据日本学术振兴会（JSPS）制定的“科学研究费助成事业审查与评价章程”显示，日本科研费绩效第三方评价包括事前评价的审查、研究进展评价、中期评价、追踪评价。此外，章程还规定了保密原则、学术规范与学术论理、回避原则、评价结果的公布等。
（一）事前评价的审查
事前评价阶段的审查包括综合审查与两段式书面审查。综合审查是由审查委员全员针对全部研究课题申报书进行书面审查后，从不同角度展开讨论进行合议审查。而对于特别推进研究及基础研究S类项目的补助金分配，还需要举行听证审查。两阶段书面审查是由审查委员分两阶段对各研究课题申报书开展书面审查。评价方法包括书面评价、合议评价、听证评价和实地调查评价。[21]科研费各研究类别事前评价阶段的评价基准不尽相同。以2021年度基础研究S类项目书面审查的评价基准为例，主要包括以下三大基本要素：①研究课题之学术的重要性。从学术性来看，是否是值得推进的重要研究课题？构成研究课题核心的学术性问题是否具有独创性和创新性？研究计划缘起、国内外研究动向及研究定位是否明确？通过本课题研究能够产生广泛的学术、科学技术或社会领域的波及效果？②研究方法的适当性。为达成研究目的的研究方法及准备情况是否具体且适切？③研究执行能力及研究环境的适切性。从既往研究活动来看，是否具有充分的研究计划执行能力？研究计划执行所必需的研究设施、设备、研究资料、研究环境等是否完备？此外，研究经费的适切性与必要性也属于评价要点之一。依据评价基准，审查委员会给出S、A、B、C共4个评分等级。S级是应最优先采纳的项目，占10%；A级是应积极采纳的项目，占10%；B级是可采纳的项目，占10%；C级是达不到S—B级的项目，占70%。基础项目S类项目的申报难度长期以来稳居科研费各类项目之首，这一点从项目通过率可以体现出来。以2020年度科研费新立项项目通过率为例，基础研究S类项目11.7%，A类项目24.3%，B类项目27.8%，C类项目28.4%，青年研究项目40.1%。[22]
图4-3 日本科研费（KAKENHI）审查机制示意图（参照日本学术振兴会资料绘制）
（二）研究进展评价
随着2009年研究进展评价的引入与实施，原有事后评价于2010年被废止。研究进展评价包括听证审查、实地调查和验证评价，主要针对特别推进研究和基础研究S类大型研究类别项目。一般情况下，听证审查在项目到期前一年度举行。实地调查的时期则由各运营小委员会自行决定。在项目到期的翌年，围绕是否达成既定研究目标对研究成果进行验证评价。研究进展评价的评价基准与评分等级与事前评价书面审查阶段一致。听证审查时长约30分钟，基本流程是项目负责人介绍研究进展情况（10分钟），质疑问答（15分钟），记录审议及听证结果（5分钟）。2020年度受日本国内新冠肺炎疫情感染扩散影响，听证审查采用线上会议形式替代原有线下会议。[23](www.xing528.com)
研究进展评价实施的目的：一是由审查委员对项目进展情况做出客观判断，二是督促项目负责人在之后新课题申报时把本次研究进展评价结果添附在研究计划中，以此作为审查两项研究间关联性与延续性的凭据，对于优秀研究课题审查委员会可提供持续的资金支持。对于评价对象的课题负责人来说，研究进展评价中既记载了研究成果的独到之处，又包括研究课题的不足及需要重新审视之处，可作为申报新课题填写研究计划书时值得借鉴的专业审查意见。在2020年度的研究课题申报中，2018年度及2019年度接受过研究进展评价的201人课题负责人共计提交166项申请，最终获批63项。由此可见，研究进展评价有效提升了项目通过率。研究进展评价完成后，各部会下属运营小委员会根据研究课题具体情况给出5个评分等级，由高至低依次为：A+、A、A-、B、C。A+级“研究进度超过既定目标，预计能取得超预期研究成果”。A级“研究按既定目标顺利推进，预计能取得预期研究成果”。A-级“研究大体按既定目标顺利推进，预计能取得一定成果，但部分成果产出可能延迟，需要今后努力”。B级“与既定目标相比，研究进度相对缓慢，今后还需进一步努力”。C级“与既定目标项目相比，研究进度滞后，因研究成果无法达到预期，应裁减研究经费额度或终止研究”。在2020年度针对特别推进研究人文社会类、理工类、生物类共计12项项目的研究进展评价中，获得A+级评价的3项，获得A级评价的9项。[24]
（三）中期评价
科研费项目中期评价包括听证审查和实地调查，实施对象仅限于2018年后获批的特别推进研究、基础研究S类研究课题以及国际信息传播强化成果公开。评价基准包括：①研究的进展情况。是否能够看到预期同等研究进展？在今后的研究推进中是否存在难点？能否预见取得对相关学术领域发展的创造性贡献？今后的研究计划及研究方法的适当性如何？②取得的研究成果。是否取得或连续取得该研究领域领先国际的卓越成果？③研究组织。研究成员间是否存在紧密配合、合力制胜的研究氛围，研究是否得到有效推进？④研究经费。购入设备等是否得到有效利用？研究经费是否得到有效使用？中期评价结束后，审查委员会依据评价基准给出A+、A、A-、B、C共5个评分等级。各等级具体评价与研究进展评价相同。在2020年度特别推进研究理工类、生物类共计11项项目的中期评价中，获得A+级评价的1项，获得A级评价的10项。[25]
（四）追踪评价
追踪评价是科研费项目绩效第三方评价中的最后一个环节，于研究结项5年后实施。追踪评价采取书面审查形式，目的是验证研究产生的社会效益及波及效果。审查评价第一部会分别对2011—2017年度的特别推进研究实施了追踪评价，并于评价结束后在网上公布了评价意见、课题负责人主笔的研究概要及自我评价书。
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