光绪十年刘铭传奉谕旨，补授福建巡抚，驻台督办防务。十一年，中法战争结束，法军撤出基隆之后，刘铭传即深感台防善后事繁任重，闽抚实难省台两地兼顾，遂于六月初五日上《法兵已退请开闽抚缺专办台防折》，称：
台湾为东南七省门户，各国无不垂涎，一有衅端，辄欲攘为根据。今大局虽云粗定，而前车可鉴，后患方殷，一切设防、练兵、抚番、清赋诸大端，均须次第筹办。纵使专心壹志，经营十年，尚恐难收实效。福建巡抚曾经前两江督臣沈葆桢奏请移驻台湾，寻以通省事繁，殊难兼顾，于是议令半岁驻台，究之倏往忽来，终属有名无实。虽若前抚岑毓英勤明果锐，不遑启居，卒乃于台奚补。臣平居私议，常谓台湾孤悬海外，土沃产饶，宜使台地之财足供台地之用，不须取给内地，而后处常处变，均可自全。此次莅台经年，访求利病，深见台事实可有为，深叹前此因循之误。固知补牢未晚，而时会所迫，势不能并日兼营。况臣才质驽庸，即竭力谋台，已恐才难胜任。若更加疆寄，内地九府，公事繁多；而又远阻重洋，凡督臣所商榷，司道所禀承，函牍往来，究形间隔。若驻台日久，则顾此失彼，必致远旷闽官；若驻台不常，则一曝十寒，更属何裨台局？臣宿患目疾，到台后瘴烟风雨，昏障益深，公牍稍多，汗流眦赤，昏眊痛涩，几不自持。况乃全省簿书，病目安能胜任？与其贻误于后，曷若陈乞于前。再四思维，惟有乘此未受抚篆之时，仰恳天恩，准开臣福建巡抚本缺，俾得专办台防，庶几勉效寸长，或可无致陨越。台事幸甚！微臣幸甚！[39]
从这一奏折可以看出刘铭传以台防为重，辞闽抚而就台防，舍安就危，舍逸就劳，勇于任事的精神，也是刘铭传从台湾防务和建设的实际考虑，既不同意巡抚分驻、省台兼顾的方案，也不赞成左宗棠于十多天后所议闽台立即分省的主张，而与丁日昌原先提出的简派重臣专办台防的主张较为相似。奏折呈上之后，刘铭传所请开缺之处，并未得到朝廷的批准，但另降旨由闽浙总督杨昌浚兼署福建巡抚，而着令刘铭传“将台湾善后事宜认真整顿”[40]，实际上也是同意刘铭传专办台湾善后事务。
十月十九日，福建督、抚接奉筹议台湾改设行省的懿旨。时局的快速发展，出乎刘铭传的意料，也打乱了他原来对台湾善后建设事宜的规划与设想。十月二十七日，刘铭传上《台湾暂难改省折》。刘在奏疏中虽然表示台湾一岛，孤悬海外，为南洋门户要枢，关系紧要，自应因时变通，改设巡抚，以资控制，但也认为台湾沿海八县之地，番居其六，民居其四，重洋远隔，倚傍一空，猝有难端，全恃闽疆为根本，声气联络，痛痒相关，以助孤危之境。“若改设台湾巡抚，与闽省划界分疆，即督臣顾全大局，一视同仁，司道以下，畛域分明，势必不相关顾。”[41]而且原来所陈善后折，以办防、练兵、清赋、抚番为急图。现既诏设台湾巡抚，必先渐抚“生番”，清除内患，扩疆招垦，广布耕民，方足自成一省。台番与云贵苗民、甘肃番回迥异。台“番”不相统属，各社所占膏腴之地，高山宜茶，平地宜谷，一旦教之耕种，皆成富区。若认真招抚，示以恩威，五年之间，全台“生番”，计可尽行归化。然后再筹分省，土地既广，财赋自充，庶可无劳内地。刻下外办防务，内抚“生番”，巨款难筹，时形竭蹶。一经改设巡抚，省城必建彰化县北适中之地。前抚臣岑毓英察勘，形势昭然。核计建造城垣、衙署、庙宇之需，又非百万不可。自己目疾沉重，业经奏乞假归，如蒙恩准，无论何人接替，若外办防务，内办清赋、抚番，又造城垣、衙署，万端草创，纵使经费有着，亦恐才力难支。最后，刘铭传在奏折中提出：“台湾重地，经醇亲王等统筹全局，冀保海疆，自应派大员驻扎。似可仿照江宁、江苏规制，添设藩司一员，巡抚以台湾为行台，一切规模无须更动。全台兵政吏治，由巡抚主持，内地由总督兼管。如此分而不分，不合而合，一俟全‘番’归化，再行改省，以重岩疆。既可宽此数年，从容筹办，目下又可节省巨款，腾出资财抚‘番’、设防，先其所急。此臣审度事势，拟从缓设巡抚之大略也。”[42]
