法军在沪尾受挫后，已无力发动新的进攻。他们担心清军一旦得到增援，基隆的法军将陷于极其危险的境地。[110]为此，法国政府同意孤拔对台湾实行封锁。10月20日，孤拔宣布了封锁宣言：“自1884年10月23日起，从南岬（即Nan-Sha，鹅銮鼻）经过西部及北部（前者为北纬21度55分，东经118度30分；后者为北纬24度30分，东经119度34分）以至苏澳，所有台湾各港埠、海湾都处于本长官所属海军兵力封锁状态之下。一切武装舰船务希于三日内装载完毕并退出各封锁区域。对于一切企图侵犯上项封锁的舰船，将依照国际法及现行条约规定处理。”[111]开始的封锁将检查权限于直接沿岸，11月22日后，扩大到沿岸5里。在此范围内，法舰有权检查中立国船舶，甚至有权以武力驱逐它们；经过一次特别通知后，法舰还有权扣留中立国的船舶。而在此界限外，法舰则无权做任何事。[112]法国认为这种封锁将对法国有利，但这种所谓的“和平封锁”在实行上有许多不便。尤其，法军的封锁区域广极台湾海峡，这漫长的封锁线上，要达到有效的封锁，法军仅有的15艘军舰轮流监视，兵力显然过于单薄。
封锁使得台湾蒙受严重的影响，海外贸易遭到打击，引起英美等国的不满。英国遂禁止法舰在香港停泊或修葺。1885年2月20日，法国通告米粮为禁运品，借此迫使清廷求和。但这一举措再次影响英美商船的利益。1月18日，英国宣布不许法舰查禁运往中国北部的米粮。2月5日，英国正式向法国提出抗议，并派军舰武力护航运粮商船。
封锁初期，在基隆的清军与法军不约而同地选择了固守待援，一面小心谨慎地试探对方的虚实，一面请求支援，战事进入一个相对平静的阶段。
法国政府为扭转沪尾败战带来的不利局面，意图让孤拔重新设法攻取沪尾，却又无法满足孤拔所要求的包括3000名步兵，2个山炮兵中队，1个工兵中队，军需人员及对于6000名兵员的补助员在内的援军。这一要求已经远远超越法国政府原本期待的用2000人占领基隆的如意算盘，他们接受孤拔放弃占领沪尾的建议，同意孤拔仅巩固对基隆及其附近煤矿的占领即可。同时，派一个将近1000人的雇佣兵大队前去援助基隆的法军。[113]
在援军没有到达之前，孤拔只能耐心地布置防御，防范清军的突袭。法军依托清军丢弃的防御设施，根据地形自西向东，分别在仙洞山一带、基隆外围高山地南坡以及东面被遗弃地3个炮台建立了西、南、东3个防御阵地。孤拔显示了卓越的领导才能，在短短几个星期内，便使基隆成为粮库和舰队的补给中心。[114]
法军由进攻转为防御后，兵力不足的问题越发突出，12个步兵中队中的8个，以及几乎所有的炮兵都布置于防御圈内，仅剩下4个步兵中队和4门火炮可以作为机动力量。“这样的兵力不足，迫使占领军在新的援军到来以前只能从事几乎属于被动的抵抗，只有新的援军到来才能使它脱出无为的状态。”[115]在法军忙于安顿时，先前没有预料的困难出现了。由于水土不服，一种被称为“森林热”的可怕传染病在法军官兵中蔓延。这种传染病来势凶猛，被感染的人早上还是健壮的，午后却已死去。在最初发病的西方阵地，情况最为严重，法军甚至因此被迫放弃1座炮台。法军虽然采取各种措施避免疾病的流传，但仍有350人因为健康问题失去战斗力，这对于原本苦于兵力不足的法军更是雪上加霜，占领军的总数减少到1750人。[116]
陷入困境的法军一方面希望援军早日到达，一方面也担心遭到清军的反攻。为了阻止来自大陆的援军，法军决定对台湾进行封锁，并以此施加对清政府的压力：“我海军司令已受命致力于防御工事和必要的封锁，以保证我们在基隆的扎守及全岛的围攻。这些方策须尽量宣传，使北京方面对我们踞地为质的决心毫不置疑。”[117]对台湾的封锁实际上使孤拔进军北直隶的计划中断。孤拔仍未放弃北进的野心，他原本就认为基隆不足以充当威胁清政府的“抵押品”，急于完成对基隆与淡水的占领，迅速发动对北直隶的进攻。巴德诺也认为北进是抵消沪尾失败最好方法。然而在沪尾的挫折让孤拔不得不暂时放弃对北直隶的进攻，巩固对基隆的占领，封锁台湾海峡：“基隆的占领，对于中国政府的决定将不能有所影响。可是由于淡水败战而势在必行的对于台湾的封锁，却将使我们的大部分舰艇受到牵制。这一时地不宜的战役，势必促使我们在明春使用更多的海陆兵力来予以结束。”[118]直到1885年年初时，孤拔还认为在1885年4月中前，他无力分兵攻打北直隶。[119]
