清代是书院志的发展和成熟期，这一时期所留下的书院志数量众多，据学者统计共有一百一十种之多，分省而言，以湖南、江西、江苏、浙江等地书院最多，具体数目可参见下表：
至于这些书院志的具体名称可参见《中国书院制度研究》。当然，这仍不是清代书院志的全部。清代书院志编撰相对明代而言已经成熟多了，具体表现在以下三个方面：书院“总志”出现；书院志编撰理论的提出与体例的进一步完善；书院志编撰史的追溯。
书院“总志”名称的提出始于王昶的《天下书院总志》。该志成于嘉庆年间，其自序云：
遂取各省志书及府州县志所载书院，汇而录之，将剞劂以贻诸大吏，俾之留心于教养。
该志原为二十卷，今台北“中央图书馆”有十二卷钞本，是第一部书院总志，以省府州县为单位著录各书院历史沿革、历代有关书院之诗文，间收学规、章程。它注意到要从地方志中去发掘资料，并且将书院志的著述范围突破个别书院的拘篱，这既是书院志编撰方法的新突破，也表明书院志有向书院史研究过渡的倾向。当然，总志的缺点是过于简略，清人已经意识到了这一点。梁廷枏在《粤秀书院志·序》中曾说：
至王兰台司寇《天下书院志》，则又统同载笔，势不能缕析条分。
然而，王昶《天下书院总志》之后，效仿者也不少。梁廷枏《粤秀书院志·序》云：
迨撰《越华纪略》，适以夷事出居佛山，仅就记忆者笔诸简，去冬复有召监粤秀之役，因忆嶰筠先生尝入局为言暇当别撰广东四书院总志，如大司寇例而加详焉。
粤秀书院，与羊城书院、粤华书院、端溪书院合称广东四大书院，它们的总志似乎最终没有写成。不过，成于同治年间以后的《玉山县怀玉、草堂、斗一山、端明书院志》与光绪二十二年所刊的曹广祺的《岳阳慎修两书院合志》却是这种总志成功的仿效结果，这种书院志，似乎称作“合志”更为合适些。(www.xing528.com)
清代书院志编撰已近成熟，还表现在书院志编撰理论的提出，集中地体现为书院志的体例的完善，为了体例的完善，修志者非但要拟定详细的凡例，还会反复与别人进行商讨。如安徽“紫阳书院旧无院志，施璜始草创成编，厘为十卷，然义例未甚明晰，后吴良斋、吴漪堂兄弟为之别其条理，剖其门类，损益以成章，订为十八卷”[3]，该志卷十八收入了鄂尔泰的《与漪堂书》《再与漪堂书》《又与漪堂书》，说明鄂尔泰在该志的修订中提出了许多合理的意见，这三封书信对书院志中建置、祀典、人物、艺文等体例有诸多发明，今部分摘录如下：
卷首当增置紫阳山图及紫阳书院图于建置之前；建置总作一编，史法原有此体，但不若依年条分，使观者一目了然，而前代沿革与现今紫阳山建置当截然分开；建置中不应杂以祠记文字，当于每篇内有关建置事迹者摘出；列传卷次不拘篇数多寡，依类分编，各为一卷，则眉目清晰；列传如衍绪诸儒皆近时人，虽有一时兴复书院之功，然未可与蔡黄诸先生一例称呼，不如称某学士某处士，据实分别以听后世之公论，其神主则概称先生可也，见之史笔书法则不可不慎；艺文当分诸体，以祠记居先，祭文次之，序跋诸体又次之。
此外对祭祀、经济诸目也多有论述。修志体例的具体化既反映了修志者的审慎态度，也说明书院志编撰已经开始做理论上的探索。梁廷枏在修《粤秀书院志》时“志例每门先有小序，接以正文，文所不尽者用夹注，注所不尽者，各夹以按语”[4]，也是他的书院志编撰理论之一。
理论的提出当然也反映了书院志编撰活动已到了一个能达于自觉的程度，这种自觉也反映在对这一事业的历史的自觉性。梁廷枏曾说：
直省书院志其来已古。周诏《石鼓书院志》撰自前明嘉靖，志中已引用旧本，则前此已有著录，至白鹿洞志，虽主教育而因地命名，意兼名胜，且追尊始创，专述先贤，至王兰台司寇《天下书院志》，则又统同载笔，势不能楼析条分，体例并与此异。[5]
这应该说是较早地对书院志编撰事业历史的一个简述。
清末的书院改学堂运动，使得书院为大中小各式学堂所取代，书院成了历史的遗物，书院志编撰也随书院的消失而成为过去。书院志的编撰基本上成为一种考证或整理，如上文所述的几种“总志”。
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