高等教育领域第三方评价无外乎以下两大目的：一是提高大学教育与研究水平和质量，实现大学的教育目的和社会责任；二是为有效进行教育投资或资源重点配置提供客观依据，解决教育资源浪费，提高教育经费使用效益。随着新自由主义教育改革的推进，在强化评价保障高等教育质量功能的同时，日本政府开始重视评价的第二重功能，即将评价结果与财政拨款“挂钩”，引入竞争机制，加大竞争性经费投入，关注拨款使用的绩效，增加拨款的透明度，以期提高高等教育的办学质量和效益，弥补由公共财政拨款逐渐减少导致教育经费短缺的窘况。同时，还全面推进大学信息公开，督促大学向社会发布第三方评价结果、财务状况、教育科研等信息，提高大学透明度。从日本世界一流大学重点建设项目的价值取向来看，主要表现为竞争、“3E（经济、效率和效益）”、绩效责任以及政府资助方式转变的市场取向。从理论基础来看，是新公共管理理论对高等教育领域的影响和应用。
竞争机制和效益观念是市场经济的主要特征，也是市场介入大学后所带来的最突出影响。日本在出台“21世纪COE计划”之前，采用的是高度集权式的教育管理体制，政府财政向国立大学倾斜，每年按人头拨付运营经费。彼时的国立大学，是处于教育主管部门的严格控制之下的“官学”体制，其自身结构臃肿和资源浪费增加了国家财政负担，教职员工属于国家公务员编制，普遍缺乏竞争意识和效率意识。“21世纪COE计划”的出台，为大学之间营造竞争环境、激发大学活力创造了良好的政策氛围，是新公共管理变革在科研管理体制上的集中体现。不管是在COE的遴选还是基于绩效评价的研究资金的资助，都引入了竞争机制，这样一来既维护竞争个体之间的公平，又有利于提高资金的使用效率。(www.xing528.com)
例如，在COE的遴选上，日本学术振兴会采取了公开竞争招标（competitive tendering）的形式，打破“出身”桎梏，取消“嫡出”国立大学以往享有的优待，对符合遴选条件的国立、公立、私立大学一视同仁，最终入选凭借各自综合实力，体现了注重公平竞争的能者上、庸者下原则；在研究资金的分配上，前期经由第三方评价机构组建的“21世纪COE计划委员会”的专家、学者对各COE的大学未来发展规划报告、COE建设计划报告和研究教育活动报告等进行综合评价后，决定是否给予资金支持；尔后，在实施过程中的中期评价阶段，则结合书面评价和听证会与合议评价两种方式对各COE中期报告等资料进行评审后再决定具体资助金额；最后，由于有后续计划“全球COE计划”的出台与实施，委员会还进行了跟踪评价，即包括科技成果影响效果在内的整体验证与评价。如此一来，政府管理重心发生了转移，文部科学省对大学科研活动的管理就实现了从“事前干预”向“事后评价”的新公共管理制度的转型。
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