吴禄贞在延边任职前后，正是中国边疆危机日益加深、延边社会动荡时期。1907年清政府在东北正式建省，把盛京将军改为东三省总督，三省各设巡抚。同年7月，徐世昌任东三省总督，吴禄贞随徐世昌到奉天任军事参议。时正值日本侵略者以“间岛问题”为借口派兵渡江，侵占延吉厅所属和龙峪、光霁峪等地。日本侵略者挑起这一边界纠纷，牵涉到中国的领土主权。是月，吴禄贞奉命前往“调查吉林界务”。吴禄贞带领督练处6名测验生先到吉林查阅有关延边资料，然后经过敦化、延吉厅到达珲春，着手进行实地测量，绘制成图。他们沿图们江北岸，经长白山、夹皮沟等地回到吉林，纵横行程2600余里，历时73天，终于完成了边界实地勘察任务。在此基础上，吴禄贞旁考列国舆图，移译西人记载，翻阅日朝邦志，查考国史及诸名家著录，广征博引编撰出《调查延吉边务报告书》。此报告书全面辑录了延边地区的历史资料，用确凿的论据论述了延边地区自古以来就是中国的领土。在与日本侵略者斋滕的交涉中，吴禄贞据理力争，寸土不让，使斋滕以失败告终。同年9月，清政府设吉林边务处，任命珲春副都统陈昭常为吉林边务督办、吴禄贞为陆军正参领帮办吉林边务。这是吴禄贞第一次到延边任职。他就任后，抓紧部署边防并组织人力逐段勘测延吉全境及中俄、中朝交界各处，详绘图说，广泛搜集资料。在各重要据点设立派办所分兵防守，派出巡警向朝鲜人民揭露日本侵略者以保护朝民为借口，实行侵占我国领土的罪恶阴谋。
同年10月，陈昭常、吴禄贞二人前往局子街（延吉），设边务督办公署。吴禄贞向陈昭常建议将现有的4000兵力分防要隘，使日本人知道有所防备，不敢轻易寻衅。由于日本在会宁聚有数万兵力，他建议仍需设法多增兵力。陈昭常则怕这样会“贻人口实”，主张要“稳妥”行事，于是，吴禄贞又提出设屯田兵的主张。他整顿防营，充实兵力，“从奉天调来吉林练军第三镇第五协第十三标第二营前队、后队、右队、工程队一营，马队第十三标第一营后队驻延吉”，并于三道湾创办屯田营。吴禄贞推荐柏文蔚为督办公署二等参谋，并随至长白山考察边防。同时，吴禄贞安排人员继续勘测边境，并主持编写《延吉边务报告书》。
延吉市边务督办公署(www.xing528.com)
1907年11月，吴禄贞与斋滕再次举行界务谈判。斋滕抵赖说“图们江北应否属清属韩，两国政府正在交涉，不可决断”。吴禄贞据理回驳道：“图们江为清韩天然国界，有两国历史旧时志书图说可证，各国无不周知。日俄战争以前，满韩地图，地志及韩国之国图，亦皆以图们江为界，历历可考，数百年来，从未更变。”并严厉指出“至今日之交涉乃贵国无端生事，非国界真有不明也”。由于吴禄贞办事得力，在与日本侵略者交涉间岛问题中取得了初步胜利。然而，吴禄贞的才干遭到督办陈昭常的嫉妒，他谗言上告吴禄贞“擅其功”，吴禄贞因而被调离边务督办岗位。
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