（一）R&D经费规模比较
我国研究型大学R&D经费绝对数量远低于美国，增长速度比美国研究型大学快，但增速不稳定。2001—2006年，我国5所研究型大学R&D经费年均增长率为19.66%，美国为6.80%。但我国5所研究型大学R&D经费2004年增速为40.63%，2005年则为－3.38%。美国年增长率2002—2004年下降速度较快，但2004—2006年稳定在3%～4%左右的年增长率。此外，我国5所研究型大学R&D经费占全国高校比重比美国高13.18个百分点[3]。
（二）R&D经费来源比较
1.中美研究型大学R&D经费来源渠道不同
美国研究型大学R&D经费来源渠道较中国多元化。美国主要包括联邦政府、地方政府、企业、高校自身、非营利性机构和其他机构。中国研究型大学R&D经费来源渠道较之单一化，主要依靠企事业单位委托费用、其次为政府资金，其他经费所占比例低（见表2-1）。
2.中美研究型大学R&D经费来源的主体不同
美国研究型大学经费来源的主体为联邦政府。我国研究型大学经费来源主要依靠企事业单位委托与政府资金。2001—2006年我国5所研究型大学R&D经费来源中企事业单位委托与政府资金所占比重几乎相同，政府的主体地位没有体现。美国5所研究型大学R&D经费来源中联邦机构占67.30%，同类我国则为50.22%，较美国低17.08个百分点（见表2-1）。
3.中国研究型大学之间R&D经费来源差异较美国大
2001—2006年，北京大学R&D经费81.22%来源于政府资金，而此项最低的同济大学只有27.77%，相差53.45个百分点。约翰·霍普金斯大学R&D经费88.62%来源于政府，而此项最低的加州大学洛杉矶分校为53.40%，相差35.22个百分点。同一国内各研究型大学之间政府提供的R&D经费差异予以中美比较，中国比美国高18.23个百分点，反映出中国研究型大学之间R&D经费来源差异较美国大（见表2-1）。
（三）政府对研究型大学R&D经费资助特点的比较(www.xing528.com)
1.美国政府较中国政府更集中资助研究型大学
美国研究型大学R&D经费来源与全国高校比较：2001—2006年美国5所研究型大学R&D经费来源中联邦政府投入平均值为67.30%，全国高校为61.80%，研究型大学高出全国高校平均水平5.50个百分点；尽管我国5所研究型大学R&D经费占全国高校的比重比美国高12.27个百分点[4]，但我国同期5所研究型大学R&D经费来源中政府投入平均值为50.22%，全国高校为45.70%，比全国平均水平高4.52个百分点，将美国政府对研究型大学资助的比重与对全国高校资助的比重的差额与我国同类比较，我国低0.98个百分点，说明美国政府较我国更集中资助研究型大学（见表2-1）。
表2-1 中美各5所研究型大学2001—2006年R&D经费来源情况
注：1 此处中国全国高校数据以教育部直属高校为样本分析。
2.美国政府对研究型大学R&D的投入较我国政府更趋稳定
我国5所研究型大学R&D经费中，2001年政府投入为48.92%，2003年为41.12%，下降了7.80个百分点，2004年上升为51.92%，却在2005年又下降为47.76%，[5]呈现明显的波动。美国自2001年63.41%一直稳定上升为2006年69.91%。[6]反映出我国中央政府对研究型大学R&D经费投入缺乏稳定性。
（四）R&D经费支出结构比较
我国研究型大学基础研究所占比例低，主要从事应用与开发研究。我国5所研究型大学2001—2006年R&D中基础研究只占22.51%，应用与开发研究占77.49%[7]，美国高校R&D中基础研究占74.8%，应用与开发研究占25.3%[8]，且研究型大学则承担更多重大基础研究项目。
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