正当外面乱成一锅粥时，元朝内部也频生波澜。元朝统治集团的内斗，从成吉思汗时就一直没有停息，铁木真在统一蒙古诸部的内战中，就有过以铁镬七十只烹煮俘虏的事情。
就在石人挑动天下反之后，红巾军如火如荼燃烧了大片国土，这使顺帝不得不向镇守北方的诸位蒙古宗王下诏，让他们起兵南来帮助朝廷灭寇。没想到镇守北藩的蒙古宗王阳翟王阿鲁辉帖木儿却趁火打劫，拥众数万，裹挟当地几个宗王一起造反，并派使臣入大都呵斥元顺帝：“祖宗以天下付汝，汝何故失其大半？何不以传国玺授我，我来坐帝位！”
乱军当前，深知不能硬来的元顺帝放低姿态，温言劝说，希望能化干戈为玉帛。态度强硬的阳翟王不为所动，妄图染指中原。顺帝只得强打着精神，派兵迎击。第一次派出的将领秃坚帖木儿是个中看不中用的绣花枕头，他所强征的哈剌赤人更是外强中干，临阵丢盔弃甲，争相投敌，秃坚帖木儿全军覆没，“单骑还上都”。
之后，顺帝采用离间之法，利用阳翟王之弟忽都帖木儿扰乱阳翟王帖木儿的军心，同时出兵讨逆的将领老章更是以金钱珠宝开路，买通阳翟王的手下和被裹挟的宗王，结果，阳翟王窝里反，其部将脱欢反水，阿鲁辉帖木儿被五花大绑押送大都。到此，顺帝对这场“本是同根生，相煎何太急”的内乱处理得一直很得体，不料，到了最后关头，却来了个败笔。依据旧制，宗王谋叛，一般是裹在毛毡中摇死、用马踩死或者用大弓弦绞死，名曰“赐死”，即不使黄金家族的“神圣”血液被泥土玷污。元顺帝却被仇恨蒙了心，一纸诏书将阳翟王押至闹市砍头。黄金家族的北边诸王知道后心生隔阂，日后都对大都元廷的存亡睁一只眼闭一只眼。
此后多年，元朝的正规军与杂牌军一直在北方相互绞缠，杀得你死我活。正因为此，江南的朱元璋赢得了时间，从容不迫，步步为营，先后消灭陈友谅、张士诚、方国珍、陈友定等人，势力范围越来越大。
黄仁宇先生在《赫逊河畔谈中国历史》中说：“元朝的最后十年内，宫廷多阴谋，能作战的将领则被处死，也和多数民族所主持之朝代覆亡如出一辙，最后只剩了一个扩廓帖木儿（王保保）。朱元璋也称他为‘奇男子’，可是为时已晚，只能随着‘北元’的流亡政府效忠于塞外。”
然而，就是这位朱元璋一直招降不成的“奇男子”，也曾在外患不绝的紧急关头忙于内战。就在北方元军诸部自相残杀之时，至正二十七年（1367）年底，朱元璋正式开始了北伐。明军势如破竹，逼向大都。
在这紧急关头，顺帝只得不顾以前的猜忌再度倚重王保保，不料王保保并未遵诏抗敌，而是向云中（今山西大同）方向进发。其帐下将领有不少狐疑者，问：“丞相您率兵勤王，应该出井陉口向真定（今河北正定），与在河间的也速一军合并，如此可以截阻南军。如果出云中，再转大都，迂途千里，这怎么能行？”王保保敷衍道：“我悄悄提军从紫荆关入袭，出其不意，有什么不好？”倒是他身边谋士孙恒一语挑明：“朝廷开抚军院，步步要杀丞相。现在事急，又诏令我们勤王。我们驻军云中，正是想坐观成败！”进言者听此话，只得默然。(www.xing528.com)
元廷危在旦夕，诸部将领却纷纷作壁上观，结果可想而知。大都即将被攻克前，顺帝在清宁殿召集三宫后妃、皇太子等人，商议出京北逃。左丞相失烈门等人谏劝，一名老太监更是叩头哀号：“天下者，世祖之天下，陛下当在死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸卫士出城拒战，愿陛下固守京城！”无奈顺帝一心逃命，不予理会。
公元1368年阴历七月二十八日夜，元顺帝率皇后、皇太子等人出居庸关，逃往上都方向。八月三日，明军攻入大都城，元朝灭亡。元顺帝在一年多后因患痢疾病死，终年51岁，庙号“惠宗”。朱元璋则“以帝知顺天命，退避而去，特加其号曰顺帝”。是表彰还是嘲讽，如人饮水，冷暖自知。
元廷覆灭后，当初只顾保全自身的王保保反倒忠贞不贰，追随北元朝廷，跟朱元璋执着地打着游击。《明史·扩廓帖木儿传》中有这样一个典故：洪武初年岭北和林战役结束后不久，有一天明太祖朱元璋大宴众将领时突然问大家：“天下奇男子谁也？”众人都回答说：“常遇春是也。遇春将不过万人，横行无敌，真奇男子也。”太祖笑着说：“遇春虽人杰，吾得而臣之。吾不能臣王保保，其人，奇男子也。”
朱元璋曾多次派人去漠北招降王保保，都未能成功。《新元史·李思齐传》中说：割据关中的李思齐在洪武初年投降了明朝，奉朱元璋之命前往漠北。王保保对李思齐这位老朋友“待以宾礼”，觥筹交错之后，派兵士送李思齐回国。到了边境，兵士说：“主公有命，请留一物为别。”李思齐说：“我远来无所齑。”士兵说：“那就留条胳膊吧。”“思齐知不免，断臂与之。还，未己卒。”
洪武八年（1375）八月，即元宣光五年八月，天下“奇男子”扩廓帖木儿去世。《明史·扩廓帖木儿传》载：“其后，扩廓从其主徙金山，卒于哈喇那海之衙庭。其妻毛氏亦自经死。盖洪武八年也。”随后，他苦苦支撑的北元也在不久之后在明军和瓦剌的打击下覆亡。
世人对于蒙古人出身的王保保的忠贞如此赞誉，实在令人狐疑。既有今日，何必当初，窝里斗得如此热闹，等鹬蚌相争渔翁得利之后再故作姿态，又有什么用呢？
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