沈葆桢认为欲将台湾真正建成七省门户、海防重镇，除了上述开山抚“番”这一开创性的重任之外，更需对台湾原有的种种积弊，如班兵之惰窳、蠹役之盘踞、土匪之横恣、民俗之慆淫、海防陆守之俱虚、械斗札厝之迭见、学术之不明、禁令之不守等全力加以整顿。[53]而不论是开创性的新政，还是旧积弊的清理，都需要有一主持大局之人。根据乾隆五十三年之规定，闽浙总督、福建巡抚、福州将军及水师、陆路提督每年须有一人轮值，前往台湾巡查。[54]然而，沈葆桢认为：“使臣持节，可暂而不可常。欲责效于崇朝，兵民有五日京兆之见；倘逾时而久驻，文武有两姑为妇之难”。[55]而以台湾前后山的幅员计之，可建三府十数县，固非一府所能辖。如别建一省，条件尚未具备。因为台湾军饷需要福建协助，福建食米有赖台湾接济，彼此相依，不能离而为二。沈葆桢经过再三思量，觉得“年来洋务日密，偏重在于东南，台湾海外孤悬，七省以为门户，其关系非轻。欲固地险，在得民心；欲得民心，先修吏治、营政；而整顿吏治、营政之权，操于督、抚。总督兼辖浙江，移驻不如巡抚之便”；“山前、山后其当变革者、其当创建者，非十数年不能成功；而化番为民，尤非渐渍优柔，不能浑然无间。与其苟且仓皇，徒滋流弊，不如先得一主持大局者，事事得以纲举目张，为我国家亿万年之计”。[56]遂于同治十三年十一月十五日上疏，提出“宜仿江苏巡抚分驻苏州之例，移福建巡抚驻台”，并对巡抚移驻之好处一一作了详尽的论述：
镇、道虽有专责，事必禀承督、抚而行；重洋远隔，文报稽延，率意径行，又嫌专擅。驻巡抚，则有事可以立断，其便一。镇治兵、道治民，本两相辅也。转两相妨，职分不相统摄，意见不免参差，上各有所疑，下各有所恃，不贤者以为推卸地步，其贤者亦时时存形迹于其间。驻巡抚，则统属文武，权归一尊，镇、道不敢不各修所职，其便二。镇、道有节制文武之责，而无遴选文武之权。文官之贪廉、武弁之勇怯，督、抚所闻与镇、道所见，时或互异。驻台则不待采访，而耳目能周，黜陟可以立定，其便三。城社之巨奸、民间之冤抑，睹闻亲切，法令易行，公道速伸，人心帖服，其便四。台民烟瘾本多，台兵为甚；海疆营制久坏，台兵为尤。良以弁兵由督、抚、提、标抽取而来，各有恃其本帅之见。镇将设法羁縻，只求其不生意外之事，是以比户窝赌，如贾之于市、农之于田。有巡抚，则考察无所瞻徇，训练乃有实际，其便五。福建地瘠民贫，州、县率多亏累，恒视台地为调剂之区；不肖者骫法取盈，往往不免。有巡抚以临之，贪黩之风得以渐戢，其便六。向来台员不得志于镇、道，及其内渡，每造蜚语中伤之；镇、道或时为所挟。有巡抚，则此技悉穷，其便七。台民游惰可恶，而实戆直可怜。所以常闻蠢动者，始由官以吏役为爪牙、吏役以民为鱼肉，继则民以官为仇雠。词讼不清，而械斗札厝之端起；奸宄得志，而竖旗聚众之势成。有巡抚，则能预拔乱本而塞祸源，其便八。况开地伊始，地殊势异，成法难拘；可以因心裁酌，其便九。新建郡邑，骤立营堡，无地不需人才；丞倅将领可以随时札调，其便十。设官分职，有宜经久者、有属权宜者，随事增革，不至廪食之虚糜，其便十有一。开煤、炼铁有第资民力者，有宜参用洋机者；就近察勘，可以择地而兴利，其便十有二。[57]
李鸿章对沈葆桢的主张也极表赞同，谓为经久之计。然而，闽中督、抚对此持有不同意见，认为巡抚负有全省之责，不宜常川驻台，主张仿照直隶总督驻津之例，往来兼顾。由于移驻的确存在实际困难，沈葆桢最后也同意“省台兼顾”的方案。光绪元年十月，定为福建巡抚每年冬春二季驻台湾，秋夏二季驻福州。[58](www.xing528.com)
康熙年间台湾原有的行政区划只有一府三县，雍正元年（1723）起虽然陆续增设了彰化县及澎湖、淡水、噶玛兰三厅，但是随着土地的开发，经济的发展，特别是通商口岸的开放，原有的行政区划已经无法适应时代前进的步伐。沈葆桢渡台后根据实际情形的考察，决定对台湾的行政区划进行重新规划。同治六年（1867），台湾南部的瑯峤曾受美国海军的攻击，十三年三月，日军侵台亦系在该地区登陆。沈葆桢感到这是台湾的一个重要地区，于十三年十二月率同台湾知府周懋琦、前署台湾总兵曾福元等抵达瑯峤，亲履查勘，决定在该地筑城设治，名曰“恒春县”，属台湾府管辖。[59]
又台湾北部淡水厅南北345里，辖地过广，人口40余万。淡水、鸡笼等开港已10多年，华洋杂处，交涉日繁，稽察难周，政教难齐。沈葆桢在台考察之后，认为“就今日之台北形势策之，非区三县而分治之，则无以专其责成；非设知府以统辖之，则无以挈其纲领”，[60]遂对台湾北部的行政区划重新作了规划。艋舺地方沃壤平原，两溪环抱，村落衢市，蔚成大观；且与省城五虎门遥对：不特为淡水、噶玛兰扼要之区，且系全台北门之管钥。沈葆桢即于该处创建府治，名之曰“台北府”；自彰化以北直达后山胥归控制，仍隶于台湾兵备道。将原淡水厅一分为二，自头重溪以南至彰化界之大甲溪止，南北相距百五十里，设立一县，名之曰“新竹县”；南自中枥、头重溪，北至远望坑为界，设立一县，名之曰“淡水县”。原噶玛兰厅改为“宜兰县”。鸡笼一区通商以后竟成都会，且煤务方兴，工商四集，海防既重，讼事尤繁，以建县治，则其地不足。沈葆桢即在该地设基隆厅，改噶玛兰通判为台北府分防通判，移驻鸡笼以治之。[61]光绪元年十二月二十日，清廷批准了沈葆桢在台北设立一府三县的规划。[62]这样台湾的行政区划就由原来的一府四县三厅，增为二府八县四厅。同时，沈葆桢又根据开山抚“番”的实际需要，奏请将台湾南路理“番”同知由台湾府城移驻卑南，将北路理“番”同知由鹿港移驻水沙连，并各加“抚民”字样，凡有民番词讼，俱归审讯，将来升科等事亦由其管理。[63]沈葆桢移驻巡抚和添设郡县等措施加强了对台湾南北内山的行政管理，为日后台湾正式建省奠下了基础。
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