就在法军进退维谷的时候，清军却也没有立即发动反攻，这让法军感到庆幸。卡诺（E．Garnot）曾记述道：“在提督的卓越和勤勉的策动下，基隆在数星期内成了粮库和舰队的补给中心。改为防御阵地的它的附近各处，勉强掩蔽着军队以备敌人的反攻，幸而敌人在占领初期并不想怎样冒险。”[120]其实，获悉基隆被占后，清廷即下令刘铭传趁法军立脚未稳，把法军驱逐出基隆。镇守基隆外围的曹志忠等将领，也屡请兵进攻。但顾虑重重的刘铭传却采取“固守待援，相机进取”的战略，拒不进攻。他再三告诫部将不可“图攻轻进”，“若为基隆一隅之地而失台北大局，获咎更重”。可以看出，这个思路与其“撤基援沪”的战略主张是一致的，刘铭传认为，“法兵劳师远涉，利在速战，久亦不支。我军惟固守待援，相机进取。此臣因海岛孤悬，兵单器乏，接济为难，期保危局，不敢孟浪进取攻基隆之由来也”[121]。
法军的困境逐渐为清军获悉，台北知府陈星聚获知驻守基隆的法军病死甚多，多次向刘铭传请战未果，便私下与驻守五堵的曹志忠商议，决定孤身冒险进攻。[122]1884年11月1日夜，曹志忠匆匆率本部2000余人向狮头岭进发，试图占领前几日法军因传染病暴发被迫放弃的阵地。[123]次日清晨，曹军抵达狮头岭下，被防守严密的法军发觉，随即遭到猛烈的炮火袭击，被迫撤退。心有不甘的曹志忠率队对另一法军阵地发动攻击，并一度包围了法军阵地。但法军在其他阵地的炮火支持下，守住了阵地。经过半小时的激战，曹志忠部被迫放弃进攻，借地形掩护撤出了战斗。此次战斗，曹志忠部损失惨重，“精锐只千余人”，只能勉强支撑淡水东路的防守。[124]经此一败，陈星聚等人不敢再提进攻之事。[125]刘铭传也趁此强调冒险进攻并不明智，“用兵之道，最难攻坚，尤难仰攻。基隆山势险峻，道路崎岖，敌营皆依山傍海，兵轮守护，明攻甚难”[126]。但应该强调的是，此仗之所以败，与曹志忠准备不够充分，且孤军深入有很大关系，并不意味着清军根本无力进攻。曹志忠趁法军疲惫之机，进攻防备空虚的阵地，无可厚非。如果刘铭传能精心设计作战计划，集中优势力量发动进攻，清军并非绝对没有胜机。
由于担心法军再次进攻沪尾，刘铭传把防御重心放在沪尾，“沪尾海口，台北全局所系，极为要紧”。[127]孙开华、章高元所部楚、淮主力共7营仍驻扎在此，另有土勇3营，共有5000余人，附近台北、新竹两处2000余人则作为后备兵力。基隆外围则由曹志忠所部六营和孙得胜、林朝栋所率土勇五营约5000人分扎在五堵、暖暖、六堵、水返脚各处。[128]刘铭传的布置，让法军误认为清军将岛上所有预备兵和登陆的援军全部集中在淡水。[129](www.xing528.com)
清军也没能摆脱疫病的困扰。章高元所部两营1000人，伤亡病故后只剩200余人；曹志忠所部六营3000人，除去伤病，能战的士兵只有1000余人。将官染病的也不少，“提臣孙开华、署台湾镇总兵章高元、总兵柳泰和等俱抱重病。曹志忠六营营官，无不病者”，[130]甚至刘铭传本人也不能幸免。[131]尤其基隆一地疫病最为严重，刘铭传曾忆道：“其地瘴烟风雨，寒燠不时，将士随臣身临前敌，死于战阵者十分之一，死于瘴疫者十之四五，其幸而存者，类皆瘴疠烽镝余生，恍如再世。”[132]疫病的流行加重兵力的不足，使刘铭传更坚定“固守待援”的策略。
