经过一段时期的相持后，基隆外围发生了几次争夺战，由于双方兵力有限，规模都比较小。
自1884年11月后，双方前沿战地间侦察与反侦察的接触时断时续，而局势却渐渐对法军不利起来。法军由于伤病不断增多，每况愈下。从11月20日至12月1日，有26人死亡，220名病人住院，以至于必须扩充医院。整个法军的作战人员只有1100人，到了23日，更锐减到1000人以下。[177]清军情况稍好，还得到土勇的协助，日夜不停地骚扰法军营地。刘铭传特选勇敢之士，悬以重赏，“乘夜袭其边营”，让法军寝食难安。为了获得喘息之机，法军干脆用炮火摧毁清军的工事，但过了一夜，清军便又恢复了工事。这种反复不懈地进行小规模进攻，让法军的阵地日益紧缩。清军逐渐占据法军外围的“齿形”高地（即鸟嘴峰）和“圆形剧场”（即大水窟）高地。法军阵地内的一切活动都暴露于清军面前，但困于兵力不足，法军只能龟缩于防御圈内，甚至一些微杂的活动都必须派专门的卫兵守卫。如卡诺所言：“我们耐性地等待着援军，在他们到来之前是毫无办法的。”[178]巴德诺这样描述法军的困境：“在同一星期内，我们兵士中三人在兵营附近散步，相继被埋伏兵所获，并当白昼在他们的同伴们目睹之下，遭受杀戮。照这样看来，我们在基隆的据点是不稳固的。我们所派给提督薄弱的兵力，恐至多仅可能维持现状而已。”[179]孤拔也哀叹：“此仗如此打法，后果不堪设想。”[180]
法国政府不愿正式公开宣战，让法军对无台湾的封锁形同虚设，他们所谓的“和平封锁”无权在公海上对中立国的船只进行检查和逮捕，只能禁止船舶进入被封锁港湾。[181]当孤拔的舰队取消对台南的封锁后，中立国的船只仍可以在台南登岸，这就无法阻止清军雇用中立国的船只运送援军。12月中旬后，由于封锁的松懈，大陆的援军陆续赶到，法军意识到处境更加危险。但基隆的清军并没有展开大规模的进攻，这让孤拔感到奇怪，他愈发觉得占领基隆是个错误的选择。在这之前，他只是反对进攻基隆，而没有意识到会在基隆遇到新的困扰：“至于目前，准备激战的敌人，其主要目的也许不在将我们逐出基隆，而是要迫使我们将海陆军都固定在这地方；因为我们的海陆军在中国其他地方会更加有效地使敌人受到威胁，敌人便竭其所能地来将我们牵制在这地方。从这最后的观点说来，最近的发展已使敌人感到‘正中下怀’。”[182]
在对所面临的形势重新做了评估后，法国政府终于被迫承认对台湾的作战是个错误的决定：它无法满足进一步占领包括淡水在内其他的地区所需要的兵力支援，而仅派少量援兵攻占基隆附近的煤矿似乎也不会有期盼的效果。这种情况下，从基隆撤军看来难以避免了。[183]然而，即便是如此，在谈判获得实质进展之前，法军又不能放弃基隆，那样将公开承认“据地为质”计划的破产，如孤拔所言，那将发生“可悲的结果”，且“此结果将为向中国各海岸所作的任何一战所不能抵消的”。[184]基隆是法国政府手中唯一的“担保品”，若无此担保品，在谈判中将更为不利。战争的进程无情地展现法国的“据地为质”政策在军事与政治问题上的双重脆弱。法国政府又重新寄望于越南战场：“原则上已经拟定必行的基隆方面的撤退，应不在四月份以前付诸实行，而占领应当一直维持到这一时期。在此时期以前，谅山的占领和在台湾岛方面可能获得的胜利，也许会使中国接受法国对它提出的那些并不苛刻的条件，那即是承认《天津条约》的效力作为台湾撤兵的代价。”[185]另外，法国政府把米谷列为禁运货物，试图断绝中国大陆的南北漕运，“借使北京陷于饥饿状态”，从而逼迫清政府屈服。[186]为了弥补放弃基隆所产生的消极影响，法军决定占领澎湖群岛，把它作为补给中转中心。此刻法国在越南的局势占优，1885年2月，法军集中主力，进抵谅山，并一度攻占镇南关。但后来实际发生的情况，却是谅山的溃败，而反倒在基隆外围和澎湖的局部胜利为法军挽回了一点颜面。
1885年1月6日，法军期待的援军抵达基隆。第一批援军主要由亚非利加第三大队组成，还有包括火炮在内各种紧需军火以及相关人员。他们的到来，“将远征军过于危险的情况予以部分改善的效果”。[187]法军又恢复了小规模的侦察。亚非利加大队是由有各种犯罪前科的犯人组成的部队，他们作战勇猛果敢，有很强的求战欲，渴望通过军功抵消前科。登陆基隆后，不待休整，该大队的几名官兵便于1月10日正午私自向被视为眼中钉的“圆形剧场”的清军阵地发动攻击。他们的突然行动引燃了其他中队的情绪，而大队指挥官担心这次鲁莽的行动会因孤立无援而遭受损失，得到允许后便带领余下队伍跟进。这次鲁莽的突然袭击不出意外地在付出17人阵亡、34人负伤的代价后，并没有取得任何战果。[188]这说明，对于双方而言，缺乏准备的行动结果都将失败。
