马尾海战后，为抵消第一次基隆之战失利所造成的负面影响，法国政府令孤拔率舰即赴基隆，以“进行一切他认为以他的兵力可做的一切战斗。他将确定地告诉我们须用何种新方法来保证取得矿区。这个矿区应成为我们补给的中心点”[70]。茹费理特地提醒孤拔要注意控制战事的规模：“除非中国宣战，我们所处的状态，不是宣告的战争状态，而是报复，所以随时可以恢复谈判。”[71]法国政府再次拒绝了巴德诺与孤拔要求直接进攻中国北部的要求，坚持必须先完成对基隆的占领，再行对北方的军事行动。
第一次基隆之战后，法军指挥官利比士报告说：“如以我们现有的有限军力而想占领市街或矿山，乃属愚妄之举。该地是如此崎岖多山，果真欲加以占领，势非大军莫办。”[72]他认为要占领基隆起码需要2000人，这使得孤拔谨慎起来。他于9月2日亲往基隆侦查，发现清军已经有了充分的准备，于是向法国政府报告说如果要征服台湾，必须再增加3倍的兵力。[73]法国政府没有完全满足孤拔的要求，仅从越南的派遣军中抽调了包括3个步兵大队和2个炮兵中队的援军。对作战目标的讨价还价，延迟了法军对基隆的进攻，“整个九月几乎都在犹豫之中度过。这是一个无所作为的时期。在这时期内，舰队中的大部分舰艇都碇泊在马祖，仅只间或轮流去维持基隆的封锁，或是送一封电报往Pic Aigu。并且，不论法国政府的主见如何，必须派给孤拔提督一个登陆部队，而这登陆部队是需要时间组织起来的”。[74]
法军行动的停滞，使刘铭传赢得了重新布置台北防御的宝贵时间。在第一次基隆之战后，刘铭传判断法军会在短期内再次进攻，请求清廷速派援军，尤其希望得到水师相助。[75]同时，他深知法军的海上优势明显，重新调整基隆的防御布局，下令放弃近海工事，仅让曹志忠、章高元派少量士兵在临海的港口前山据守，主力则移扎后山。甚至主动拆卸八斗煤矿机器，焚毁煤矿，以免法军夺煤。
应刘铭传的请求，清廷令南北洋及广东等地督抚，在人力、物力、财力等方面大力援助台湾。但由于法军封锁基隆，直至第二次基隆之战前，仅刘朝祜所率铭军旧营首批200余人于9月20日在淡水登陆，另一批300余人于28日在新竹登陆，但未能及时赶赴台北。为缓解兵力不足的困境，刘铭传一面请调台南守军赴台北协防，一面令士绅林维源招募团练。但从台南调兵并不顺利，“调台南两营，廿余日始到一营”[76]。刘铭传认为负责台南防务的刘璈故意拖延，遂上书请调淮系将领周盛波赴台南统办防务，以夺刘璈兵权[77]，此事终未办成，却让二刘的关系更为紧张。招募土勇也因林维源已避走厦门，赶办不及，仅招募数百人守城。由于请援没有得到满足，刘铭传对台防信心不足，这对他在第二次基隆战役中的指挥有直接的影响。(www.xing528.com)
1884年9月29日，孤拔自马祖亲率“巴雅”号、“鲁汀”号、“胆”号、“斗拉克”号、“尼夫”号等五艘军舰驶往基隆。翌日，利士比率“凯旋”号、“拉加利桑呢亚”号、“德斯丹”号等三艘军舰驶往淡水。9月30日晨，孤拔舰队抵达基隆港，与“雷诺堡”号、“杜居土路因”号、“梭尼”号、“巴斯瓦尔”号、“益士弼”号会合。[78]当日，孤拔乘坐“鲁汀”号对基隆防务做了一天的侦查，发现在基隆西边的狮球岭守军较少，山脚延伸至海边，适于攀登。更重要的是，该山“控制邻近的所有山峰，可以真正看作为本处地形的管钥”[79]。他决定选择狮球岭作为登陆点，并在山上设置炮兵阵地。10月1日晨6时，法军正式发动进攻，10艘军舰对港口守军猛烈轰击，掩护担任先发的伯尔大队登陆。6时半，伯尔大队在西山脚下的仙洞登陆成功，立即向狮球岭进发。驻守该处的恪靖营官陈永隆、武毅右军营官毕长和，率队迎敌，“往复冲荡，相持两时之久”，直到法军后续部队驰抵，章高元、陈永隆才被迫后退。9时，伯尔大队占领狮球岭。接着，法军以狮球岭为据点，用炮火轰击守军的工事，迫使清军再次后撤到第二道防线。法军派出一支侦察兵尾随撤退的清军，遭到伏击，被打死2人，打伤5人，仓皇逃回阵地。至此，第一天的战事结束。该日清军死伤100余人，而法军死5人，伤12人。[80]
清军岸防阵地虽然失守，但无碍大局，清军的防御重心已转移到陆上，决定性的战斗是陆路的攻防战。然而，当日沪尾即将遭到法军攻击的消息传来，使得刘铭传匆忙之间下令放弃基隆，“撤基援沪”。是日夜，刘铭传正召集部将准备第二日的作战，突接到驻守沪尾的李彤恩两度飞书，称法军明日将攻沪尾，而“沪尾兵单，孙军门之勇万不可靠”，若不派兵救援，沪尾必失。[81]刘铭传起初不为所动，复函孙开华、李彤恩称：“基隆兵尚不敷，不能派队驰救，现已飞调甫到新竹之武毅右军左营赴沪助战。基隆今日甫获胜仗，诸将不肯拔队，万难分兵，请坚忍一两日之守，以顾威名，而全大局。”[82]但到半夜，李彤恩又一次“八百里排单”飞书告急，此时刘铭传“方寸已乱”，不顾诸将反对，传令连夜拔队撤回台北府，仅留曹志忠部300人在狮球岭与法军对峙。
刘铭传主动“撤基援沪”，是基于其整个台北防御战略的需要。就战略地位而言，沪尾重于基隆。台北地区的军械粮饷均储于台北府城，是清军指挥的中枢。基隆距府城较远，只有陆路相通，沿途山路崎岖，行走不易。而沪尾距府城仅30余里，法军如占沪尾，溯淡水河便可直上府城，且“该口除沉船外，台脆兵少，万不足恃，倘根本一失，则前军不战立溃，必至全局瓦解，不可收拾，不得已只有先其所急，移师顾守后路”[83]。当时法军叫嚣将要攻占全台，给刘铭传造成巨大压力。他考虑到兵力不足，难以同时应付基隆和沪尾两地的法军，权衡轻重，只能放弃基隆，全力守护战略地位更为重大的沪尾，以保证全局。
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