台湾属于新辟地方，垦民多将垦熟田园，以多报少，欺隐之田竟倍于报垦之数。道光间，通计全台垦熟田园38100余甲，又3621顷50余亩，谷种折地1430余亩，年征粟205600余石，余租番银18700余元。到建省时又过数十年，垦熟田园，较前已多数倍。统计全台额征银85746两，洋银18669元，谷198057石。久无报丈升科。如台北淡水地区，田园300余里，仅征粮1.3万余石，私升隐匿，不可胜穷。[62]又台湾、凤山、嘉义三县长290里，开辟较早，田赋皆沿康熙年间旧例，额征供谷13万余石；彰化、淡水、宜兰一厅两县合长580里，开辟较晚，采用雍正年间新定科则，仅征谷5.6万余石。[63]农民负担，轻重悬殊，极不公平。
光绪十一年，台湾建省之后，百废待举，财用匮乏。为了增加地方财源，实现“以台地自有之财，供台地经常之用”的财政自立之目标，刘铭传奏请在台湾清查田赋。其做法是第一步先编保甲。通令各府、县自光绪十二年四月（1886年5月）起，限两个月之内将所辖户口编查报告，同时清查各户粮赋，即所谓的“就户问粮”，以作为清理田赋之基础。第二步清丈田园。在台北、台南分别设立清赋总局，由知府督率办理，并公布“清丈章程”，宣布所有田地，无论民“番”，寸土皆关赋役，必须一律丈量。第三步为改定赋则。将现丈田园，无论新旧，悉照同安下沙成例分则配征，化甲为亩，以一甲作十一亩，仿条鞭办法，删去浮征等名，凡地丁粮耗等款，并入正供，并化谷价折征，提充正赋。每十一亩，上田征银二两四钱六分零，中田征银二两零，下田征银一两六钱六分零；上园视中田，中园视下田，其下园及下下之田，土至瘠薄，照下田核减二成，下下园照下下田递减。并规定每两随收纹银补水一钱外，酌定平余银一钱五分，为升科各县办公之用。[64]清赋的最后一步是核发丈单，作为业主管业的证明。
此次清赋工作自光绪十二年（1886）秋开办清丈算起，至十五年（1889）底报竣，历时三载。共丈得民业田园432008甲，年征银512969两，随征补水平余银128242两；加上官庄田园15352甲，年征银33657余，全年共征银674468两有奇，比清赋前的旧额，每年田赋增加收入银491502两。[65]
咸丰十一年（1861），台湾知府洪毓琛奉饬举办厘金，主要以茶叶、樟脑、洋药（鸦片）为大宗。建省之前，茶脑厘金由商人承包，每年认缴洋银13.7万元。光绪十一年，刘铭传撤换承包商人，并将包费提高为每年16万元。洋药厘金建省前包费每年银洋40.7万元。光绪十一年，刘铭传也将包费提高为每年43.7万元。[66]自光绪十三年起，根据《烟台条约》，鸦片厘金统一定为每100斤80两，与关税一起由海关一并征收。台湾盐课收入，原来每年不过十二三万两，十六年，经刘铭传厘剔陋规，节省虚靡，全年多得盈余银5万余元。[67](www.xing528.com)
光绪十二年，刘铭传奏请将台湾所产樟脑、硫黄两项归官收买出售，发给执照出口，估计每年可获利3万余元，以所得盈利，补贴抚番经费。实际自光绪十二年至十五年，樟脑与硫黄的专卖收入仅21700两。[68]后由于列强的反对，自光绪十七年正月起，取消樟脑专卖。
刘铭传在清赋之时，规定内山新辟田园，随时报垦，以便升科。其高山巨岭，地利宜茶，第土薄力微，垦民或种或辍，因就茶收丰歉，量抽抚垦经费，包商缴收。光绪十三年试办之初，收数未畅。十五、十六两年，每年可收银六七万两，均随时拨充办理抚垦之需。[69]
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