同治十三年，沈葆桢第一次巡台时即一面下令开山，一面筹议招民于已开路处分段屯垦，以杜绝外人觊觎之心。然其时因旧禁未除，人民裹足不前，尽管四处张贴告示，但苦久无应者，成效不佳。光绪元年，取消民众渡台及进入“番”地的旧禁后，又在中路和南路分别设立招垦局和招抚局，颁布《屯政章程》，由官方提供给口粮以及耕牛、农具、草厝等费用，规定每个垦民必须垦田一甲，垦成后每年向政府交纳十分之三的官租等。[117]
丁日昌莅闽后继续推行移民实边、开垦台湾内山的既定方针。鉴于闽、粤两省人多地少，无业穷民贩卖出洋为佣工，备受凌虐摧残的情形，丁日昌于光绪二年十一月上疏朝廷，拟于香港、汕头、厦门等处设立招垦局，每月派定官轮船数次前往招集客民，并准携带眷属，到台后给予房屋、牛只、农具。将来壮者勒以军法，使为工而兼为兵。弱者给以田畴，既有人而自有土。如此则台湾多一百姓，即外洋少去一百姓；外洋少去一百姓，即中国多活一百姓。[118]
光绪三年拟定的《抚“番”开山善后章程》第十七条即提出：“前、后山各处旷土正多，应即举设招垦局，即日由营务处选派委员，前往汕头、厦门、香港等处招工前来开垦。所有开垦章程，另文拟办。”[119]六月，丁日昌在其奏折中表示已经派人赴厦门、汕头等处分头招募垦民，待秋后风浪平息，即可由轮船装载而来。所需耕牛、农具已饬由台湾道夏献纶筹款购置，开垦章程先已参酌妥协俾易遵行。[120]在丁日昌的主持之下，新的招垦工作已在紧锣密鼓进行之中。光绪四年（1878）春季，由夏献纶和道员方穟分别拟定的《招垦章程》及其变通章程正式颁布施行，以此为标志，台湾后山的招垦工作进入了一个新阶段。
由夏献纶所拟定的《招垦章程》共有二十条，它是针对在台湾招募的垦民而制定的，其主要内容为：
由台地所招垦民，俟到地开垦起，前六个月，每名每日给银八分、米一升；其什长每日加银二分；百长月给银八两、米三斗。后六个月，田地渐次开辟，应减为每名每日给银四分、米半升；一年后概行停止。开垦之地，总以成熟三年后升科，其所领口粮、牛只、农具等项，或于田亩成熟三年，缴官归还成本；或不能完缴，即于正供之外，另交官租若干？均由各该处招垦局体察情形办理。[121](www.xing528.com)
而后来由道员方穟拟定的《变通招垦章程》则是针对从大陆招徕的垦民的，其主要内容为：
（大陆内地）垦民到台之日起，前一年，每日每人给银八分、米一升；什长加银四分；百长月给银九两、米三斗；尾后半年，什长、垦丁每名日减银三分，予限一年半为期，田园具备，种熟有收，银米概行截支。开垦之地，总以三年后，委员复勘升科。其前领过口粮、农具、牛只、籽种等项资本银两，分作十成，开耕五年以后，田地概行成熟，每年摊完二成，期限五年缴清成本。或俟三年升科后，于正供之外，另交官租若干？经由开垦委员体察情形办理。[122]
上述从光绪四年开始实施的新的招垦章程与原来的《屯政章程》相比，有若干不同之处。首先，对垦民予以区分，分别对大陆内地垦民与台湾垦民给予不同的资助标准。其中对大陆内地垦民较为优惠，不仅标准较高，而且时间较长，这与当时注重招徕大陆垦民有密切关系。其次，对事先发给的口粮、耕牛、农具、种子等项，规定到时必须缴还成本，而不是如原来那样由政府无偿提供，只要求垦成后每年后交纳三成的官租。[123]
除了实行新章程外，这时也在相关各处增设招垦机构，到光绪四年，后山的招垦机构已经发展到五六个，如岐莱招抚局、璞石阁招抚局、卑南招抚局、埔里六社招抚局、南路招抚局、枋寮招抚局。在丁日昌的主持之下，实施了一系列新的招垦措施，台湾后山的开发与之前相比有了明显的进展。特别是由官方从大陆内地招募垦民前往台湾开垦，这在历史上尚属首次，引起社会各界的关注。光绪四年四月二十七日《申报》对此作了报道：“台湾山后绵亘数千里，中多土产。其地均系膏腴，果得开耕，诚能上裕国课而下利民生。本报已屡言之。兹闻闽省各大宪已招人往山后开耕，一片荒山将成沃壤。所有农具、耕牛均由官给，每月每人并给工食制钱二千四百文并白米三斗。除雇用土人外，另用船政局第十二号轮船驶往广东招广、潮两属人民；自去冬至今春，约已招到四五千矣。闻内有千余人系在该处防堵，余俱业农；俟满三年后始行起赋，而田亩为开垦者世业云。”[124]又据袁闻柝《开山日记》记载，自光绪三年春丁日昌派人在汕头设立招垦局以来，已招募潮民2000余人，用官轮载赴台湾，其中800余名交予吴光亮安插在大港口及卑南等处开垦，仅卑南一地就安插了500余名。[125]至于恒春南路抚垦局，据委员周有基禀报，光绪三年十一月至十二月间，共安置垦民340人，其中，妇女15人，小孩13人，其余312人为垦丁，全部共发给米票（口粮）101．55石。[126]另外，自光绪四年春至五年秋，周有基在八磘湾、牡丹湾、巴郎卫等处共发给垦民耕牛17头，犁、钯、锄头等各种农具数百件。[127]又卑南抚垦局自光绪三年九月起，至五年十月止，先后共领过银10164．9141两；支给各垦民口粮，并置办农具、耕牛、谷种等项开垦资本，总共银9708．55462两。[128]从上述数据可以看出，当时后山的招垦已经达到一定的规模。
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