燃料电池另一个有趣的应用是在医学设备及配置中。科学家已经发明了医学设备的微型甲醇燃料电池（uDMFC），这种设备可以移植入人类体内，如脑脊液泵分流和微胰岛素泵［50］。医学领域中燃料电池的应用一般要求小体积、生产的简便性、运行的洁净性、高效率以及不产生危害材料等。它们同时也比其他电源优良。
在这些场合，病人的氧气吸入作为空气提供给uDMFC的阴极。另外，甲醇燃料通过外部一定时间间隔地注入，提供给uDMFC的阳极［50］。uDMFC包括一个PEM和2个带通道的硅衬底。由于甲醇对人体的危害性，科学家考虑使用乙醇作为微型电源的燃料［50］。
各种其他有趣的应用包括飞机推进、高空气球和海上舰艇。燃料电池是太阳能飞行器的理想能源。这里需要解决的问题是夜间飞行器的供电问题。在白天，太阳能电池板的太阳能驱动推进电机同时对可充电燃料电池充电。在夜间，燃料电池系统提供必需的推进动力［51］。飞行器基本上要飞行在50000ft的高空。因此燃料电池重量要求很轻，并且必须拥有超过60％的高效率。(www.xing528.com)
燃料电池另一个应用是对高空气球供电，高空气球一般用于在大气层中收集地球、太阳和其他科学信息［51］。早前，蓄电池对这些高空气球供电，它们的功率范围一般在100～200W。然而，未来的任务可能要求更高的功率，可能会达到5kW。在这个功率范围，蓄电池的重量很大，这是高空气球不希望的特性。而且，在这个功率范围的运行要求更多的辅助设备。因此，现在人们考虑使用PEMFC取代蓄电池应用于这个领域。它们的设计要求能承受温度的较大波动，一般在-50～100℃之间［51］。
燃料电池同样可以解决美国海军的一些问题，这个领域传统上一般采用柴油机和涡轮发电机。而柴油发电机存在效率低下以及运行期间噪声较大的缺陷。同时还释放气体，在军方执行任务时，如在世界各地的潜伏，都不可接受［51］这些缺陷。因此，美国海军已将注意力转移到替代电源上，其中一个就是燃料电池。这类应用的典型功率范围一般在2～3MW。同时这些燃料电池多采用蒸馏燃料，效率一般为40％～50％。而且，发电成本一般限制在1500美元/kW。同样，系统重量、可靠性、可维护性和水处理系统是需要考虑的关键问题［51］。
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