1949年以后，由于当时实行极“左”的宗教政策，一切拜神活动均被视为“封建迷信”，长汀城关的妈祖信仰很快就消失了。20世纪50年代初期，整座天后宫被划拨给长汀电厂使用。电厂把天后宫正殿改造成为车间，前殿也变成了职工宿舍，另外在钟鼓楼前面还建起了一座三层高的办公楼。天后宫内原来供奉的妈祖神像也被群众藏匿起来。先是寄放在东关村的一座小庙里，后来转移到信徒家中，20世纪60年代初期被发现后，改为封存在东门居委会的楼上。大规模的群众性游神活动早已荡然无存，只有一些信徒仍在暗中私下祭拜，但信奉妈祖的思想观念仍在百姓当中有相当广泛的影响。
改革开放以后，随着经济的发展以及宗教政策的落实，人们的思想逐步解放，妈祖信仰又逐渐被提了出来。最早要求修复天后宫的是东门街的几位老人。他们从20世纪80年代末期开始就多次到政府部门反映，要求收回天后宫以利于保护文物古迹。长汀县博物馆、文物管理委员会、文化局曾派人到实地考察，查看遗存文物，丈量土地，并一一作了记录，把天后宫认定为县级文物保护单位。但由于当时长汀电厂还在天后宫内，要迁移这个电力部门并非易事，此事只好搁置下来。
20世纪90年代以后，随着两岸关系的发展，许多台湾信众都回到湄洲祖庙朝拜进香，妈祖信仰也不再被视为“封建迷信”而有了自己的地位。更重要的是，1994年1月长汀城关被定为“国家历史文化名城”，保护文物、发展旅游业与振兴地方经济被紧密联系在一起，一时间掀起了一股修复古迹的热潮，长汀天后宫亦在此背景下受到政府部门的重视。同年夏天，“汀州天后宫文物古迹修复协会”正式召开成立大会，政府有关部门到会祝贺。11月，长汀县人民政府以文件形式发表《县长办公会议纪要》，批准名城规划与天后宫修复问题，强调要“做到先规划，再筹资修复”。同年，长汀县文物管理委员会亦发文“同意利用民间集资方式”进行天后宫维修，从而明确了集资的方式。第二年，县政府又一次召开专题会议，肯定“民间集资修复天后宫是弘扬我县历史文化、保护建设历史文化名城的一项非常有意义的工程”。1996年，再次召开县长办公会议，通过了长汀天后宫文物古迹全面修复和发展规划，指出“修复所需资金主要来源于社会、海内外侨胞赞助”，“投资兴业，观光旅游”。[12]政府和民间均在“保护文物古迹，发展旅游业”的口号下携起手来，找到了可以接受的共同点。
由于有政府部门的肯定，“汀州天后宫文物古迹修复协会”成立以后便干得有声有色。这个协会主要由民间一些热心人士组成。第一届理事会共有理事37人、常务理事25人，从中选出会长1人、副会长3人、秘书长和副秘书长各1人。会长由张慕庚老人担任。他是“文革”以前保护妈祖神像、“文革”以后又积极要求修复天后宫的一个重要人物。1998年，张慕庚老人去世，当年又选出新一届的理事班子。新组成的“协会”理事会规模更大，共有54名理事，从中选出常务理事28名，再选出会长1人、副会长3人、秘书长1人（由1名副会长兼任）、副秘书长2人。此外还设立了特邀顾问、永远名誉会长、名誉会长、名誉顾问、顾问等荣誉席位。南源永芳集团公司前董事长、已故知名人士姚美良先生被聘为永远名誉会长，上届主要领导成员及一些社会名流被聘为名誉会长、名誉顾问或顾问，从第一届开始就设立的特邀顾问则聘请了三位客籍著名领导人来膺此殊荣。
天后宫“修复协会”实际上担负着维修古迹和恢复妈祖信仰等多重功能。“协会”内设有秘书组、财务组、保卫组、后勤组、接待组、联络组、捐资组、基建组、监事组、念经组等十个组，每组少则一二人，多则十几甚至二三十人。组的负责人主要由副会长、正副秘书长和常务理事兼任，每个组分工明确，各负其责，日常工作则由会长和秘书长统一组织协调。
1994年长汀天后宫“修复协会”成立以后，当年农历十二月十四日即将妈祖神像迎回天后宫，暂时寄放在前殿内。当时长汀电厂尚未迁移，正殿仍然作为车间使用，但普通百姓已经常到庙里烧香祭拜。1995年，经过多方面的讨论协商，长汀电厂终于找到新址，并着手搬迁，天后宫的原有建筑物全部归还给庙方。
