道咸年间任台湾兵备道的徐宗幹曾指出：“各省吏治之坏，至闽而极；闽中吏治之坏，至台湾而极。”[129]沈葆桢巡台时曾提出警告，称：“台湾之吏治营政，若不认真整顿，则目前之利薮，皆日后之乱阶。”[130]沈氏当时奏请福建巡抚移驻台湾的一个主要理由即巡抚具有整顿吏治营政之权责。丁日昌到任后，发现“台湾吏治暗无天日，牧令能以抚字教养为心者不过百之一二，其余非性耽安逸，即剥削膏脂，百姓怨毒已深，无可控诉”；[131]营伍废弛甲于全闽，“汛官则除收受陋规、克扣兵粮之外，毫无所事”。[132]随即明察暗访，严厉整顿吏治营务，对于不尽职守、鱼肉百姓、玩视捕务、侵吞饷糈工费的文武官弁，尽法以惩。彰化知县朱幹隆、嘉义知县杨宝吾、何銮等因不尽职守、贪酷成性而先后被革职查办。[133]台湾县役林升遇事索诈，乡民被诈者指不胜屈，众怨切齿。丁日昌即批饬台湾道夏献纶提讯明确后，将该蠹役立毙杖下。其时万众围观，同声称快。同时将放任差役妄为，毫无闻见的台湾县知县白鸾卿撤职查办。[134]并对办理建造安平口三鲲身西式炮台，侵吞工料费银的知府凌定国予以革职，彻查究追。[135]
又光绪二年十二月彰化县之邱厝庄、乌石庄发生匪徒乘夜行劫之案，而该汛外委皆不在防所。丁日昌经确查后发现汛官到防曾不数日就擅自离汛，以致劫案迭出，实属纵贼殃民，当即将外委吴拔高押赴乌石庄失事地方，依军法从事；将不能事先预防之署北路协副将乐文祥、署彰化县知县彭鍪摘去顶戴；将不能认真缉捕的北路中营都司赵品予以革职留任处分。[136]另沪尾营水师守备嘉朝泰平日不能约束兵丁，整顿营伍，以致犯事及老弱者数至82名之多，丁日昌奏请将其革职，永不叙用，以为玩视营务者戒。[137]又丁日昌驻台时，访闻凤山县辖东港汛弁胡鸿璋抽收赌规、擅受民词、滥押诈赃，经查实后即将胡鸿璋革去名粮，依窝赌抽头枷号三个月，杖一百，解赴犯事地方枷满斥责发落；对于滥委汛防的台湾南路下淡水都司陈捷升也即行革职，以示惩戒。[138](www.xing528.com)
又镇海左营游击郭珍明、哨官都司何积祖、支应委员从九品郭秉义通同克扣勇粮；郭珍明、何积祖复贩卖洋药（即鸦片）与勇丁吸食。总兵朱名登委带营勇，旷缺虚浮，不能整顿，且对帮带哨官与支应委员克扣勇粮及在营贩卖洋药始终袒护。丁日昌即请旨将总兵朱名登、从九品郭秉义革职，永不叙用。将郭珍明、何积祖于军前正法，俾昭炯戒，而肃戎行。[139]另台湾北路管带参将黄得桂短缺勇丁，又与其弟黄德沛通同舞弊，盗用关防，私卖功牌，并侵蚀截旷银两，丁日昌即会同闽浙总督等参奏，将其革职查办。[140]
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