中法在越南的冲突日益升级，清政府也密切注意法国在中国沿海的动向。1883年11月30日（光绪九年十月二十一日），清廷即谕令沿海各省筹备防务，“相度地势，择要布置，先事切实筹办”。[40]12月17日又下谕，“法人侵占越南，外患日亟”，“闽省台澎等处，在在堪虞”，着闽省督抚“同心筹划，备预不虞”。[41]其时负责台湾防务的是台湾兵备道刘璈。接到筹防谕令后，他制定了以陆路为主、以陆制海的海防策略：“必倚内山为靠，非静镇于内，断难捍御于外”，“论海防于今日，不求角力于水面，只求制胜于陆路”。他依据台湾的地理形势，“量地分管，可专责成”，把台防划分成南、北、中、前、后五路，分派兵勇驻守，并亲自镇守台南地区，形成以台南为重心的防御布局。[42]为加强防御力量，刘璈还奏请增兵、筹饷，添募壮勇，修筑安平、旗后、澎湖等地的炮台，添设火药厂，购置水雷等。与此同时，清廷令时任两江总督的左宗棠拨调将勇渡台助阵。左宗棠大力支持刘璈，派杨在元、杨金龙、章高元等四营赴台协防。经过一番整治，台湾的防御力量得到一定的提升，单兵士就补充了十六营，全台防军增到四十营。
观音桥事件后，法国开始公开讹诈，福禄诺声言“和局不成，将取台湾、福州”[43]，台防的压力陡增，但此时却传出将帅不和的消息，引起清廷的担忧。本来清廷对刘璈评价不错，沈葆桢治台时，曾奏称刘“识力过人，情形熟悉，实为台防不可少之员”[44]。但责成筹办台防后，刘璈依靠左宗棠的支持，排挤台湾镇总兵吴光亮，招致廷议的批评。1884年5月13日，翰林院编修朱一新上奏称：“台湾地大物博，得之可以控制南陲，故东西洋人莫不垂涎其地。台湾道刘璈前守浙之台州，尚称果敢。近闻镇道意见不合，闽督驾驭失宜。古未有上下不和而可共兵事者，应请饬查更调，以免贻误。”[45]张佩纶也曾就此事上书恭亲王：“台湾镇道不和，防务一切阁置。一旦海波偶扬，恐台、澎、厦、澳尤不足恃。”他建议早日另外派员镇守台湾，“别简贤臣以为更代，或起用宿将以建军屯，均宜从速施行，俾得从容展布”。[46]由此，清廷决定另派将领负责台湾防务。1884年6月26日，清廷正式任命前直隶提督刘铭传以巡抚衔督办台湾事务，负责台湾防务，“所有台湾镇道以下各官均归节制”。刘铭传受命后急赴台湾，于7月16日抵达基隆。
刘铭传乃淮军宿将，久经戎阵，战功卓著。他接手台湾防务后，认为“全台防务，台南以澎湖为锁钥，台北以基隆咽喉”。时处“南风水涨”，台南轮船不能泊岸，防务暂时稍松，而基隆煤矿已被列强觊觎多时，近来法军更有声言攻取基隆。但原有刘璈的布局反以台南为重，全台防军四十营，有三十一营置于台北，致使“南北缓急悬殊，轻重尤须妥置”。[47]因此，刘铭传首先调整海防布局，着重加强基隆、淡水的防御。他下令在基隆外海口门的岸鳞墩、社寮岛两山对峙扼要之处，筑炮台、建护营，使基隆炮垒火力增强两倍，并从台南调来旧部章高元、武毅淮勇两营，增加防守兵力。同时，加强器械操练，“日接谈简器练兵之法”，以提高台兵的作战水平。刘铭传还电奏遣派澄庆等四艘兵舰回台湾助防，虽未获允，但这一系列调整纠正了原有布局的缺漏，基隆的防备力量得到增强，这使清军在法军发动对基隆的进攻时，免遭措手不及的打击。(www.xing528.com)
除了调整海防布局，刘铭传还试图在人事方面进行调换，这主要是处理与刘璈为首的湘军势力的关系。此事对于淮系出身的刘铭传而言，颇为棘手。刘铭传原本想调旧部铭军一同渡台，未能如愿。这种情况下，李鸿章也担心刘铭传“孤身渡台，既不能布置防务，尤恐难控制台军”[48]。刘铭传尚未到台，即上奏朝廷，以台防驻军“器械不精，操练不力”为名，声称“将来必须选用将领，切实整顿，方能得力”，但又担心“非一时所能猝办”。显然，刘铭传有意撤换刘璈，[49]这自然会引起刘璈的不满。后来李鸿章认为二刘不和，起因即是刘铭传奏劾刘璈。[50]况且，刘赴台前已筹划变更台防布局，加强基隆等地的防御，这一措施能否得到刘璈的支持并无把握。实际上，关于台防布置的意见不一。同为湘系的杨昌浚后来曾为刘璈鸣不平：“刘璈数月来，布置并不错，众论佥同，而刘帅恶之。强敌在前，若竟易生手，恐台南亦将不保。”[51]
为改善刘铭传孤身赴台的窘迫处境，李鸿章尽量抽调教习陆操、炮队、水雷的军官134人，并派铭军旧将王贵扬等10余人同赴台湾。另外，配给火炮、水雷等枪支弹药，“可勉为目前基隆一处防守之用”[52]。新任福建海疆事宜并署船政大臣的张佩纶也着手调换台湾的布防。在刘未到任前，先行弹劾台湾镇总兵杨在元。他还计划把属于湘系的孙开华调至泉州，然后再由刘铭传决定是否撤换刘璈。然而，局势的发展超出他们的预料，由于法军威胁马尾，张佩纶无暇处理台湾的事务。刘铭传到台后，立即致力于布置防务，不得已把人事调整放在一边，这最终给后来的二刘间的冲突埋下隐患，给战局带来不良影响。就在刘铭传紧张地备战、调整设防之时，法军的攻击已经到来。
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