绩效评价理论与方法是一门实践性很强的学科，其研究对象是社会中各形态的组织，从宏观、中观、微观多角度对组织绩效评价方法进行系统论述。王雪珍（2007）通过借鉴企业绩效评价理论和总结分析前人对高校科研项目绩效评价研究成果的基础上，针对高校科研项目的特点，以科研项目绩效的评估阶段作为切入点，结合专家咨询法，归纳出绩效评价指标在设置上的共性，构建了反映科研项目成本与效益的评价指标体系，运用模糊数学理论（Fuzzy Theory）建立了高校科研项目绩效的模糊综合评价模型。[8]
数据包络分析方法（Data Envelopment Analysis，DEA）是运筹学、数理经济学、管理科学、计量学、统计学等多学科交叉领域的一种方法，是效率评价中常用的一种评价模型。它是根据多项投入指标和多项产出指标，利用线性规划的方法，对具有可比性的同类型单位进行相对有效性评价的一种数量分析方法。DEA方法及其模型自1978年由美国著名运筹学家A.Charnes和W.W.Cooper提出以来，已广泛应用于不同行业及部门，常被用来测量评价多指标投入和多指标产出的效率，衡量系统的有效性。
吕晨（2011）根据2002—2010年《高校科技统计资料汇编》相关数据对高校科技经费的财政投入进行了描述性研究，发现政府经费始终是科技经费的主体；按照学校规格、隶属、类型三种标准对高校科技经费进行了分类描述，得出获得经费最多的学校类别依次为教育部直属院校、“211”及省部共建学校和工科院校。然后利用代表性高校数据进行了数据包络分析和结构方程模型（Structural Equation Modeling，SEM）分析。DEA分析结果表明整体效率欠佳，投入产出配比失当，科技经费投入的短缺是造成效率低下的重要原因，作为这两类高校科技经费最主要组成部分的政府拨入资金缺口的严重程度亟待关注和解决，同时教育部直属院校科研绩效提升的紧迫性亦不容忽视。SEM分析得到的结果显示不论是“211”及省部共建院校整体还是其中的直属院校，政府经费效益均低下。研究还进一步发现了科技投入对直属与非直属院校学术和专利两类成果的影响力度存在差异，并得出了非直属院校比直属院校产学研结合程度更为紧密的结论。[9](www.xing528.com)
陈浩（2012）以DEA模型（包括DEA视窗分析模型）和高校科研评价的相关理论知识为基础，应用DEA视窗分析模型对高校多年的科研效率进行动态研究。按照科研评价指标体系的“本体论标准”，遵循科研评价指标体系构建的六个步骤，尝试构建了我国高校的科研评价指标体系，并应用DEA视窗分析模型对我国各省市高校在2003—2007年、2003—2008年和2003—2009年的科研效率分别进行了动态分析和评价，揭示了高校科研投入产出的滞后期对高校科研评价结果具有很大的影响，提出了一些对策和建议：从重视科研产出的数量转向重视科研相对产出的质量；重视高校科研投入产出滞后期对高校科研效率的影响；重视高校科研效率的不同影响因素；评价方法实现多样化，如除DEA模型外，还有模糊综合评判法、人工神经网络评价法、灰色综合评价法以及可拓法等，从多角度来考察评价对象。[10]
张弛（2014）针对高校二级院系科研效率评价较为少见等高校科研管理者关注的问题，依据全面性与系统性、科学性与合理性、可操作性与可比性及政策导向性的原则，构建了高校院系科研效率评价指标体系，并运用层次分析法设定了评价指标的权重，选取某教学研究型高校科研情况较为相近，具有可比性的24个二级院系为对象，引入DEA方法进行了实证研究，提出了相应的政策建议：建立评价机制，制定激励政策，提高科研积极性，保持科研原动力；培育和引进高层次人才，加强科研团队建设；优化科研资源配置，形成可持续发展模式等。[11]
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