闽浙总督杨昌浚对台湾改省的态度则是模棱两可，含糊不清。他于十二月二十日上《筹议台湾改设事宜折》，首先认为“台湾为南洋门户、七省藩篱，有事之秋，非但闽、台唇齿相依，不容稍分畛域；即沿海各省亦当通力合作，仍可相与有成。就现在情形而论，以两府、八县设立行省，似觉名实不称”。[43]不过他又认为“然前明京兆、宣大两府曾设总督，国朝湖南曾设偏沅巡抚，皆因地制宜，随时变通，以期尽善。今为筹办台防计，非设大员驻扎其地，恐心力不专，作辍无常，难收实效”[44]，似乎又是同意台湾改省。尽管如此，他还是同意刘铭传的意见，在台湾添设藩司一员，并主张改省以后，向由台湾道管辖的澎湖，仍划归台湾管辖。
尽管刘铭传在议复疏中对台湾改省表达了不同意见，但朝廷的主意已经拿定。光绪十一年十二月十二日颁下上谕，称：“台湾为南洋门户，业经钦奉懿旨，将福建巡抚改为台湾巡抚，刘铭传所称从缓改设，着毋庸议。”驳回了刘铭传暂缓改省的建议。不过，朝廷也接受了闽台不容稍分轸域的意见，指出：“台湾虽设行省，必须与福建联成一气，如甘肃、新疆之制，庶可内外相维。”[45]上谕还指出杨昌浚所奏尚系大概情形，所有一切应办事宜，均未筹商定妥。着令杨昌浚、刘铭传就台湾建省相关事宜详细会商，奏明办理。
为了遵旨会商改设事宜，杨昌浚于光绪十二年二月间渡台，刘铭传于四月间赴省，两人经过几度面商，于六月十三日会衔上《遵议台湾建省事宜折》，提出台湾改省的相关事宜十六条。
首先提出请改台湾巡抚为“福建台湾巡抚”。奏折称“查台湾为南洋门户，七省藩篱，奉旨改设巡抚，外资控制，内杜觊觎，实为保固海疆至计。惟沿海仅数县之地，其余‘番’地尚归化外，气局未成，海外孤悬，与新疆情势迥异。闽、台本为一省，今虽分疆划界，仍须唇齿相依，方可以资臂助。诚应遵旨内外相维，不分畛域，乃能相与有成”；“查新疆新设巡抚关防内称‘甘肃新疆巡抚’，台湾本隶福建，巡抚应照新疆名曰‘福建台湾巡抚’。凡司道以下各官，考核大计，闽省由总督主政，台湾由巡抚主政，照旧会衔。巡抚一切赏罚之权，仍巡抚自主，庶可联成一气，内外相维，不致明分畛域”。[46]
经费是台湾改省中最大的困难之一，杨、刘二人悉心筹划，商定每年拟由闽省各库协银24万两、闽海关照旧协银20万两，并请旨敕下粤海、江海、浙海、九江、江汉五关，每年协济银36万两，共成80万两，以五年为期。[47]
另其他与建省相关的事项，会奏中也一一列举如下：
一、学政向归台湾道兼理，光绪元年曾有议归巡抚明文，现应查照前议，由道将学政关防文卷呈送巡抚管理。文武乡闱，援照安徽赴江南汇考之例，仍归福建应试，中额亦仍旧例。
一、旗后、沪尾两海关，向归将军管理，近年税项所征，均经拨充台饷。现台湾既设行省，两关均隶台疆，可否援照浙江之制，改归巡抚监督，应请敕下福州将军奏办。
一、澎湖为闽台门户，须设重镇，以固要区。拟将澎湖副将与海坛镇对调，如蒙俞允，应饬先行互调，以重海防。一切事宜，另行奏办。
一、新疆以迪化州为省垣，城署无须建造；台湾改设行省，必须以彰化中路为省垣，方可南北兼顾。另造城池衙署，需费浩繁，一时万难猝办，所有官制，暂仍旧章，将来添设厅县，改派营防，再行奏办。(www.xing528.com)
一、福建巡抚既已改归台湾，所有抚一标左右两营，即须移归台省；惟省垣未定，安置无从，以后遇有空名，无须募补，暂留闽省，仍归总督兼管，兵饷亦由闽支发；俟台湾巡抚移住中路，再行调归台湾，不愿移者听。
一、台湾改省之后，应遵旨添设藩司一员，综核钱粮、兵马，整顿厅县各官，并设布库大使一员，兼经历事。所有建造衙署、添设印官，百端草创，将来须仿照新疆章程，奉旨后再行会同请简。
一、台湾道向兼按察使衔，一切刑名由道审转，其驿传事务亦由道兼治，添设司狱一员，毋庸另设臬使；惟会典职官有按司狱、府司狱，无道司狱，应以候补按司狱、府司狱轮流借补。
