1944年，时任福建省研究院社会科学研究所所长的王亚南组织人员赴闽西调查原红军根据地的土地改革，并兼任内迁长汀的厦门大学经济系客座教授，开设了一系列学术讲座，在厦门大学播下了马克思主义经济学的火种。那时，王亚南在国内享有很高的声誉，讲座自然吸引了大批厦大学子。马克思主义经济学，犹如一颗石子，在同学们心中激起了千层涟漪。讲座场场爆满，过道、门窗都挤满了人，椅子不够坐了，大家就索性坐在地上听讲。由于王亚南受到同学们的热烈欢迎，厦门大学直接聘请王亚南来校任教。1945年秋，王亚南担任经济系主任兼法学院院长。
王亚南的讲座鼓舞人心，可国民党特务气急败坏，到处盯梢。王亚南为躲避特务的耳目，讲课时称马克思为卡尔，称列宁为伊里奇，并且以集体经济暗指社会主义经济，以个体经济暗指资本主义经济，特务被蒙在鼓里，不知所云，学生却非常理解老师的良苦用心。
在厦大任教期间，他不但仗义执言，抨击时弊，且多方介绍进步学者到厦大讲学论道，同时千方百计支持、声援青年学生的爱国行动。为此，他被反动势力视为眼中钉、肉中刺，欲除之而后快。当年，国民党的特务多次给他送来恐吓信，有的信中还夹有子弹。可王亚南对此毫不畏惧，泰然处之。他把恐吓信撕毁，把所夹的子弹扔掉，以此“回敬”特务们。这种大无畏的精神，只有不畏权势、具有强烈正义感的知识分子才能做到！(www.xing528.com)
在科学研究中，王亚南主张要有自己的定见，但又不能有成见。有自己的定见就是要有坚定的信仰立场，不随风摇摆，不迎合别人，当墙头草；不抱成见就是杜绝教条主义，对与自己观点相悖的思想不能抱有偏见，同时有错误要虚心接受别人的批评，就改。王亚南这种实事求是的科学精神，一直为国内外学者所称道，并且影响了一代又一代的厦大经济学人。
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