20世纪30年代，美国经济学家伯利和米恩斯提出委托代理理论（Principal-agent Theory），倡导所有权和经营权分离，企业所有者保留剩余索取权，而将经营权让渡。“委托代理理论”早已成为现代公司治理的逻辑起点，这种产权分离的现象也普遍存在于市场经济中。高校科研绩效第三方评价是由政府及高校之外的第三方组织或机构参与对高校科研活动进行评价的方式。按照David Platt和Richard Zeckhauser的观点：“只要一个人依赖另一个人的行动，那么委托代理关系便产生了，采取行动的一方即代理人，受影响的一方即委托人。”[50]也就是说，高校科研绩效第三方评价活动中也存在着“委托代理关系”，因此运用委托代理理论分析高校科研绩效第三方评价活动，解析其中可能存在的委托代理关系及其潜在风险，或许可以帮助我们理解高校科研绩效第三方评价机制，化解第三方评价中的利益冲突，为改善评价制度设计提供可行思路。
在高校科研绩效第三方评价活动中，涉及评价需求方（一般是高校管理部门或评价学校）、评价对象、第三方评价机构和评价者四类主体，承担第三方评价工作的往往是独立于高校以及其主办者的第三方机构，各方之间相互依托又相互制约，以不同委托形式形成了委托代理关系。首先，评价需求方委托第三方评价机构组织评价过程，从而形成委托代理关系；其次，评价机构根据评价需求选择相应的成员或者外部专家组成评价小组，并委托其行使评价权利，从而形成另一层代理关系。因此，如图1-2所示，在此关系结构中，评价需求方与评价机构形成的是“一级”委托代理关系，第三方与评价者之间形成的是“次级”委托代理关系，而第三方机构连接起被评价学校与评价者，使得二者之间形成“间接”委托代理关系，这三类主体共同构成了“套层式”委托代理关系。[51]
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图1-2 第三方评价的委托代理关系结构图
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