日本虽然从李仙得处获得不少极有价值的情报，但对中国政府的态度尚不了解，于是接受李仙得等人的建议，以互换条约并祝贺同治皇帝亲政为名，派遣副岛种臣为特命全权大臣赴中国，刺探中国政府的态度，寻找出兵征台的“口实”。同治十二年二月十一日（1873年3月9日），日皇向副岛颁发了《为生番问罪委让全权》的敕旨，称：“朕闻台湾岛之生番，数次屠杀我人民，若置之不问，后患何极？今委尔种臣以全权，尔种臣其往伸理之，以副朕保民之意。钦哉。”[15]另有《为生番问罪与中国交涉方法四条》的别敕，其内容为：
第一，清政府如果视台湾全岛为其属地，可接受其谈判，由其负责进行处置，应责成清政府为遭杀害者申冤报仇。清政府必须给予罪人以相当之责罚，对于横死者之遗族给予若干扶助金，并保证今后不再有同样之暴虐事件发生。
第二，如果清政府认为政令所不及，不视其为属地，不接受上述谈判条件时，则应由朕来处置。
第三，清政府如以台湾全岛为其属地，却事托左右，不接受谈判，则辩明清政府已失政权，且责以“生番人”无道暴虐之罪；如不服所责，则如何处置，任朕之意见。
第四，上述谈判，除以上三条以外，另生枝节，则须注意遵守公法，不失公权而临机处理。[16]
从别敕内容可以明显看出副岛此次使华目的是“醉翁之意不在酒”，而在刺探中国政府的态度，为出兵侵台寻找“口实”。《副岛大使适清纪略》附言就明白指出：“副岛适清，换约名也，谒帝亦名也，惟伐番之策分。”[17]副岛自己也说道：“使外人之觊觎台湾者，不敢妨我王事；使清人甘让生蕃之地，开土地，得民心，非臣恐无成处；请赴清，藉换约，以入北京，说倒各国公使，绝其媚疾，因与清政府讨论谒见皇帝问题，告以伐蕃之由，正其经界，开拓半岛。”[18](www.xing528.com)
二月十三日（3月11日）副岛种臣偕副使柳原前光、翻译官郑永宁由横滨启程来华，李仙得作为代表团顾问随行。代表团一行于三月二十四日（4月20日）抵达天津，之后会晤李鸿章，完成换约手续。四月十一日（5月7日）日本代表团抵达北京，与相关官员接触，于六月初五日（6月29日）觐见同治皇帝。
虽然日本代表团此行的主要目的是台湾“番”地问题，但为了避免引起西方列强的猜疑及中国方面的戒备，副岛种臣在先前的外交谈判中绝口不谈台湾事件，不送照会，不亲自交涉，而是在整个行程即将结束之际于五月二十七日（6月21日）匆匆派副使柳原前光与郑永宁会见总理衙门大臣毛昶熙和董恂，先旁敲侧击询问澳门的地位及朝鲜实际独立的程度等问题，最后提到台湾“生番”杀人的话题。中方官员答称：“番”民之杀琉民，既闻其事，害贵国之人则未之闻。琉球系我藩属，彼时已将幸存者，妥为救护，并已送还其国。柳原又问：贵国既言已救护琉人，何不惩治台湾“番”民？中方官员答称：台湾之“番”民有生、熟两种，从前服王化者为熟“番”，置府县治之；未服王化者为“生番”，故且置之化外，未便穷治。并称中方所以对“生番”未加穷究，系因政教所不及。然有闽浙总督救护琉人之奏报，待再查阅后，再作答复。柳原知道中方不可能在书面材料中有任何漏洞，便以副岛大使急于束装归国为由，表示不想等待以后的任何答复，总署官员亦未与之深论。[19]
日方借由与中国官员非正式的接触，以及将中国官员疏忽的答话解释为中国政府就台湾“番”界地位所做的明确答复。就在双方会谈的当晚，副岛迫不及待地向日本政府报告，称已从总理衙门方面获得原先想要的答复，即承认“番”地为中国政令及教化不及之地，任务已圆满完成。此行的目的既已达到，副岛一行遂于六月初九日（7月3日）离开北京返回日本。[20]
就在副岛出使中国的同时，台湾附近又发生一起船难。日本小田县备中州人佐藤利八等4人驾船运载盐、席往纪州尾和濑，售出后换回线粉香菇等物，回程时在纪淡海峡遭遇大风，于同治十二年二月初十日漂至台湾东海岸卑南马武窟，船碎，物无一存，登岸求救，又遇土人围聚，惊恐之际，幸得卑南番目陈安生救护，在其家中居住三月余，然后由其送至旗后，再经郡城，至六月十二日乘轮船至福州。官府给予衣食零钱，备受优待，最后于二十六日（7月20日）搭轮护送至上海交予日本领事送回日本。时日本方面曾来函致谢。[21]后日本出兵时竟诬称其难民遭“生番”劫掠，作为其侵台的另一借口。
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