一个建议是，胡轸、徐荣、杨整修等人虽然投降，但他们内心是怎样想的不清楚，对他们不能放松警惕。
吕布对王允分析说：“凉州军中的一些人整个家族和全部产业都在凉州，你让他死心塌地跟我们走，那是不可能的，他们暂时归顺，一旦有机会势必反叛，这些人始终是朝廷的大患，我认为应该把这些人关起来。”
但王允不同意这个看法，王允认为：“那些有可能反叛的人，也仅是有可能而已，说他们反叛，现在没有证据，如何服众？”
王允的见解表面看起来冠冕堂皇，也显得挺大气，但这只是一种愚见，因为他根本不了解凉州军的这些人。
吕布提出的第二项建议是，董卓死后被抄家，从他府中以及郿坞搜出大量金银财宝和粮食，现在朝野都很关注这批东西，因为朝廷西迁以来群臣和将士们的生活都很艰苦，吕布提出拿出一部分东西以天子的名义赏赐给大家，用以提振士气。
王允仍然反对这个提议，他的理由是：“这些东西是董卓贪污盘剥而来，现在应归朝廷和国库所有，将来东归，这些东西也要分毫不少地运回洛阳，将来关东的那些朋友问起来，我们也要能说得清，怎能随意处置？”
王允只会讲大道理，谁都说不过他，弄得吕布没脾气了。
人一旦掌握绝对的大权，本性中不为人知的某一部分也会暴露无遗，让人看到光鲜的表面下不够阳光甚至丑陋的一面。
书生误起国来，一点儿不比小人恶人差。
执掌大权后王允的身上发生了很多变化，作为诛杀董卓的第一功臣，王允获得朝廷的嘉奖和民众的称赞，所以不自觉地流露出一些小骄傲（每乏温润之色）。
王允曾自负地对人说：“连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？”
过去群臣集会，王允都能跟大家推心置腹，共同讨论，现在变得正襟危坐，一脸严肃，群臣慢慢地不再像以前那样推崇和拥护他了（是以群下不甚附之）。
当时百废待兴，有很多事要处理，王允放下不管，非要治蔡邕的罪。
这件事情的起因是，蔡邕听到董卓被杀的消息时，情不自禁地当众叹息了一声（殊不意言之而叹），正是这一声叹息，最终要了蔡邕的命。
当时王允正好也在场，当即呵斥蔡邕说：“董卓是国之大贼，几乎使汉室倾覆。你身为汉臣，理应同仇敌忾，怎么能因为个人受到董卓的礼遇而忘记了大节！今天诛杀有罪的人，你反而感到难受，是不是跟他们是一伙的（今诛有罪，而反相伤痛，岂不共为逆哉）？”
王允当即命令把蔡邕抓起来押在廷尉处审理。(www.xing528.com)
蔡邕在狱中写信向王允表示认罪，愿意像司马迁一样承受黥首刖足之刑以求保全一命，让自己能够完成正在写作的当朝国史《后汉纪》，但王允坚决不答应。
太尉马日磾听说后急忙来见王允，对他说：“蔡伯喈是旷世逸才，对本朝的事情很了解，如果续成后史，肯定将是一代大典。而且他以忠孝著称，现在要治他的罪理由也不充分（所坐无名），如果非要杀他，恐怕会失去人望！”
马日磾是经学大师马融的族孙，和蔡邕、卢植一起校过熹平石经，又参与过《东观汉记》的续写，深知蔡邕的学术地位和价值。
但是，王允不给他这个面子：“当初武帝不杀司马迁，让他写出来了《史记》这样的谤书，流于后世。现在国祚中衰，神器不固，不能让佞臣执笔在幼主的左右，既对圣德无益，又使我们这些人受到他的无端批评（使吾党蒙其讪议）。”
马日磾碰了一鼻子灰，对王允很失望，下来对人说：“王公这个人，大概也活不多长了吧（王公其不长世乎）？有道德的人，是国家的纲纪；典范的著述，是国家的典籍。废弃了纲纪与典籍，难道还能长久吗？”
就这样，当时最知名的大学者之一、与宦官集团坚持不懈斗争的蔡邕就这样死在了长安，死时61岁。
以董卓的跋扈尚且对蔡邕礼遇有加，擅杀这样有影响力的人难免招致非议。有史书说，王允下令杀蔡邕，但马上就后悔了（允悔欲止），但没有来得及制止。
这其实是不可能的，王允杀蔡邕的意志其实十分坚决。
有人认为蔡邕受董卓的厚遇，王允早就看不惯，或者也有一些嫉妒，这是王允执意杀害蔡邕的原因。
但是，董卓也厚待了王允，而且更给予了重用。
其实王允坚决要杀蔡邕另有原因，而蔡邕自己和马日磾的话再一次提醒了王允。
蔡邕和马日磾都提到写史，这让王允下意识想到了司马迁。真的，如果当朝国史由蔡邕来写，会写成什么样？
这一两年来，王允之所以深得董卓信任，自然说过不少违心的话，干过不少违心的事，别人不太清楚，蔡邕知道的应该不少，如果让他写史，王允的形象算是毁了。
所以，蔡邕必须死。冠冕堂皇的理由虚晃一枪，真正的理由因为太卑鄙，往往说不出口。
王允应该没少读圣贤书，应该懂得辱行污名不可全推，留给自己一些，可以韬光养德；完美的名节不宜独享，应该分些与人，这样可以全身。
可惜，他即使读了也做不到。
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