当前，我国基础研究投入仍延续以竞争性为主的国家财政经费支持模式。发挥第三方法人评价机构在绩效评价活动中的重要作用，引导和规范第三方法人评价机构从事绩效评价业务，是提高科研经费配置效率和使用效益的必然要求。日本科研费（KAKENHI）绩效第三方评价是教育改革理念在公共财政经费绩效监管方面的体现。在政府公共财政资助范围逐步紧缩的背景下，日本政府将“掌舵”与“划桨”两种责权分离，保留政府“掌舵者”的角色，把微观管理领域放手给市场，从“规制缓和”和引入市场逻辑两方面着手推动大学学术研究活动发展，提升学术研究质量。
（一）政府简政放权转职能，第三方机构提质增效促落实
文部科学省对科研费的管理与评价主体——日本学术振兴会的管控由直接领导转变为通过“签订契约”以及“事后评价”来实现。日本学术振兴会的主要职能是履行契约，完成中期计划；而负责审查日本学术振兴会中期计划的文部科学大臣根据《独立行政法人日本学术振兴会法》对其工作提出意见和建议。相较于以往文部科学省对日本学术振兴会直接干预、过度干预的集权式管理模式，经历过法人化改革后，文部科学省仅承担为独立行政法人日本学术振兴会提供科研经费和审查其中期目标是否达成的职责，对于科学研究费补助金竞争科研项目的具体管理事项不再过问与干涉，而是交由学术振兴会全权负责。基于日本学术振兴会独立、客观的评价结果，科研费得以进行合理、高效的资源配置，从而既可以提升学术研究质量，又可以优化竞争性研究经费管理效率。
（二）创新研究经费管理手段，提高竞争性经费保障效益(www.xing528.com)
纯自由探索的基础研究依赖于充足的科研经费，且科研经费支持应稳定持久。如前所述，近年来，日本科研费投入虽受经济危机、大地震等因素影响，增幅有所回落，但一直保持高位运行。同时，科研经费的管理应符合科学研究的自身规律，赋予科研人员更大的财务自主支配权，才能保证科研活动顺利进行。2001年，日本科研费引入了基础研究项目间接经费制度，对研究人员进行绩效激励。2011年，日本科研费引入项目经费基金化管理改革，改良了科研费管理财务会计系统。在研究期限内，研究人员结合研究进度既可以提前预支研究经费跨年度使用，又可以把年终结余资金结转下年继续使用，且免除申请手续。此举切实扩大了研究人员项目经费调剂自主权，为项目开展创造了宽松经费环境和有利条件，能够充分激发和调动研究人员的积极性和创造性，保障各类科研项目按期保质完成。
（三）完善学术研究激励机制，使科技创新活力不断迸发
为了提高研究人员课题申报的积极性和主动性，日本学术振兴会采取了一系列激励措施。例如，对于某些取得了超预期进展的研究课题，允许其在研究到期前申报新的课题。为消除课题负责人对于课题资金不足的顾虑，为优秀研究课题营造良好制度环境，还允许在其研究计划最终年度的前一年进行新课题项目申报。自2020年起，为鼓励优秀青年研究者积极挑战大型研究项目，日本学术振兴会允许第二次申报青年研究项目时重复申报基础研究中的S、A、B类项目。在2020年度获批的566项青年研究项目中，重复申报了基础项目S类1项、A类6项、B类559项，最终获批基础研究B类121项。[32]此外，为了早日达成项目通过率30%的目标，日本学术振兴会还采取了对外公开未采纳课题的审查结果与专家评审意见的措施，便于研究人员及时审视申报书撰写中存在的主要问题，重新规划研究技术路线，早日使项目申报取得成功。
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