端溪书院最后修纂的志书是傅维森编纂的《端溪书院志》，凡七卷，光绪二十六年（1900）刻于端溪书院。傅维森（1864—1902），字志丹，一字君宝，广东番禺人。光绪十五年（1889）入广雅书院，游朱一新之门，故其学术长于经史。次年被选为汉学重镇学海堂的专课肄业生。光绪二十一年（1895）成进士，改庶吉士。旋丁父忧，不复出仕。光绪二十四年（1898），总督谭钟麟聘掌端溪书院，亦以实学课士。未几遽卒。著有《缺斋遗稿》。
傅维森初临端溪书院，即对其历史产生兴趣：“既抵院，询考前事，不可具悉。”此前黄登瀛辑录的《端溪书院志略》已然无存，且历时久远，“诸凡踵增，举未之及”。于是傅维森再去寻阅，“又于竹冈集中检得《端溪书院志》一册，盖嘉庆二十一年奉新赵竹冈吏部敬襄主讲斯院时所辑，视黄志尤略”。在此情况下，傅维森萌生了重新修撰院志之意。此时，傅维森得知邑中有名黎佩兰者，“昔从义乌朱先生读书院中，熟征文献，百年近事多有笔记”。黎佩兰，字咏陔，高要人，光绪十四年（1888）读书端溪院，光绪十七年（1891）举人。傅维森在看过黎佩兰笔记后，“为之喜慰，因属详加编订，互相商榷”。以此为引，傅维森开始着手撰修新志，“复考府、县志书，旁及前人文集，证以官廨新旧案牍，综覆条举，增补前志。实无可考，始姑阙如。时逾一年，稿凡数易，曩之不可具悉者。至是，乃按籍可寻矣。中有新订章程数条，则因时变通，藉除夙弊，非遽谓尽善也”[89]。
新《端溪书院志》凡七卷。卷首有傅维森自序及端溪书院图说，图说部分借鉴了《端溪书院志略》的编写方式。其后有目录。正文卷一为《建置》，与道光志相比，内容有所增添，如叙事溯及明代，在府志之外又根据省志、县志增添细节。此外，对于前志考证失实之处又加以改正，如“乾隆二十二年（原注：黄《志略》作一）知府吴绳年于近光亭后捐买民房地，增建后楼，奉祀先贤”[90]。咸丰四年（1854）至光绪二十四年的内容为傅维森新纂，主要依据了同治《高要县志续》[91]、同治李光廷《重修爱莲亭记》等。卷二为《经制》，对生童名额、考课制度、岁入、岁支加以介绍，其后附有《端溪丛书附考》和《印书章程附》，是有关印书经费方面的内容。卷三为《祀典》，记载了书院的祭祀规制及沿革变动，对所祀二十贤的来历作了较为详细的考订。其后为景贤阁奉祀先贤传略，与道光志一样，基本是抄录嘉庆志而来的，所不同的是删去了琼山、光宇、尧山、石洞四先生传，这是由于当时四人已不在奉祀之列。此外，又根据全祖望年谱和李元度《国朝先正事略》，增加了全谢山先生传略。卷四为《学规》，分作训典与条约两部分。训典收录了康熙四十一年（1702）的《训饬士子文》，雍正十一年（1733）和乾隆元年（1736）有关书院的上谕。条约部分为乾隆至光绪时部分山长掌教时所作的规条，如《全谢山先生端溪书院讲堂条约》《冯鱼山先生端溪书院学规》等。这些规条中年代较近的采自院内册籍，年代较远的则是从山长文集中搜辑而来。卷五为《师儒》，记录了当时已知的院长、监院姓名及小传。由于“嘉庆以前册籍无存”，院长、监院的姓名无法详细得知。加之“咸丰甲寅之乱，文献亦就湮沦”。在官方典籍无从查起的情况下，傅维森乃“采私家著录钩稽可据者，十得五六，合以近年其知者，具列为表”[92]。卷六为《艺文》，分石刻、词翰两部分。石刻内容抄录自道光志卷三的《石刻》，还注明了石刻的存废情况。词翰部分收录了部分山长及官绅有关书院的诗词文章。卷七为《书籍》，受咸丰四年兵灾的影响，院内旧藏书籍早已荡然无存，傅维森综合同治《高要县续志》及黄登瀛《端溪书院志略》，重新考证出旧藏书目。此外，傅维森还从肇庆府档册中找出了《肇庆府原定收借书籍规条》，附在此处。接着傅维森不吝篇幅，对书院所藏的整整八十一柜藏书开列了非常详细的清单，除书名、作者外，还标明了捐赠者的姓名及身份。最末附了捐置书籍种数衔名，对光绪二年（1876）至二十四年为书院捐书的官民开列了一份专门的清单。