由于法军封锁台海，大陆的援军一时难以抵达，兵力不足的困难十分突出，刘铭传接受清廷的建议，令部下招募土勇，并发动台湾本地绅董招募团勇。台湾人民积极支援抗敌斗争，或募勇参战或捐资助战，一定程度上缓解了刘铭传的燃眉之急。经沪尾一战，张李成所率土勇一营作战奋勇，立下战功。一时间，各军统领纷纷请添土勇。地方绅董在官府的号召下，也自募团练以保地方。彰化林朝栋、新竹林汝梅等筹募土勇，主动前往暖暖等地助守，刘铭传则尽其所能凑解军械。到1885年1月，刘铭传奏称所添募的土勇已有5000余名。土勇在作战中，愈战愈勇，起了很大的作用，尤其在相持阶段的阻击战斗中，立下赫赫战功。刘铭传曾奏称：“自九月二十日以后，法人连攻暖暖三日，均经周玉谦等守住要隘，伤毙法兵十余人，并毙其三画兵酋一名，土勇亦伤亡十余名。嗣后练勇恃有山险，愈守愈壮，乘夜潜入敌卡，不时馘获敌首以归，皆经照章给赏。”[133]法军在战斗中，也认识到土勇的战斗力不可小视。[134]刘铭传还令退职知府陈霞林等台北绅士举办团练，巩固后方治安，弥补兵力不足。在基隆外围的斗争中，团练也发挥了一定的作用。除了兵力不足，刘铭传还面临饷械短缺的困难，“台北惟茶米不缺，第一无饷，日久兵不能敌，民亦不安”[135]。不少台湾绅董响应号召，主动捐输，有助于缓解台湾饷缺，稳定军心。如林维源曾捐“现洋十万，米数千”，助清军暂渡难关。[136]但台湾本地富户实力有限，难以承担接连的捐输，虽经多方努力，实际捐借的款项仅有六七十万元。[137]并且在战事最危急之时，这些捐输款项尚未缴交。而招募土勇使得饷缺问题越发突出。到1885年前后，兵饷告竭，不少地区发生土勇闹饷躁事，刘铭传不得已裁减部分土勇。
然而，对于刘铭传而言，困难不单是兵单饷缺和疫病，来自以刘璈为首的湘军势力的挑战严重干扰了他的战略部署。沪尾之战后，清廷为了鼓励刘铭传收复基隆，接受徐承祖等人的建议，实授刘铭传巡抚衔，以利于刘铭传在台调度。[138]同时，清廷令左宗棠饬令镇守台南的刘璈应服从刘铭传调度，“随事禀承刘铭传，妥为办理，共奏肤功，不得稍存畛域之见”[139]。但刘铭传在台湾的处境并没有得到改善。自马江一战之后，原本支持刘铭传的张佩纶被参革，清廷任命左宗棠为钦差大臣督办福建军务，福州将军穆图善、漕运总督杨昌浚帮办福建军务，台海一带，重成湘军势力范围，无形中给刘铭传以强大的压力。刘铭传曾向李鸿章哀叹：“内廷调度用左相督师御法，时事可知。”[140]刘璈对刘铭传更为不屑，“更跋扈，自行发折奏事”[141]。借左宗棠的支持，刘璈力图一举否定“撤基援沪”，力迫刘铭传转守为攻，收复基隆。刘璈一直对刘铭传心存不满。“撤基援沪”后，一些基隆将领对刘铭传突然撤师基隆表示不解，刘璈趁机收集梁纯夫等人的禀告，向清廷告发刘铭传奏折的不实之处，声称撤出基隆是受李彤恩的误导，制造对刘铭传不利的舆论。[142]原本清廷就对刘铭传迟迟未能收复基隆不满，经刘璈的密报，对刘铭传的批评更加尖锐。[143]
刘璈的密报激化了二刘的矛盾。当时，刘铭传面临疫病袭击造成兵力锐减和军饷短缺双重困难时，手握粮饷大权的刘璈明知刘铭传为此发愁，不仅“丝毫不济”，反而单独给台北的湘系加饷，似乎存心让刘铭传难堪。刘铭传据此奏劾刘璈，认为此举“意在诱胁各营哗溃”。[144]二刘的矛盾引起了清廷的注意。1884年10月26日，慈禧令在京言官大臣查阅中法交涉相关谕旨和来往电报，共谋解决危机的策略。不少朝臣看出台湾将帅间存有矛盾，甚至认为基隆之失根本原因在于湘淮畛域，将帅不和。礼部左侍郎徐致祥便称：“台湾督办刘铭传与刘璈不和，将帅参商，患非浅鲜。”[145]左庶子锡钧也奏称：“现在统兵大臣，各分门户，左宗棠与李鸿章不和，刘铭传与李鸿章相善，刘璈与左宗棠相善，则刘铭传、刘璈亦不和：台湾之将帅若此。”[146]由于湘淮两系首领李鸿章与左宗棠对中法之争主张不同，刘铭传所持的“固守待援”主张很容易被人认为与一意主和的李鸿章有关：“刘铭传与李鸿章相契至厚，当此时势窘急，宜何如激发天良，力图补救。