副岛种臣结束使华任务，返抵东京后继续鼓吹征台事宜，与此同时，自明治维新以来日本与朝鲜之间的矛盾与争执，历经五六年的交涉，不仅未能解决，反而愈演愈烈，一时之间，日本国内“征韩论”甚嚣尘上。然而，此时赴欧美考察近二年的“岩仓考察团”于9月间返日，在以考察团为主的“内治派”与以留守阁员为主的“征韩派”的辩论中，“征韩派”败北，该派主要人物西乡隆盛、副岛种臣、后藤象二郎、板垣退助、江藤新平等阁员相继辞职，挂冠而去。[26]“内治派”获胜后推动改革，1873年11月10日设立内务省，大久保利通出任内务卿，推行殖产与兴业政策。
尽管国内政局发生了变化，但日本政府并未放弃侵台的企图，而且各项出兵的准备也从未停止过，只是为了避开外国公使的耳目，防止列强的干涉改采秘密的方式进行罢了。[27]而受挫的征韩派对政局不满，发生了企图暗杀岩仓具视的事件。接着又爆发了佐贺之乱。在平定叛乱之后，日本政府乃决定将准备已久的侵台计划付诸实施，以转移内乱的危机。1874年1月26日，大久保利通和大隈重信被任命为台湾朝鲜问题调查委员，经过与兒玉利国及李仙得等人会谈之后，在2月6日的内阁会议中，大久保利通和大隈重信两人联署提出《台湾蕃地处分要略》，其内容为：
第一条 台湾土蕃部落为清国政府政权未逮之地，其证明在清国出处之书籍内亦明记为证，尤其去年前参议副岛种臣使清时，彼朝官吏之回答亦判然分明，故具备可视为无主地之道理。因此报复我藩属之琉球人民遭杀害一事，为日本帝国政府之义务，故讨蕃之公理于此可奠定深厚基础。但至于处分，则应以确实完成讨蕃抚民之役为主，以清国所生之一二议论为次。
第二条 应派公使赴北京，筹设公使馆，使之办理外交。清人若问琉球之所属，即准照去年出使之说法，谓琉球自古以来为我帝国之所属，并应明示现已更使其沐浴恩泽之实。
第三条 清官若以琉球向彼本国遣使献贡之故，而认为应为两国所属时，应不再回顾其关系，而以不回应其问题为佳。因为控制琉球之实权皆在于我帝国，且如果我方之目的在于处理完台湾问题后立即使其停止遣使献贡之非礼，故无须枉费力气与清政府辩论。
第四条 若清政府提起台湾处分之问题时，则应坚守去年之议点，收集政权不逮于蕃地之明显证据，使之无可动摇。若由于土地比邻之故，而提出可议论时，则应以和平方式解决。若其事件涉及非常困难之部分，可向本国政府请示。惟于推托迁延时日之间而成事且不失双方之和，此为机谋外交之一策略。
第五条 土蕃之地虽视为无主之地，但其地势与清国版图犬牙相连，因而发生邻境关系之纠葛时，则于属福建省之台湾港置领事一名，令其兼管淡水事务，并于征蕃时办理有关船舰往来之各项事务。除上述职掌外，令其担当有关台湾处分时与清国地方官应对，极力保持和好为长久之计。但应任命视察清国之福岛九成为领事。
第六条 领事无关蕃地之征抚，担任征抚者无关于两国之应对，盖明其分界，以维持和好是也。若事涉及极端重要，则可转达驻北京公使。
第七条 福州为福建之一大港，但处分台湾之方便路径由是以台湾及淡水为要地，且福州有琉球馆，故应暂时置之度外，以避免嫌忌为佳。
第八条 应先派福岛九成、成富清风、吉田清贯、兒玉利国、田中纲常、池田道辉等六名至台湾，进入熟蕃之地，侦察土地形势，且令其绥抚怀柔土著，他日处分生蕃时，可使诸事便利。
第九条 侦察之要点为计划让军队由熟蕃之地瑯峤、社寮港上陆，故应先注意此一带之地势及其他便利于停泊上陆之事宜。[28](www.xing528.com)
