一般而言，组织文化分为三个层次：
1.物质文化层，属于表层
通常指学校的建筑群落、景观设施、团体徽标、地理环境及学术团体或师生个人的科研发明、学习成果等人们可以直接感觉到的外显的文化现象。如学校里的主建筑物、校徽、校旗等是学校组织区别于其他组织的显著性标志，反映着该校的办学理念，价值取向。合并后高校内部成员面对风格迥异的物质文化，在心理上将产生不同价值取向的矛盾冲突。当对原设施进行重建与规划时，不同的观点可能引发冲突，如西部某高校今年上半年，将校内主要人行道路扩建为快车道，遭到不少批评，部分师生在该校BBS上发表了题目为“某高校人本主义消失——人行道成快车道”等此类帖子数十条，而其中一条帖子点击率达到1386次。这些矛盾冲突影响着学校的可持续发展。
2.制度文化层，属于中层(www.xing528.com)
它主要包括领导体制，正式的组织结构和非正式的组织结构、组织的管理制度，人际关系等文化现象。合并后高校由于管理体制的变化，带来管理的风格、模式及其制度的变革，往往产生冲突，有时甚至冲突激烈。如岗位资源的稀缺导致部分行政干部落选产生失落感和不满情绪。组织绩效的新评估标准，可能带来个人利益冲突。院系重组，学科带头人地位可能发生变化，合并后师生对新学科带头人的心理认同可能产生冲突。这些冲突将带来不稳定的因素，如人才的流失、师生情绪的不稳定等，阻碍着学校的发展。
3.精神文化层，属于深层
它是组织所信奉的生存哲学，主要包括办学理念、管理哲学、学术伦理、团体风貌等。相对于物质文化层和制度文化层其最难改变。合并前高校的教职工对新组建的学校期望值很高，以为“做大”就会“做强”，以为优秀的个体合在一起必然是最优的搭配，结果并非如此。一些教职工要么采取文化沙文主义，固守自己原来学校的文化精神，认为那才是新组建学校文化之源，只有它才是把合并后的学校带向更高层次的精神动力，要么采取文化虚无主义，把原来各校的文化传统看得一无是处，甚至视为新学校的绊脚石。[5]又如公众对新校名的认同问题。“西安公路交通大学”（原名西安公路学院）这名称曾意味着它是亚洲唯一的一所公路交通学院，该大学原本在社会公众中享有极高的声誉，但是由于它与其他几所院校合并，便更名为长安大学，结果高考填报时却很少有人报考，究其原因，是由于更名使它丧失了建校几十年来所积累起来的学校组织文化。[6]
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