20世纪90年代,自治区交通厅授权自治区航务管理局负责对自治区港口进行宏观调控和业务指导,各航区的港口管理机构归地方人民政府领导。沿海港口的主要港口管理机构为防城港务局、北海港务局和钦州港务局,各港务局既是港口生产企业,又是港口管理机关,负责贯彻中央和地方有关港口的方针、政策、法令和规章制度,对港区水域和陆域实行管理,制定港口的发展规划,组织实施港口建设,调度抵港船舶和车辆,组织港口运输生产。内河航区的港口,属于国有水运企业经营的码头由各港务(总)公司、港埠公司、港务所、港务站具体管理,属集体水运企业经营的码头和货主码头,由当地交通主管部门直接管辖。这一时期的港口管理政企不分,以企业管理为主,港口行政管理职能几乎没有或十分弱化。
进入21世纪后,根据国务院港口管理体制改革的要求,广西沿海港口在自治区率先实施政企分开的港口行政管理体制改革。特别是2004年1月1日《中华人民共和国港口法》实施以后,政企分开的港口行政管理体制改革进一步深化,各港口所在地人民政府按照“一城一港”“一港一政”“一港一引航”的港口管理体制原则,将港口行政管理从港口企业中分离,由依法确定的港口行政管理部门对港口实施统一的行业行政管理。2004年10月19日,自治区人民政府明确自治区交通厅作为自治区港口行政管理部门,主管自治区港口工作。为此,继2003年北海港务管理局实行政企分开后,2004年完成防城、钦州港务管理局的政企分开工作。防城港务管理局分为防城港市港口管理局、防城港务集团有限公司,钦州港务管理局分为钦州市港口管理局、钦州市港口(集团)有限责任公司。至此,广西沿海3个主要港口的管理体制改革实行政企分开工作基本完成。自治区14个地级市也依照港口法的要求,于2005年底前全部明确了独立于港口企业之外的港口行政管理部门,并按实际需要进一步建立县级港口行政管理部门,自治区港口行政管理体系初步建立,各级港口行政管理部门开始全面履行《中华人民共和国港口法》赋予的各项港口管理职能。(www.xing528.com)
港口引航方面。根据国务院和交通运输部关于引航管理体制改革的精神,2004年9月,广西区钦州港引航站从钦州市港口集团有限责任公司分离,隶属钦州市港口管理局。当年,北海和防城港引航站未完成引航管理体制改革。
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