天后宫的重新修复确实得到了社会各界的支持与帮助。据“汀州天后宫文物古迹修复协会”新近编印的《捐资芳名录·前言》介绍，整个集资和修复过程是十分辛苦的：
在县委、县政府的正确领导下，为努力修复好这一文物古建筑，自1995年8月14日动工以来，协会全体理事、会员，全力以赴地开展了捐资、捐物活动。进行大宣传、大发动。深入各乡镇、各单位，走村串户，踏踏实实、尽职尽责为完成任务，付出了许多辛勤的汗水，花了许多精力，得到了各单位、社会各界人士、海内外同胞、侨胞的捐资赞助，功德无量。[13](www.xing528.com)
另据《捐资芳名录》所载的资料统计，从1994年至1999年，长汀城内外各单位、个人以及香港、台湾同胞、海外侨胞，共捐出人民币1263346.1元，此外还有美金220元、新台币132300元、马来西亚币660元。[14]在这些捐款中，长汀各单位捐款60397元、个人捐款896619元、台胞138007.3元（不含美金、新台币）、香港同胞85300元、海外侨胞83022.8元（不含马币）。单位和个人共捐出95万多元，约占总数126万元的75.8%，香港、台湾同胞和海外侨胞共捐出30余万元，约占总数24.2%。也就是说，大约有三分之二的捐款来自长汀本地，另有三分之一来自港台和海外。当时的筹募资金确实是做到了“大宣传、大发动”。长汀天后宫印制了许多宣传材料，介绍该庙历史以及重修的重大意义，号召广大信徒和热心人士踊跃捐助，并公布了银行账号、联络地址、电话号码等。水东街、营背街、水东桥等路口要道，到处都摆起了募捐摊点。另外有许多“协会”会员怀揣宣传品，利用他们的亲友网络关系，深入街道乡村或者企事业单位去募集捐款。当时参与捐助的人很多，涉及范围相当广泛。
台湾同胞参与捐助则更有意思。据天后宫“修复协会”现任会长范先生介绍，最早前来捐助的是台中县龙井区龙天宫的四位先生，他们以前从未到过长汀，也不是客家人[15]。其缘起是1996年某天，有一位龙天宫信徒忽然梦见长汀天后宫有“三件宝”，即雍正时期的妈祖神像、道光年间的香炉以及一枚铜印，因此就派出四位先生前来看个究竟。来到长汀以后，发现此事果然不假，于是大为感叹，当场就认捐了人民币5万元（先交1万），并提出要为龙天宫雕塑一尊妈祖分身，准备第二年迎回台湾。次年3月18日，龙天宫组成了一个共有32人参加的进香团来到长汀，由上次来过的林苍发先生带队。此次不仅补足了5万元捐款，很多人还当场慷慨解囊，又捐助了很多款项。3月20日，进香团迎奉天后宫新塑的妈祖分身，起程返回台中。此后，长汀天后宫为了纪念这一盛事，便将台胞第一次捐助的5万元人民币用于建造了一座鼓楼，并在墙上刻石立碑，其文云：
台湾省台中县龙井乡龙天宫管理委员会副主任委员林元水、台湾省台中县龙井乡龙天宫老四妈圣母会理事长林苍发、秘书长林坤昌、秘书童宝全[16]四位先生捐建鼓楼壹座，人民币伍万元整。并题词：“天后普照龙天宫，神威永镇天后宫。擂鼓三声通四海，鼓音威震五大洲。”勒碑纪念，千古流芳。
公元一九九七年七月一日 汀州天后宫立
至于其他港台同胞和海外侨胞的捐款，则与长汀县每年一次的公祭“母亲河”活动有密切关系。这个活动是从1995年开始的，由长汀县政府举办。每年都有许多旅居世界各地的客属乡亲回乡参加，因而，修复天后宫的捐款有一部分是由这些外来乡亲宾客赞助的，其分布范围除了中国香港、台湾外，还包括美国、法国、泰国、缅甸、马来西亚、新加坡等，其中尤以马来西亚的侨胞捐助人数为最多，共有121人捐助了7万余元人民币、660元马币，仅姚美良亲属就捐出人民币5万余元。[17]
1996年10月，长汀天后宫第一期修复工程已顺利完成。修复一新的天后宫金碧辉煌，正门上方镌刻着“天后宫”和“后德配天”七个大字，入门便是戏台，紧接着是钟鼓楼、大天井、前殿、正殿、后殿以及左右护屋，与原貌完全一样。此时正值长汀县举办第二届公祭“母亲河”的活动，海内外宾客云集，这一新修古迹正式对外开放。以此为标志，长汀天后宫及其妈祖信仰翻开了新的一页。
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