与候补知府朱上泮闻知日军占领太武山，约定翌日三更各派一营偷袭日营。23日夜，朱上泮夜宿太武山炮台，但周振邦援兵不至。朱上泮遂于24日凌晨5时独自率右营三哨，东进袭营。又令前后营各两哨随后接应。前队行至西溪，与前来攻击炮台的日军前锋遭遇。此时天色微明，炮台高地浓雾弥漫，视野模糊，日军利用低洼地形潜伏侧击，清军猝不及防，守备宋承进、把总陈喜清等6人当即阵亡。负责接应的四哨清军及时赶到，“大呼陷阵”，稳住阵脚，与日军展开近战，清军作战英勇，双方几乎到了肉搏的距离。[14]日军紧急把作为后备队的第六、第七中队投入战斗，清军伤亡大半，余下部队被逼后退，凭借村落边缘的墙壁继续抵抗。日军乘胜分两路攻向大城北炮台及附近的高地。5时50分，日军炮队与舰炮的掩护下，冒着渔翁岛西屿炮台的炮火，正面猛攻炮台。炮台仅剩少量守军坚守，朱上泮亲自督战，忽被炮火击中，倒地昏迷，后被部下救走。都司朱朝贵、参将朱荣昌、守备孙殿勋、千总罗得标等阵亡。清军寡不敌众，败退乌崁社，部分退至圆顶半岛，多数则退往马公城。(www.xing528.com)
6时30分，日军完全占领大城北炮台。接着，日军立即组织部队进逼马公城。此时，前来援助大城北炮台的周振邦在途中见到清军败退，丧失斗志，即由鼎湾转至中墩岛撤走。上午11时左右，日军到达马公城下，开始攻城。西屿炮台仍全力轰击日军，支援作战。但马公城守军见主帅逃走，军心动摇，大部分都已退走，剩清军督带林福喜集合余部，“独力鏖战时久，力竭兵单，遂致挫败”。[15]至12时，马公城已被日军攻陷。
在进攻马公城的同时，日军海军陆战队奉命追击退往圆顶半岛的清军，并切断圆顶半岛与澎湖列岛的联系，逼迫半岛上的守军放弃抵抗。[16]25日深夜1时，镇守圆顶半岛的郭润馨遣使投降。下午1时，渔翁岛守将刘忠樑等见大势已去，毁坏西屿炮台后逃散。澎湖群岛至此落入日军手中。
进攻威海卫和占领澎湖群岛是日本“干预作战”策略的重要环节，为在最终媾和中提出割占土地创造条件，即“所谓歼灭北洋舰队，控制台湾，以造成有利的和谈条件，并获得割取台湾的‘根基’”。[17]随着战局的发展，尤其是“干预作战”策略的完成，日本割占台澎的条件日趋成熟。
日本最终提出割占台湾，与列强的态度也有密切关系。中日战争直接牵涉到列强在华及远东的利益，也正因此，中日媾和过程中，列强扮演了重要的角色。其中，英、俄在华利益最大，态度也最积极。英国主要关心在华的商业利益，担心受到战争影响。1894年10月初，英国曾提议德、法、俄美共同干涉中日战争。之后，英国从各方情报逐渐了解到日本的意图，对日本割占台湾采取默认的态度。俄国关心其在东北与朝鲜的利益，明确反对日本割占大陆领土，但“对合并台湾不表示异议”。[18]甚至表示愿意劝说中国依日本要求，派遣有割地、赔款等权力的“全权使臣”赴日谈判。德法等国对台湾虽有野心，但了解日本占有台湾的意图后，并不表异议，甚至认为日本割占台湾已不可避免。而这种态度，自然坚定了日本割台的决心。1895年2月17日，陆奥宗光在俄国表示不反对割占台湾后，致电驻俄公使说：“现今形势之下，日本国不能从要求割让金州半岛及台湾后退一步。”[19]这成为日本领土要求的基调。
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