同治十三年，牡丹社之役，沈葆桢利用军队，于南北中三路筹办开山抚“番”。北路自苏澳至吴全城为止，共扎一十三营半，又水师一营，提督罗大春主之；南路自社寮至卑南为止，共扎振字四营，又绥靖军一营，总兵张其光、同知袁闻柝主之；中路自牛辒辘至璞石阁为止，共扎二营半，总兵吴光亮主之。光绪二年（1876）十一月，丁日昌渡台，十八日到基隆，察看煤矿之后，又带同随从经三貂岭，行抵后山苏澳，亲自抚慰将士。同时发现开山抚“番”每年耗饷巨万，成效毫无，弃之则恐后山为彼族所占，后患滋深；守之则费重瘴深，兵勇非病即死，荒地仍然未垦，“生番”仍然杀人，年复一年，势成坐困。且南北中三路统领，各办各事，平时既不能声气相通，临事复不能首尾相顾，频年株守荒山，士卒时遭疫疠，非计之得也。[105]
经过对后山山形地势、土地肥瘠的踏勘分析，丁日昌认为后山北路苏澳至新城，一百六七十里，崇山峻岭，逼近“生番”，勉强开路，终属艰险难行。而且无田可垦，无矿可开，外人断不垂涎。自新城起至大巴陇止，约一百里，是为北路之岐莱；自大巴陇起至成广澳止，一百余里，是为中路之秀孤峦；自成广澳起至阿郎台止，一百余里，是为南路之卑南；计共袤长有三四百里，广则有四五十里或十余里不等，类皆平埔近海，沃壤甚多。而以中路之璞石阁水尾，为适中之地，北可控制岐莱，南可联络卑南。若于其间驻扎大员，练兵屯田，招民开垦，并将附近生熟“番”教以稼穑，不唯饷需可节，而成邑亦指顾可期。将来约可设立一府三县，足为台东巨镇。[106]
丁日昌认为与其驻兵于无用之地，不如移扎于有用之区，垦既开而有裨时局。当与总兵吴光亮、台湾道夏献纶等熟商，对原来军队驻防改弦易辙，实行变通。将吴光亮所部移扎后山璞石阁水尾，居中控驭，使南北连为一气，而将苏澳至新城中间所扎各营移扎岐莱、秀孤峦、卑南一带，归该镇调度节制，免致零星散扎，漫无归束。苏澳以下各营，既经腾挪移扎新城至卑南一带，归吴光亮调遣，则苏澳自可不设统领。然苏澳为后山北路门户，拟仍扎一营，就近归驻扎鸡笼之总兵孙开华调度，俾有禀承。[107]
另外，从前台湾南、北、中所开三路，类皆鸟道羊肠，“生番”时常截杀，故每开一路必驻数营之兵以守之，而危崖壁立，车马难通。道虽开，犹不开也。光绪三年正月，丁日昌利用巡查南路之机，在恒春觅得一路，可由八猺湾、大鸟万而达后山卑南、秀孤峦等处。当即令前恒春县知县周有基就近分雇民“番”，克期开凿报竣。经派人前往查验，称此路极为平坦，车马皆可行走，连年所开后山各路，无如此次之工省而路平者。丁日昌拟在新路多设腰站，前后山往来文报不过数日可达，较之从前所开各路迟速悬殊。而前次所开各路均可暂行弃置，既节饷需，又免“番”害。[108]
正当丁日昌在台巡视之时，光绪二年冬发生了台湾镇总兵张其光所部哨官把总及兵勇被南路率芒社“生番”戕害事件，而附近乡村数十年来被该“番”杀害者无数。丁日昌认为若不认真择尤痛剿，则各“凶番”相率效尤，益将肆无忌惮。于三年三月派总兵张其光督率所部前往剿办，但又谆谆告诫台湾镇、道“解散胁从，如狮头、龟纹等社果能悔罪投诚，均可宽其既往。至后山平埔近海各‘番’，尤宜加意筹维，以防外衅”。[109]
