第一次鸦片战争之后，英、法、美列强通过《南京条约》、《望厦条约》及《黄埔条约》等一系列不平等条约，获得了在通商口岸传教的权利。咸丰八年，中英《天津条约》第八款规定：耶稣圣教暨天主教原系为善之道，待人如己。自后凡有传授习学者，一体保护，其安分无过，中国官毫不得刻待禁阻。[41]同年，俄、美、法等国与中国签订的《天津条约》中均有类似规定。天主教和基督教于是再度传入台湾。
最初来台的是天主教的传教士。咸丰九年五月十五日（1859年6月15日），菲律宾圣多明我会支部的西班牙籍神父桑英士（Fernando Sainz，中文名为郭德刚）与厦门教区的蒲富路（Angel Bufurull）华籍修士三人、教友二人自厦门出发，十八日在凤山县打狗登陆，二十二日在狮甲村租屋而居，传教士的到来引起了居民的猜疑与不安。为了顺利传教，桑英士等乃前往拜会凤山县知县，途中遭到官兵拦阻，被送往县城埤头，在县衙两位教士受到审讯，因彼此无法沟通了解，乃被拘留，于六月一日获释。蒲富路神父出狱后，因病即返回厦门，桑英士则留在凤山县前金庄，继续传教。七月，凤山县发出布告，严禁居民以土地出租或出让与天主教传教士。桑英士前往交涉后，官府才将布告撤去。同年，桑英士在离打狗港不远处购下土地，搭了一间草屋，此为天主教二度来台兴建的第一所教堂——前金教堂。[42]
咸丰十一年，安东神父（Mariano Anton）来台协助传教。桑英士深入万金庄（今屏东县万峦乡赤山地区），对该地的平埔族居民扩大传教。不久，又有李马奎（Miguel Limarquez）、秦松（Andres Chinchon）、赫尔斯（Francisco Herie）、哥乐马（Ramon Coloma）诸神父奉派来台，教务于是快速发展。同治元年（1862）在打狗山脚、三年在沟仔墘、五年在台湾府城先后增设了三个传教所，将天主教的布教区扩展到打狗南北地区。[43]
继天主教之后，基督教新教也来台湾传教。咸丰十年（1860）英国长老教会宣教师杜嘉德（Carstairs Douglas）与该会驻汕头的宣教师马肯兹（H．L．Mackenzie）到台湾北部的淡水和艋舺访问，并向当地民众宣传基督福音及分发圣经等。同治三年（1864）十月初，杜嘉德、马雅各（James L．Maxwell，医学博士，又称马医生）又从打狗经埤头到台湾府，考察台湾南部的状况，决定在台湾南部开教，并以台湾府城作为宣教中心。[44]四年五月初四日（1865年5月28日），马雅各和陈子路、黄智嘉、吴文水等三位助手再由杜嘉德牧师陪同自厦门乘船抵达台湾，在台湾府城西门外看西街租借房屋，设布教所，正式开始传教医疗工作。后因受部分民众反对，马雅各离开府城迁至打狗租屋布教。五年五月，马雅各在打狗旗后建立教堂，并从厦门邀请宣逊牧师（W．S．Swanson）来台，为台湾最初的四位信徒陈齐、陈侯、高长和陈围施洗。[45]
同治六年（1867），马雅各在旗后施药传教两年之后，长老教会宣教部又派李庥牧师（Rev．Augh Ritchie）夫妇来台协助拓展教务。同年，马雅各在凤山埤头北门外购入一幢房屋，充作教堂，以最初受洗的高长为传教师，从事布教。不久，马雅各得到打狗一洋行专任西医万博士的帮助，再次进入台湾府城，在二老口之许厝行医传道。自此而后，李庥就东向阿里港，马雅各就北向木栅、柑子林、拔马等地，积极扩大教区。[46](www.xing528.com)
由于中西文化不同，信仰各异，基督教所宣扬的放弃偶像崇拜、废除祖宗祭祀与中国人的敬天法祖、礼拜百神的观念格格不入；更有少数不肖之徒企图利用传教士的特权来保护自己，进而作威作福，鱼肉乡里。所以洋教传入之初往往引起民众反感和误解。桑英士神父在1862年7月15日的信中报告说：中国人仍表示不喜欢我们，他们对我们不理不睬，甚至轻视我们，多次以粗野的字眼，或猪或狗来称呼我，并认为传教士到这里只是说说故事而已。[47]马雅各在凤山县北门外耶稣教堂传教行医时，也与当地居民“口角有嫌，彼此不洽”。[48]而关于洋教的流言蜚语，更是随处可闻，教会与民众之间的矛盾和冲突也屡有发生。
同治四年，有一英人至万金地方搜集“番人”生活研究资料，屡次出入教堂，并调查附近土人之生活习性。附近民众见状，以为天主教与英人勾结，阴谋攻占台湾。“番人”头目懿耶出告示，禁所属“熟番”信教，一时流言四播。十月，民众集结数百攻击教会，火焚教堂。[49]
凤山县沟仔墘天主教堂设立后亦多次与当地居民发生冲突，甚至遭人纵火。同治三年，一名十一岁学习教理的儿童忽罹急症，其父母惊慌，呼巫师来治。巫师认为该儿童之病，为耶稣教作祟所致，如不与耶稣教门徒斗，病不愈。附近民众本来信巫如神，闻而群情激昂，分头毁教徒之家。同治四年，神父与民众发生教理之争。民众二十余人持械突入教堂，毁堂内物品而去。该教堂神父平时乐善好施，同治七年三月，沟仔墘民众举行祭祀，缺乏经费，乃向神父募捐，神父以教义不同，不与，引起民众不满。有人借机煽惑，民众拥入教堂，捣毁物品，继以火焚。[50]后来又发生了庄清风命案。庄清风，淡水人，曾在厦门基督教医院听取教义。同治六年在打狗受洗礼后，历任打狗病院助手。其妻许云娘反对他信教，逃回娘家，庄随后至，欲将其妻带回，岳母许陈氏呼救。周忠等驰至，将庄绑至旧市街北门边，以刀石击毙，而将其尸弃于水中。[51]
同治七年三月，凤山县又传闻有传教奸民用药迷毒妇女情事。据县民程赛等禀称其妻林便凉于三月十八日路过北门外，遇有奉教之打鸟陈邀其入室，劝其入教，其妻不允。打鸟陈即唤教师高掌（又称高长）在林便凉背上画符念咒，茶中放入迷药，劝令服下。林便凉饮后回家，忽发狂病，声言定要入教礼拜，便觉快活。十九日，高掌登门邀林便凉前去礼拜。街邻闻知，公愤不平，将高掌拿送。[52]又有民妇王曾氏禀称，“伊媳王吴氏前往城外拾柴，有教堂内不知姓名人送与槟榔吃下。伊媳回家忽然毒发，狂叫乱嚷，自将发髻剪下，延今不能饮食”。正当凤山县令凌树荃提讯高掌等人之时，巡役报称北门外教堂“因其用药迷人”，被愤怒居民聚众拆毁。凌树荃“立即会营驰往谕止，该处教堂后进，业已全行拆卸，前进门窗亦已毁损，居民各已分散”。[53]
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