1月20日，第二批援军也驶抵基隆。这批援军由外国雇佣兵构成，具有比亚非利加第三大队更好的素质与纪律性。他们的到来根本上改变了法军被动挨打的局面，“它们的实力虽还不足使远征军从事一次大规模的出击，却至少可使它将基隆附近的敌人加以扫荡”。[189]法军重新组织了一支近2000人的机动部队，意图清除外围的清军阵地。有了之前的教训，法军决定先占领基隆东面的“桌形高地”（即月眉山），再从背面进攻“圆形剧场”上的清军阵地。而清军同样清楚月眉山的战略地位，“月眉山绵亘数里，山势最高，若为敌据，暖暖、大水窟各隘皆不能守”[190]。双方都把重兵布置于此。
1月24日夜间，法军瞒过齿形高地与“圆形剧场”高地上的清军监视哨，悄悄地从营地向东面的“桌形高地”进发。次日黎明，法军在八堵谷地遭遇清军前哨，双方展开激战。法军凭借优势兵力与火力，很快驱逐了清军前哨。但月眉山上的清军得到消息后，义中营营官张仁贵率土勇主动下山，在竹林中寻觅战机，与敌厮杀。当日下午大雨突至，法军寸步难行，夜幕降临之时，仅前进1公里。次日，林朝栋、桂占彪等下山救援，双方在丛林中展开激烈的争夺战，鏖战一日，法军费尽力气才占领月眉山的外围阵地，他们前进至距离月眉山不到400米的地方。然而，一道高达30米以上的垂直断崖挡住了法军的路线。此时，曹志忠闻讯率部将带600名楚勇赶来援助，把陷于围困中的张仁贵救出，扼住了法军的进攻。同时，他迅速指挥部下与扼守月眉山的土勇一道在各个山头上配置了一道厚厚的狙击兵防线。法军损失越来越严重。天又下起雨来，5时左右，战斗缓和下来。法军清点人数，发现死伤80人，包括1名上尉。形势迫使法军改变进攻计划，改由从月眉山左方大迂回运动，选择较为有利的地形，从背后的山头袭取清军的阵地。[191](www.xing528.com)
但连绵不断的大雨阻断了法军的行动，翌日（27日）法军只能留守在宿营地。28日，法军试图冒雨行动遭到失败。法军只得停止行动，留亚非利加大队驻守新阵地，其他撤回了基隆。
驻守新阵地的亚非利加大队仅用三天时间便筑起一个临时的防御阵地。1月31日，曹志忠亲率廖得胜等，想趁法军立脚未稳发动进攻未果。接下来的一个月里，雨季来临，双方都加紧修造工事，未再发生激烈冲突。刘铭传令曹志忠不惜经费，多雇民夫，连夜修浚深沟，挖洞住兵，以避敌炮。并从台北、沪尾、彰化等地抽调营勇助守。[192]清军得到民众的鼎力支持，“他们有着全部民众站在他一边，这些民众都有武装并为军队担任劳动和杂役”。而法军则相对势单力孤，“我们一边，则没有一个居民：我们所去的地方到处都是一片空虚。如果我们远远看到有土著人民，我们可以说这即是在设法想要做点坏事的游击队，这些人都被中国官吏教得热狂起来。”[193]
经历1月26日至30日一战，法军发现清军作战水准提升相当快，他们认为这与装备的改善及有欧洲人的指挥有关。在没有军舰强大炮火的支援下，孤拔认为要夺取桌形高地和“圆形剧场”，它还需要2500至3000名的兵力补充。[194]这一要求虽仍未获得许可，孤拔仍决定待天晴后，把所有的兵力都投入进攻。
雨季一直持续到3月。3月2日，天终于放晴。经过一天的准备，在杜琛尼（Duchesne）上校的率领下，法军集合一支1280人的纵队，于3月4日清晨3：30左右再次朝桌形高地进发。法军分成两个纵队，亚非利加大队从左方运动，绕道背后进攻高地。另一支则仍照前次路线直进，掩护亚非利加大队的行动。月眉山上的清军被正面的敌军吸引，亚非利加大队得以顺利地从其右侧身后发动突袭。守卫此处的曹志忠、刘朝祜部，兵力单薄，被迫撤退。中午12时左右，法军终于登上月眉山。午后4时，正面进攻的法军也登上月眉山。法军占领了月眉山顶东边的阵地。清军退守到距法军2公里的西边阵地。次日，法军抵住清军的反攻，在付出颇为重大的伤亡代价后，于下午4时左右，占领了整个月眉山。清军再次退守至山下。
3月6日，法军在月眉山阵地稍作整顿。7日，法军对威胁基隆外围南面的“圆形剧场”及“齿形”高地发动正式进攻。法军故伎重演：让亚非利加大队的第四中队与外国人大队的第三中队担任夺取“圆形剧场”及其附近的竹堡，而另一纵队则从左面佯攻，牵制清军的火力。法军的战术再次发挥作用，他们的正面佯攻成功地吸引了清军的大部分兵力，另一支法军部队趁机从防备空虚的地点突破清军的阵线。守军曹志忠、王诗正部陷入两面夹击，被迫退到淡水河南岸。[195]西面的鸟嘴峰阵地上的清军也随之溃散，法军突破了清军的重围：“基隆所受的包围已经解除。我们已成了介乎八堵、淡水河和暖暖之间的全部地域的主人。”[196]法军占领了基隆的煤矿，但法军的进攻也到此为止，“新堡垒的防守有着将一月间到来的两个大队的援军几乎全部吸住的弊害”，他们把目标转向了澎湖群岛。[197]
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