日本高校科研项目绩效第三方评价包括四个阶段：其一是事前评价。依据国家相关政策针对研究计划方案的必要性、目标、妥当性、可行性等方面进行书面评价和同行评议；其二是中期评价，又称事中阶段。主要针对计划进展状况实施书面评价与实地考察评价，判断科研项目是否需要中断、中止、变更；其三是事后评价，又称完成评价。主要针对计划方案的目标达成情况以及科研成果的完成情况进行书面评价和实地考察；其四是追踪评价。追踪评价是日本科研评价的必经阶段，与事前评价、中期评价和事后评价同等重要。在研究项目结题后旨在运用结果指标评价科研成果产生的社会效益与经济效益等，并检验前三阶段评价的合理性和妥当性。
以日本政府出台的一项国家重大科研项目“21世纪COE计划”为例，为确保政策顺利实施，提高研究教育活动评价的客观性、公正性和透明度，“21世纪COE计划”第一次正式实施了重视结果的“基于绩效的第三方评价”（Performance Audit）。日本文部科学省要求申报“21世纪COE计划”和“全球COE计划”的大学必须在接受由文部科学省认证的第三方评价机构——独立行政法人日本学术振兴会的综合评价后，才决定对入选项目提供建设资金支持，使评价结果与竞争性研究经费分配方式紧密结合在一起，体现出第三方评价结果在竞争性资金分配上的有效应用。(www.xing528.com)
日本学术振兴会联合大学基准协会、大学评价·学位授予机构以及日本私立学校振兴·共济事业团成立了“21世纪COE计划”和“全球COE计划委员会”，负责COE评审细则的制定、COE的审查及对COE实施效果的评价等相关事务。“21世纪COE计划”和“全球COE计划”的相关评价方法、基准及内容除依据国家的《纲领性指南》，还参考了文部科学省的《有关文部科学省研究及开发的评价指南》（2005）。由“21世纪COE计划委员会”和“全球COE计划委员会”主导实施的评价活动包括由专家小组及各专业领域的有识之士组成的评价委员会分事前评价、中期评价和事后评价三个阶段。评价考核的重点是各COE申报单位基于目标而制定的COE建设计划的完成程度，在具体实施过程中偏重对业绩成果的评价。同时，为了使评价结果直接反映在竞争性研究资金的配置上，评价后对每个COE均作出相应结语，如项目课题可继续进行、项目课题应适当缩小实施范围、项目课题应终止等。其评价活动的主要运行步骤如下：首先，打破门槛全面放开申请限制，为国立、公立、私立大学之间搭建公平竞争平台；其次，委员会对各申请大学提交的申报资料进行书面审核，召开公开听证与合议评价会与各大学进行面谈，公布评价结果并根据评价结果分配预算；再次，开展全程评价过程中的中期评价，而后根据评价结果适度调整COE资助经费额度；最后，在COE项目实施完成后，对其进行事后评价。[26]
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