自治区交通厅隶属于自治区人民政府，是主管全自治区公路和水路交通行业的自治区人民政府组成部门。1991—2005年，根据自治区机构编制委员会的批准调整，自治区交通厅机关各个时间段的内设机构为9～15个处室。1991年，自治区交通厅设有12个职能处室。1995年，经自治区编制委员会同意，自治区交通厅设9个职能处室和机关党委。9个职能处室分别是办公室、人事教育处（挂离退休工作处牌子）、规划计划处、财务处、基建处、综合处、科技处、政策法规处、外资处。机关党委挂政治工作处牌子。另有原设机构的党组、纪检组、监察室、审计处、交通公安处。
2000年，自治区人民政府办公厅印发了《自治区人民政府办公厅关于印发〈广西壮族自治区交通厅职能配置内设机构和人员编制规定〉的通知》（桂政办发〔2000〕99号），经机构改革后，自治区交通厅内设办公室、人事教育处（增挂离退休人员工作处牌子）、政策法规处、综合处、规划计划处（增挂战备办公室牌子）、财务处、外资处、基建处、机关党委。
人员编制：自治区交通厅机关行政编制50名。其中厅长1名、副厅长3名（其中1人兼总工程师），处级领导职数19名（含机关党委专职副书记1名）。
2000年11月，自治区人事厅《关于自治区交通厅设置国家公务员非领导职务的复函》（桂人函〔2000〕317号）同意自治区交通厅配备10名处级非领导职务，其中调研员不得超过5名。
2000年，除自治区人民政府批准的8个处室外，厅机关另设有5个机构（组织）：机关服务中心，自治区纪委、监察厅驻自治区交通厅纪检组、监察室，自治区交通公安处，广西交通运输工会（广西海员工会“两块牌子，一套人马”），西南出海大通道办公室（事业编制，与基建处合署办公）。
2001年，自治区编制委员会《关于成立自治区交通厅成立利用外资工作服务中心的批复》（桂编〔2001〕46号）同意成立自治区交通厅利用外资工作服务中心，核定事业编制6名。
2003年，自治区编制委员会《关于自治区驻厅（局）产业工会机构编制问题的通知》（桂编发〔2003〕5号）将原广西交通运输工会更名为自治区交通工会委员会（同时挂广西海员工会委员会牌子），核定事业编制4名（含处级领导职数2名）。
2005年，自治区交通厅内设机构：办公室，人事教育处（挂离退休人员工作处牌子），政策法规处，规划计划处（挂战备办公室牌子），财务处，综合处，外资处，基建处，自治区交通公安处，自治区纪委、监察厅派驻自治区交通厅纪检组、监察室，厅机关党委，广西交通工会（含广西海员工会），机关服务中心，西南出海大通道办公室，自治区交通厅利用外资工作服务中心。(www.xing528.com)
1991—2005年自治区交通厅历任领导名录
a 2002年1月10日，广西钦州市中级人民法院以受贿罪、巨额财产来源不明罪判处自治区交通厅原党组书记褚之田有期徒刑10年。
b 2016年5月13日，广西玉林市中级人民法院对广西壮族自治区交通厅原党组书记、厅长黄华宽进行公开开庭宣判，认定其犯受贿罪，判处有期徒刑11年。
c 2015年11月25日，广西南宁市中级人民法院对广西壮族自治区发展和改革委员会原副主任廖小波受贿一案作出二审宣判，依法改判为有期徒刑15年。
2005年底，自治区交通厅有8个直属二层事业单位：自治区港航管理局（与自治区船舶检验局、自治区船检处、自治区航务工程局“三块牌子，一套人马”）、自治区道路运输管理局、自治区公路管理局、自治区交通征费稽查局（与自治区公路管理局合署办公）、自治区交通基建管理局、自治区高速公路管理局、自治区交通工程质量监督站、广西交通职业技术学院。
自治区交通厅主管5个交通企业单位：广西西江航运建设发展有限责任公司、广西五洲交通股份有限公司、广西桂通公路工程监理咨询有限责任公司、广西八桂水运工程监理有限责任公司、广西新发展交通集团有限公司。
厅托管单位和其他组织为桂林交通疗养院（委托自治区道路运输管理局管理）、自治区交通厅通信站（委托自治区高速公路管理局管理）。
其他组织：《广西交通年鉴》编辑部（归口自治区交通厅办公室管理）、广西交通新闻中心和广西交通报社（归口自治区交通厅办公室管理）、交通部电视中专广西分校（业务上由部总校领导，日常工作归口自治区交通厅人事教育处管理）、交通部法律服务中心广西办事处（归口自治区交通厅政策法规处管理）、自治区港口协会、自治区公路学会、自治区航海学会、广西交通职工技术协会（归口交通工会管理）。
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