评价过程中不同阶段采用的评价方法恰适与否决定了科研项目绩效评价实施的效率与效果。日本科研评价方法具有多样性的特点，评价内容因对象而异、各有侧重、极具针对性：注重根据评价对象和目的甄选评价方法，注重量化评价与质性评价的有机结合，注重对研究开发方案可行性和效用度的评价，注重对研究开发课题目标达成状况及成果的社会贡献与影响的评价，注重对研究开发机构工作推进状况与目标达成的评价，注重对研究者产学研合作、成果转化及对社会经济贡献的评价。[18]例如，日本学术振兴会和日本大学改革支援与学位授予机构等第三方评价机构采用定性与定量相结合的综合评价方法，通过书面评价、实地考察、听证会及合议评价等方法全面客观地收集信息，根据数据和事实进行分析判断，全方位、多层次、多角度地展示被评价对象全貌，客观、公正、科学、独立地推进第三方评价工作。
《国家研究开发评价大纲指南》是日本研究开发评价的纲领性政策文件，对日本科研评价起着重要的指导作用。文部科学省各职能部门、高校和高校共同利用机构、文部科学省所辖研究机构等均须遵循该指南开展研究开发的评价工作。该指南指出应根据研究开发的特性，基于必要性、妥当性、效率性、有效性原则设定并实施相应的评价基准和评价指标。[19](www.xing528.com)
科研评价的“必要性”原则体现在科学与技术的意义、社会与经济的意义两方面。前者还可称之为理论价值，即科研计划方案是否具有独创性、革新性、先导性、发展性等；后者又可称之为应用价值，即科研计划方案是否能够带动产业经济活动振兴和提升经济活动质量；能否提高国际竞争力；能否创造社会价值；能否为维护国家利益做出贡献；能否为政策方案的拟定、论证以及颁布实施做出贡献等。科研评价的“妥当性”体现在计划方案是否能够满足国家和社会需求；研究目的是否适当；国家参与的必要性和紧急性；与其他国家先进研发的比较是否适当等。科研评价的“效率性”体现在计划与实施体制的恰适性；目标与达成管理机制的恰适性；经费预算比例和经费使用效益的恰适性；研究开发的手段和方法运用的恰适性等。科研评价的“有效性”体现在目标实现的可能性和目标达成手段的可行性；目标的达成度；对创造新知识的贡献、对社会和经济的贡献、预期科研成果的内容；科研预期效果与波及效果；对提高研究开发质量的贡献；预期的科研成果转化；对行政政策实施的贡献、提供各类人力支持和知识贡献等。
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