乃往复电报，惟有相对痛哭，并无一语议及却敌援救等事，其日盼和议，莫有斗心，已可想见。将帅如此，兵民何恃？其犹不瓦解土崩者，则以朝廷恩泽人民深也。且李鸿章之居心，安知不日望台湾之失以冀其言之验而和议终成也。”[147]鸿胪寺卿邓承脩还奏请调查刘铭传是否因受李鸿章指示，而主动放弃基隆：“至梁纯夫禀中，有李傅相私电刘铭传，谓基隆可守则守，不必强争。法来格亦有刘爵帅先令孙总镇退回沪尾，孙镇誓死不遵之言。虽系得之传闻，而失机丧地，调度乖方，虚实均应根究，乞一并饬令杨岳斌密查，据实具奏。”[148]还有言官为刘璈鸣不平，如理藩院尚书昆冈评价刘璈说：“台湾道刘璈在任最久，大小洋面谅所周知。无论若何布置，总欲我有迎击之利，彼无肆扰之缘，稗海戎机，全在形胜……地利人和，兼则制胜，取材近而收效捷，是又刘璈之责也。”[149]
恰此时，周德润（12月8日）、左宗棠（12月15日）等再据刘璈的禀报入奏朝廷，一面称基隆之失乃李彤恩所误，弹劾李彤恩；一面称台北兵力盈万，认为“刘铭传始则为李彤恩所误，继又坐守台北不图进取，皆机宜之坐失者也”，要求清廷饬令刘铭传速派兵收复基隆。[150]刘璈顺势禀请开缺赴基隆，“专办克复基隆”。[151]主动进攻收复基隆，或是“固守待援”，成为左宗棠等人与刘铭传提出的两种截然不同的主张。
清廷急于收复基隆，对刘铭传的“固守待援”十分不满，下旨将李彤恩革职查办，并申斥刘铭传：“法人久踞基隆，亟应迅图进取。若云攻坚为难，何以竟被彼族攻据？该抚当竭力设法联络土勇，出奇制胜，克期攻复，毋得稍存退沮，贻误事机。”[152]刘铭传的兵权受到节制，清廷令孙开华“帮办台湾军务”，与刘铭传共同负责台防。[153]不久，清廷又任命杨岳斌为“帮办福建军务”，赴台北协同驻防，分割刘铭传的兵权。由于杨岳斌属湘系，起用杨会进一步增强在台湘系的势力，实际于缓和湘淮矛盾并无助益。
处于湘系围困中的刘铭传因实权逐步被侵蚀，倍感困扰。他于1885年1月20日上书辩称法兵援兵将至，台北更加吃紧，若无援兵“万不能支”。而左宗棠到闽后，“未曾派兵来援”，反倒听信刘璈，催促进攻，是“欲挤台北速失”。[154]刘铭传奏称：“闽兵既多，请旨饬令速拨楚军三千渡台北，归孙开华节制，庶资得力。”并暗示湘军不听节制，要求调旧部援台：“奉旨饬两次粤东调传旧部吴宏洛援台。”[155]时任两广总督张之洞应刘铭传要求，调其旧部吴宏洛五营援台。刘铭传十分欣喜，特别向清廷奏报：“张之洞于救台湾饷项，军火不遗余力，或可见允。”[156]接着，又上书弹劾记名道朱守谟造谣生事，回护李彤恩。[157]此外，刘铭传再次请求调龚照瑗来台替代刘璈。[158]此事虽得到清廷的支持，[159]但因曾国荃的阻挠仍未成功。[160]无奈之下，刘铭传请由沈应奎总办全台粮台，削弱刘璈对台湾粮饷的控制。[161]清廷虽不满刘铭传的“固守待援”，但对于左宗棠等人的弹劾大多采取置之不理的态度，[162]并且多次下旨斥责左宗棠、杨昌浚的“畛域之见”，驳斥其对刘璈回护之词。[163]
内部的纷争使得台防形势复杂化。在与法军对峙的同时，刘铭传还需抵挡湘系的威胁，后者的压力甚至更为急迫，“孤岛久困，内哄外患，万难久支，一旦决裂，不可收拾”。[164]他哀叹“内溃重于外患，传实无法支持”，待杨岳斌赴台后，他干脆于1885年4月3日上书请辞，称由杨接替，“彼无内掣之忧，上下一气，或可勉支危局”[165]。基隆失守后，刘铭传采取其“固守待援，相机进取”的战略，究其原因，除了实力有限，还和他坚持与左不同的策略有关系：如果屈从左宗棠的命令主动进攻，就等于承认左先前对其的批评有理，即使侥幸攻下基隆，也未必是好事。
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