总体来看，傅维森所修的《端溪书院志》是三志中门类最多，篇幅最大，史料来源最广，考证最详的书院志书。
《端溪书院志》的历次修撰，其门类从赵敬襄时的不分类，到黄登瀛时的六类，最后到傅维森时的七类，门类呈现出越来越多、越来越细的趋势。并且在门类的编排上，傅维森也没有全部沿用黄登瀛的既定次序，而是对其有所优化。如傅维森将道光志中并未独立成卷的经费部分析出，提升其地位。学规、师儒部分，道光志尽管也有涉及，但内容少而分散。傅维森不但对此特别加以整理，还新立名目，独立成篇。祀典部分在道光志中被置于靠后的第五卷，而傅维森将其提前至第三卷，如此，形成了卷二、卷三、卷四专讲制度的格局。比之前志，这种编排方法更加合理。道光志的卷三取名《石刻》，然其内容除石刻以外，还附录了官绅之诗文，使卷三陷入具有“艺文志”之实而无“艺文志”之名的状况，这或是由于端溪书院有十四方御书石刻而有意凸显其地位的原因。傅维森即在此基础上向前一步，将“艺文志”大方提出，将石刻与词翰一同纳入其中，这又是其编纂上的合理之处。并且傅维森还将《艺文》置于偏后的位置，这种编排方式与地方志更加接近。道光志的藏书目录名《经籍》，这是受当时四部分类法的影响。傅维森则改名《书籍》，这是由于当时书院已藏有大量西学、新学书籍，再用“经籍”之名显然已不合时宜，这体现了傅维森的与时俱进之处。其详细分类情况见表一。
表一 分类情况
续表(www.xing528.com)
其史料来源，傅维森在自序中列举了笔记和“府、县志书”“前人文集”“官廨新旧案牍”[93]四种。在查阅全书后，可知傅维森至少还参考了赵、黄二人各自撰写的书院志及院内册籍、碑刻、藏书等史料。这与前志相较，史料来源更为广泛。
在坐拥众多史料之后，傅维森也对其详加考辨，得出较为可信的结论。“实无可考，始姑阙如”[94]。如卷一《建置》部分，对于书院何时由“天章”改名“端溪”一事，傅维森以双行小注的形式对其详加考证，得出了与道光志相左的结论：
黄登瀛《端溪书院志略》：书院何时复端溪之名，诸志阙载。《高要新志》以为意即雍正十年所改。但考是年制府郝玉麟碑记，仍题“天章书院”。乾隆十七年全祖望《帖经小课题辞》，署衔亦云“天章山长”。至乾隆二十二年，山长何梦瑶记，始称“端溪书院”。二十四年修《府志》，遂直标“端溪书院”。然则复端溪之名，殆在二十二年重修时。
傅维森《端溪书院志》：李光廷《宛眉书屋文钞·景贤堂先贤赞》云，改名端溪，在乾隆初年。马尔泰《〈御稻诗〉跋》，可考《跋》在乾隆三年已称端溪书院。则十七年全谢山《帖经小课题词》犹自署“天章山长”者，特行文之雅称尔。杭堇浦与谢山同时来粤，有《登端溪书院天章阁望州衙后园》诗，亦可证端溪之名已复在先。《府志》疑为乾隆二十二年重修时始改，其说未核，今不从。
就书院何时改名端溪，黄、傅二人一主乾隆二十二年（1757），一主乾隆初年，且都围绕全祖望在《帖经小课题辞》文末的署名“天章山长全祖望”作出了截然相反的解读。其实全祖望在《帖经小课题辞》正文中已留有两处线索，一处是“予主端溪讲席，未及稘”，另一处是“愚者遂以为天下文章莫大乎是，端溪诸生前此亦未能脱”[95]，可见端溪之名在当时已然恢复，全祖望在文末以“天章山长”自称，应当确是“行文之雅称”，当以傅说为是。且傅维森并非仅以《帖经小课题辞》为依据，他还在前任山长李光亭、前任总督马尔泰的文章词翰中搜罗证据，足见其扎实的考证功夫，这样的例子在光绪志中不胜枚举。
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