1937年初，陈嘉庚先生的橡胶实业严重受挫，遂于7月1日将厦门大学无条件捐献给当时的国民政府，改为国立厦门大学。7月6日，教育部敦聘时任清华大学物理系教授的萨本栋博士为校长，次日“卢沟桥事变”爆发。
萨本栋，字亚栋，蒙古族，1902年7月24日出生于福建省闽侯县。他是我国著名的物理学家、电机工程专家和教育家，先后在美国斯坦福大学、麻省伍斯特工学院学习，获工学士、理学博士学位，为中国留美学生中之佼佼者，二十五六岁已蜚声学术界。1935年被聘为美国大学理工科客座教授，1948年当选为中央研究院院士，任中央研究院总干事兼物理研究所代所长。他曾创造性地将并矢方法和数学中的复矢量应用于解决三相电路问题，得到当时国际电工界的高度评价。英文专著《并矢电路分析》在电机工程研究中属于新开拓的前沿，该书一出版立即被选入国际电工丛书。
1937年7月“卢沟桥事变”后，日寇悍然发动全面侵华战争，同年11月金门沦陷，战火很快蔓延到厦门。为保卫学校免遭战争破坏，临危受命的萨本栋校长在周辨明等教授的建议下，当机立断，于12月分批内迁闽西长汀，从此筚路蓝缕，开始长达8年的艰苦办学。抗战胜利后的1946年，厦大才回迁厦门。(www.xing528.com)
抗战时期，全国多所高校在不断搬迁中，由于缺乏强有力的领导和长期计划，多番迁移，颠沛流离，师生员工不断减少，图书设备损失惨重。有的学校在迁移中，遭到日寇轰炸或遭遇其他劫难，大量物资被毁，无法继续办学。而厦大由于萨本栋校长的远见卓识和超凡的领导才能，在搬迁过程中，图书、仪器设备和师资力量都保存得比较齐全。到达长汀后，各项工作有序进行，并于1938年1月准时复课，这在全国内迁高校中是极为鲜见的。
在那烽火连天的非常年代，萨本栋校长等厦门大学领导集体以身作则，以校主陈嘉庚为榜样，勤俭办学，治校有方，树立了严谨的校风。广大师生也纷纷表现出“天下兴亡，匹夫有责”的爱国精神和以苦为乐、为国兴学的豪迈气魄。内迁后，学校因陋就简地利用小小的县文庙为大礼堂兼图书馆，作为教学中心。教授及家属挤住仓颉村仓颉庙和破损的长汀饭店，每人仅分到一两间房间；单身员工全部住在八角亭；而男女生只能以旧祠堂、庙宇为宿舍。学校虽然迁到了山区，但并没有完全远离战争的威胁，多次遭到日机的轰炸、扫射。敌机临空时，萨本栋校长总是亲自指挥同学们疏散，每次都是最后一个进入防空洞，并亲自把守洞口，敌机不去，坚决不让学生冒险出来。
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