日本高校从事的科学研究以基础研究和应用研究为主，鲜少涉及开发研究领域。以国立大学为例，科学研究经费的来源主要由以下三部分组成：
（1）经常性教育研究经费。它是根据各国立大学的教师人数为基数乘以人均补助额度，以政府财政预算拨款形式下拨的一次性预算拨款，其经费包括实验室设施和研究杂费等，是运营费交付金的重要组成部分。
（2）竞争性研究经费。由日本文部科学省委托学术振兴会管理的竞争性科研经费包括科研费（KAKENHI）、战略性创造研究推进事业资助金、科学技术振兴调整费、研究基地创建费补助金等，主要采取公募、评审等公开竞争方式择优立项。竞争性研究经费的资助对象为国立、公立、私立大学，国立、公立实验研究机构以及企业、独立科研政策与管理行政法人中的研究人员和研究群体。(www.xing528.com)
（3）外部研究经费。外部研究经费主要是大学与日本公司企业或财团合作的研究经费。日本政府鼓励产学合作，希望大学能够吸引社会上的委托和共同合作的科研项目，以此推动科学研究成果产业化。[5]日本高校实行科研项目负责人负责制，明确科研项目负责人的职责与管理权，对上述三大类科研经费实行分类管理，经常性教育研究经费须遵守相关教育行政部门发布的《研究机构公共研究基金管理办法》、项目“申请·契约书”以及高校会计条例等规则，竞争性研究经费须遵守学术振兴会制定的《科学研究费助成事业审查与评价章程》，外部研究经费则须遵守项目“委托契约书”和高校会计条例。[6]
竞争性科研经费分配可以带动高质量成果的产出。为确保竞争性科研经费配置效益的最大化，日本文部科学省委托独立行政法人日本学术振兴会管理日本规模最大、应用最广的竞争性资金——科研费（KAKENHI），负责制定科研费十二大类研究项目申报、管理及评价的规范和制度，发布科研项目计划指南，落实研究项目计划，监督、追踪研究项目的执行情况，并最终对各项目进行评价。学术振兴会与文部科学省之间不存在隶属关系，不执行行政职能，双方通过3～5年的中期目标与计划履行各自职责，发挥各自职能。学术振兴会具有高度自主权和独立性，是一个介于政府和社会团体之间的“准”政府组织，其对于科研项目的评价是基于学术的角度而非基于行政的角度。此外，独立行政法人日本大学改革支援与学位授予机构[7]（National Institution for Academic Degrees and Quality Enhancement of Higher Education，NIAD-QE）也会对国立和公立大学的教育与科研情况定期展开第三方学术评价。
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