《台湾蕃地处分要略》第一条显示，日本视台湾“番地”为无主之地，出兵讨“番”有理，征台在于获得“番地”为殖民地。第二、三条为其外交策略，力主琉球属于日本之说，若中国提出两属之说，则不加理会，待处分台湾后，再禁止琉球向中国朝贡。第五、六条指派福岛九成出任厦门领事，命其与台湾官员维持友好关系，并使领事事务与军事行动划分清楚以避嫌。第八、九条则为军事行动前的侦察要领，派福岛九成、成富清风、兒玉利国等赴台，进入“熟番”部落侦察。
同日，内阁会议做出攻台决定。4月4日，日本政府设立“台湾蕃地事务局”，由大藏卿大隈重信出任“台湾蕃地事务局”长官；李仙得则以外务省二等出仕；陆军中将西乡从道任台湾蕃地事务都督，陆军少将谷干城与海军少将赤松则良为参军，陆军中佐佐久间佐马太与陆军少佐福岛九成为参谋。同时，任命柳原前光为驻华全权公使，令其着重办理日军征台的交涉事宜。另根据李仙得推荐，高薪雇佣了美国海军少校克些尔（Douglas Cassel，又译为克沙勒）和陆军中尉瓦生（James Wasson）分别负责军事策划和指导建筑阵地工程。侵台兵员的组成，主要以熊本“镇台军”（明治政府在熊本地区的正规部队）为主体，另外又在鹿耳岛征募兵员，总数共3600余名。大久保利通还委托大仓喜八郎组建大仓组商会，负责军需运输的任务。另外又租借了英国商船“约克夏”号与美国商船“纽约”号来运送兵员与物资，以补充日本船只之不足。
4月9日，西乡从道率日进号、孟春号等军舰由东京湾品川港出发，前往长崎。日本出兵侵台的行动，引起列强驻日公使的强烈关注。英国驻日公使巴夏礼（Harry S．Parkes）鉴于英国在台湾各口重大的商务利益，于4月9日、13日、16日连续三次照会日外务卿寺岛宗则，诘问日本派兵赴台湾的确实地点与目的，对日本出兵的合法性提出质疑，并于13日声明局外中立，撤回受雇加入日本侵台军事行动的英国公民和船只。继而俄国、意大利、西班牙等也纷纷对日本的出兵提出质疑，宣布中立。美国新任驻日公使平翰（John A．Bingham）对美人员和船只加入日军侵台的传闻，反应迟钝。三月初二日（4月17日），《日本每日前锋报》（Japan Daily Herald）批评平翰不但未严守中立，且默认或明许美船被日本雇用。平翰乃于次日照会日外务卿寺岛，诘问传闻是否属实，抗议日本雇用美国人员和船只从事战争行动。同日，《星期邮报》（Week Mail）再度抨击美公使，终于促使平翰向日本表明局外中立，同时禁止美国人员和船舶参加征台行动。[29]
除了列强的干预，文部卿木户孝允等亦对出兵持有异议，并于4月14日提出辞呈以示抗议。日本政府的信心有所动摇，拟中止出兵。4月19日，太政大臣三条实美派权少内史金井之恭赴长崎，通知大隈重信暂停征台行动，但西乡从道以“陆海军士气高昂，恐难遏制”为借口，悍然拒绝接受，命令“有功丸”搭载首任厦门领事兼台湾“番地”参谋福岛九成、克些尔、瓦生、纽约前锋报记者爱德华·豪士（李仙得之秘书）及由二百多名士兵组成的先头部队，携带西乡从道致闽浙总督李鹤年之《日军征台之通知书》于27日连夜起航驶往厦门。而李仙得则因顾虑各方的反对意见，不得不放弃原先随军出发的打算，返回东京。5月2日，日将谷干城、赤松则良也率兵搭日进、孟春舰及运输船三邦丸、明光丸等组成的船队自长崎出发。
