日本科研费设立以来，科研产出成绩显著，成果的国际影响力与辐射力不断扩大。在日本历年科学类诺贝尔奖获得者中，就有5位曾获得过科研费项目资助。其中，白川英树（2000年度化学奖）、野依良治（2001年度化学奖）、小柴昌俊（2002年度物理学奖）三人曾于20世纪七八十年代获得过科研费资助。2012年诺贝尔生理学或医学奖获得者、京都大学iPS细胞研究所所长山中伸弥教授从事的ES细胞和iPS细胞研究先后获得过科研费奖励研究A类（1996年）、基础研究B类（2004年）、特别推进研究（2007年）的科研费资助。[26]2016年度诺贝尔生理或医学奖获得者、东京工业大学荣誉教授大隅良典从事的细胞自噬机制研究自2003—2015年间三度获得科研费“特别推进研究”立项及13亿日元资助。[27]
科研论文的产出规模与学术影响力是衡量一国（地区）科技发展水平的重要指标。2015年，文部科学省科学技术与学术政策研究所科学技术与学术基础调查研究室以同时被美国WebofScience论文数据库（WoS）和科学研究费助成事业成果数据库（KAKEN）收录的科技论文（WoS-KAKEN论文）为研究对象，对日本的论文产出结构进行了数据分析。文献检索聚焦WoS的科学引文索引SCIE自然科学领域数据库（2000万篇以上）和KAKEN_XML数据库（约175万篇），检索时间分别是2011年12月末至2012年3月16日。文献时间跨度设置两者一致，均为1981—2011年的数据。文献类型为期刊论文（Article）、期刊论文和会议论文（Article＆Proceedings）、综述（Review）、短文（Note）、学术报告（Letter）。研究结果表明：
（1）日本科学研究费补助金资助项目的论文数量及引用频次前10%高被引论文（HighlyCitedPapers）均呈上升趋势。2006—2008年间，科学研究费补助金资助项目的论文分别占日本全国论文总数的47%及引用频次前10%高被引论文的62%。科研费对于日本论文产出数量和质量的双提升起到了举足轻重的作用。从论文作者所属机构来看，主要以大学为主。1996—1998年间，日本论文总数67301篇，WoS-KAKEN论文24058篇，其中大学研究人员参与的论文23262篇，占96.7%。2001—2003年间，日本论文总数76870篇，WoS-KAKEN论文31348篇，其中大学研究人员参与的论文30376篇，占96.9%。2006—2008年间，日本论文总数77216篇，WoSKAKEN论文36530篇，其中大学研究人员参与的论文34778篇，占95.2%。[28]近年来，开源期刊发展势头迅猛，科研费鼓励项目研究成果在开源期刊（OA期刊，Open Access Journals）发表。2011—2013年间，科学研究费补助金资助项目的OA期刊论文4892篇，引用频次前10%高被引论文444篇，分别占日本全国OA期刊论文总数的51.7%及引用频次前10%高被引论文的62.1%。[29]以上两组数据从论文产出方面佐证了大学逐渐成为日本基础研究的重要基地和高新技术前沿领域原始性创新的重要源头。(www.xing528.com)
（2）从科研费项目在综合类（信息学、环境学、交叉领域）、人文社会类（综合人文社会、人文学、社会科学）、理工类（综合理工、数物系科学、化学、工学）、生物类（综合生物、生物学、农学、医齿药学）的分布情况来看，2011—2013年间医齿药学学科获资助人数最多，其后依次为社会科学、交叉领域、工学。从增长率来看，增长速度最快的是综合类的交叉领域（53.6%）和人文社会类的社会科学（40.6%），增长速度较慢的是理工类的工学（9.5%）和生物类的生物学（11.9%）。[30]
（3）从科研费资助项目负责人的职称来看，2011—2013年间人文社会类教授或研究机构负责人比例相对较高，特别是社会科学领域占50%。生物类则是助教、助理研究员、博士后比例相对较高。从全项目类别来看，教授或研究机构负责人占36%，副教授或副研究员占37%，助教、助理研究员、博士后占比23%，人员构成相对均衡。青年学者作为新锐力量，在科研费项目申报上开始崭露头角，且后劲十足。[31]
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