一、台湾盐务，场产不足，半由内地运售，名曰唐盐。内地长泰、南靖等县澳引额定例拨归台湾代销，所征正溢课厘，虽留台拨充防费，尚有抵解各款，归内地盐务杂支，每届奏销，由福建盐法道汇核造报。各省盐场引地多行外省，闽台盐务分办，窒碍殊多，应请仍照旧章办理。
一、台湾各县，地舆太广，最大如彰化、嘉义、淡水、新竹四县，亟须添官分治。统计四县，按周围百里为城，约可分出四五厅县。将来彰化即可改驻首府，另设首县为台湾县，将台湾县改为安平县，应俟添设藩司再行酌办。
一、台湾烟瘴之地，内地官吏渡台，咸视为畏途。向章：曾补台湾府、厅、县佐杂等缺，如回内地，即属调简，故稍有才智者不肯渡台。今拟仿照新疆章程，凡到台湾实任，如逾三年，着有劳绩，准回内地，不计繁简，均须调补优缺，芟除调简旧章，无缺当差，酌委优差一次；惟必得本营官切实考语，以免滥邀。两省如有停委撤差之员，督抚互咨，均不委用，以杜钻营。
一、台湾“生番”，归化已多，日渐开辟，急须分治添官。若照部章，厅县佐杂各员均须循例补署，台湾民“番”杂处，人地苟不相宜，万难迁就，恐酿事端。仅用合例人员，又未必尽能得力。拟请旨饬部，声明台湾新设省治，暂行不论资格，俾得人地相宜。俟全台“生番”归化，一律分治设官，再请循照部章，以求实效。
一、“番”地日开，必添营汛。查新疆添设总兵、副将、参、游、千、把等官甚多，台湾情势既殊，须俟尽抚“生番”，全局方能酌定，目前但能随时察夺具奏，或添或改，以节饷需。
一、台湾改设巡抚，本拟仿照江苏分苏、分宁成案，于各班人员到省，积有三员掣签一次，以两员分闽，一员渡台，惟全台现仅两府、八县，缺分无多，若照三分掣一，来台必无位置。拟俟全台“生番”归化，一律设官，再行照办。目前需员差遣，或由司申送，或由抚调咨，暂难定数，免致分发人员到省，积滞向隅。
一、台湾改设巡抚，台湾镇总兵应销去“挂印”字样，与新调澎湖镇总兵统归巡抚节制。
一、抚辕原设经制书吏十二名，各有清书、帮书，今福建巡抚事归总督兼治，拟留经制书吏六人，酌用帮、清各书留督署办公，尚有经制书吏六人，酌带帮、清各书赴台供役。抚辕档案造册登开，关涉闽者径留督辕，关涉台者送台备考。[48]
折上之后，刘铭传即按所奏台湾善后以设防、练兵、抚番、清赋四大端为主要施政内容，开展工作，于十三年八月十七日会同杨昌浚上《台湾郡县添改撤裁折》，对台湾的行政区划添改撤裁，重新规划。将原台湾府改为台南府，台湾县改为安平县，合嘉义、凤山、恒春三县及澎湖厅，共领四县一厅；彰化桥孜图地方恰当全台适中之地，拟于该地建立省城。分彰化东北之境，设首府曰台湾府，附郭首县曰台湾县。在嘉义之东，彰化之南，添设云林县。分新竹西南各境，添设苗栗县。合原有之彰化县及埔里社通判共四县一厅，隶台湾府。同时撤裁鹿港同知；北部台北府仍领淡水、新竹、宜兰三县和基隆一厅，但淡水之北，东抵三貂岭，“番”社分歧，距城过远；基隆为台北第一门户，通商建埠，交涉纷繁，又值开采煤矿，修造铁路，商民麇集，尤赖抚绥；分淡水东北四保之地拨归基隆厅管辖，将原设通判改为抚民理事同知，以重事权；后山添设台东直隶州，治水尾。另于卑南厅改设直隶州同知一员，花莲港添设直隶州判一员，均隶台东直隶州。[49]经添改撤裁重新规划后，统计全省为三府十一县五厅一直隶州，奠定了此后台湾行政区划发展的基础。
光绪十三年八月初一日，布政使邵友濂就任，初二日，刘铭传奏请饬部将新铸“福建台湾巡抚”关防并布政使印、布库大使、按司狱印各一颗“迅速颁发，以资钤用”。十四年正月二十一日，“福建台湾巡抚”关防正式开印启用。[50]闽台实现分治，台湾建省工作基本完成。
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