5月3日，“有功丸”进入厦门港。[30]日本原先雇聘的熟悉台湾南部地区，能说数种部落方言的英籍医师万松（Dr．Patrick Manson）已接到英驻华公使的警告函离厦回国。福岛九成向厦门同知李钟霖递交西乡从道致闽浙总督李鹤年的照会，称这次奉命统兵，深入番地的目的是对两年前劫杀琉球遭风人民的“土番”，“招酋开导，殛凶示惩”，并要求其“晓谕台湾府县、沿边口岸各地中外商民”，对日军“不得毫犯”云云，[31]而且不等闽浙总督复函，就匆匆驶离厦门，前往台湾。
同治十三年三月二十二日（5月7日），日军先头部队所乘坐的“有功丸”抵达瑯峤湾，次日，士兵登陆上岸。二十五日，谷干城、赤松则良率领千余名士兵乘坐日进号、孟春号驱逐舰及三邦丸、明光丸两运输船也相继抵达瑯峤。日军采用李仙得的计划，先安抚瑯峤地区的居民，使牡丹社、高士佛社孤立，再以军队攻讨之。5月15日，日军派遣赤松则良、克些尔、瓦生、豪士及华裔美籍通译詹汉生（James Johnson）入山与头目接触。其时老头目卓杞笃已过世，由射麻里社的头目一色（Yisa）和老卓杞笃的幼子小卓杞笃与之会谈。日方借助李仙得的名义与头目建立了关系，并借由试放洋枪，展现武力，与头目达成某种协议。不过，瑯峤居民对日军仍“抱持戒心和敌意，即使军营附近的村民，也面露仇视的眼神……日军一开始即派人极力解释，试图安抚村民的情绪，但效果似乎有限”。[32]5月18日，日军侦察部队在双溪口、四重溪一带巡逻，其中脱队的五六名士兵遭到埋伏于灌木丛中“原住民”的袭击，班长北川直征被馘首。与此同时，日进号军舰到东部海岸探测水域时也遭到岸边埋伏的龟仔角社战士的开火射击。5月20日，侦察部队在三重溪遭到牡丹社“原住民”的伏击，两名士兵重伤，“原住民”一人被杀。5月21日，另有日军侦察部队“往保力山巡哨，至石门洞，被牡丹番放铳伤毙六名”，[33]佐久间佐马太率大队日军赶往四重溪增援，双方在石门展开激战。石门两侧危崖耸立，直挺冲天，一边高约500英尺，另边450英尺，崖底仅宽30英尺。牡丹社人占据有利地形，进行射击。日军大部队难以展开，乃从石门背后之山腹攀爬而上，然后从崖顶居高临下与下面的日军首尾夹攻。牡丹社人不支撤入内山。是役牡丹社包括酋长阿禄父子在内12人战死，被日军馘首，日方死者则有14人。[34]
正当石门之役双方鏖战正酣之际，日本侵台军总司令西乡从道和参谋幕僚乘坐“高砂丸”抵射寮港，另有船舶共载来增援军队1900余名、大仓组工匠500名。[35]
四月十八日（6月2日），日军依军事会议决定兵分三路，对牡丹社进行总攻击。左翼由谷干城任指挥官，桦山副之，水野为通译，从枫港迂回进袭；中路自石门而入，以佐久间为指挥官，西乡偕克些尔、瓦生、豪士等随行督师；右翼自竹社口进攻，以赤松则良为指挥官。三路共有兵力1300余人，另有火炮多门，声势颇大。十九日，日军攻占牡丹社，“原住民”已事前逃离，不见踪影，遂放火将番社焚毁。[36]为了安全和交通问题，日军遂撤出牡丹社，在双溪口设置分营，展开诱降行动。五月十八日（7月1日），周劳束酋长率领牡丹社、尔乃社、高士佛社等六社酋长，透过统领埔头人林阿九等人之中介，在保力庄杨天保家中与日军议和。[37]
日军解决了牡丹社之后，便在枫港增驻一支营，在周劳束海岸派遣一小队把守番地入口，又在龟山等地盖建营房，设立“都督府”。[38]此后还陆续从日本运来铁器、农具及果树苗木等，实行屯田、植树，以图久踞。[39]
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