台湾中路水沙连计有田头、水里、猫兰、审鹿、埔里、眉里六社，周围七八十里，平旷膏腴。道光年间议开未果，而民人前往私垦，岁久益多。开港后，洋人时往游历，影照地图，并设教堂，煽惑民“番”，以致从教者日多。驻厦门美国领事恒礼逊曾亲往该处游历多日，并优给民“番”衣食物件，居心甚为叵测。丁日昌认为应将该地速行开辟，设官治理，以免外人从中诱惑，酿成事端。并饬总兵吴光亮，将自集集街入埔里社路径开通，联络布置。于该社紧要适中之地，先行筑一土城，派官驻扎，并分兵防守，兼募民栽种竹树，以固藩篱。再将抚绥“番”族，招集垦民等应办各事次第图维，以为先发制人之计。[110](www.xing528.com)
由于上年收成薄歉，租贌又多为汉民所欠，光绪三年青黄不接之际，埔里六社“番”民发生饥困。丁日昌接到吴光亮的报告后，当即商嘱台湾道夏献纶，转饬署彰化县知县钟鸿逵携带银米前往该处，会同署鹿港同知李时英查明“番”民人数，不分大小口，按名每日给米一升，俟稻熟再行停止。并督饬厅、县速为清出租贌，教之耕作，开浚水源，俾防荒旱，广设义学，导以尊亲。如果力能胜役，便可雇以开路、开矿，仿古人以工代赈之法，俾能持久。并上疏建议，将来凡有似此无衣无食之“番”，一律筹款酌赈。[111]
光绪三年正月，丁日昌带同随员前往台湾南路巡查，由凤山周历枋寮、刺桐脚、狮头岭；复由枫港折而南，历柴城、恒春、瑯峤，并察看恒春县所辖下十八社“番”情。同时“通饬全台文武于良善之番善为抚绥，不准百姓稍有欺凌，通事稍有垄断。其原有田地，设立界址；不准百姓稍有侵占。并每社各设头目，稍予体面，以资约束而便羁縻”；使“受抚之番有利而无害，则向化之心益坚；不受抚之番有害而无利，则革面之心益笃”。[112]
光绪三年五月十二日，丁日昌又从安平出发，经凤山、恒春前往后山卑南等处查勘，于二十八日与总兵吴光亮在卑南会晤。该处八社头目及民庄董事等人来谒。丁日昌“宣布朝廷恩德，反复谕导，勉以各安本分，同荷生成”，对“番”目向能办事者奖以银帛。同时亲至卑南觅社中议事公所，得悉后山一带共设义塾十六处，民“番”诸童已有鼓舞向学之机，对其塾师和学童酌加奖励。并饬同知袁闻柝查明僻远未设之处再添数塾以广化导。[113]另台湾“番”童向有参加应试者，但最多不过取充佾生而已。丁日昌认为“番”童登进无路，难期鼓舞奋兴，遂于光绪三年春主持台湾岁试时破除民“番”畛域，将淡水厅“番”童陈实华一名取进台湾府学。[114]事后又上《添设熟番学额饬部立案片》，建议援照康熙五十四年（1715）湖南所属苗猺另编字号，于正额外酌量取进事例，每年定熟“番”进学名额一至二名。并请饬令部臣查照立案，以免冒滥，而示招徕。[115]
光绪三年三月，丁日昌派张其光率勇对戕害兵勇的率芒社进行剿办之后，亲自拟定《抚“番”善后章程二十一条》，对民“番”之间的关系作了规定，使开山抚“番”有法依循，以保护民、“番”的正当权益。其主要内容为：（1）分清地界，以免“番”境日蹙，致无容身之地。（2）不准民、“番”私相报复。有故必控于官，由官定其曲直。民有欺“番”者，亦治以应得之罪，以平其心。（3）教之树艺桐茶棉麻，以资生计。庶免日靠射猎，致长杀机。（4）剃发者准出社，否则，出社即以匪论。（5）“番”目子弟皆令入义学，给以衣食。既可渐摩教化，又阴以资钤制。（6）沿海通商界内洋人聚集之所，不准该“番”擅到，以免接济军火，勾引煽惑等等。并交由抚“番”委员妥办，严定赏罚，以专责成。[116]
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