1993年中央党政机构改革完成后，全省于1995年进行党政机构改革。这次改革的重点是转变政府职能，实行政企分开，理顺关系，精兵简政，提高效率。经过三年的改革，甘肃省省级党政机构由64个减少为52个，非常设机构由127个减少为42个。中央核定甘肃省省级党政机关编制5460名，省直机关平均精简26%。其中，专业经济部门精简30%左右，社会管理部门和其他部门精简20%～30%，经济综合和监督部门精简15%～20%。2000年，甘肃省党政机构改革的目标是建立与市场经济体制和实施“西部大开发”战略相适应的行政管理体制，进一步明确省政府区域经济调节、社会管理和公共服务的职能定位，以改革专业经济管理部门为重点，简政放权，推进政企、政事分开。这次改革中，全省撤销了甘肃省农业委员会、甘肃省物资局、甘肃省经济协作办公室、甘肃省国资局、甘肃省水产局、甘肃省石油化学工业局、甘肃省冶金工业局、甘肃省煤炭工业局、甘肃省建材工业局、甘肃省医药管理局，其行政职能并入甘肃省经济贸易委员会。改革后，省政府设工作部门39个，比改革前减少了14个，精简26%；省政府行政编制2019名，比改革前减少了1930名，精简48%。省委机关按20%的比例精简，核定行政编制666名。人大、政协、民主党派及工商联、人民团体机关不作精简。全省市县乡机关编制由10.05万名缩减为8.04万名，精简20%。政法机关专项编制精简10%。2004年全省党政机构改革落实党的十六大和十届全国人大一次会议的精神，对全省党政机构进行了较大的调整和职能整合，组建甘肃省人民政府国有资产监督管理委员会、甘肃省发展和改革委员会、甘肃省经济委员会、甘肃省商务厅、甘肃省安全生产监督管理局、甘肃省信访局，撤销中共甘肃省委企业工委、甘肃省经济体制改革办公室、甘肃省经济贸易委员会、甘肃省贸易经济合作厅、甘肃省经协办，撤销原甘肃省经济贸易委员会管理的甘肃省冶金有色工业办公室、甘肃省石油化学工业办公室、甘肃省机械工业办公室、甘肃省电子信息工业办公室、甘肃省轻工纺织工业办公室、甘肃省建筑材料工业办公室、甘肃省医药行业管理办公室、甘肃省煤炭工业管理局，将甘肃省计划生育委员会更名为甘肃省人口和计划生育委员会。改革后，省政府设置工作部门40个。这次机构改革没有对人员编制进行精简，按照“编随事走、人随编走”的原则，对甘肃省农办、甘肃省经协办、甘肃非公有制经济办公室和甘肃省建材、机械、电子、医药集团4个公司的353人进行了划转。从2006年2月开始，甘肃省人民政府政务大厅正式启动运行，先后有27个省级政府部门、超过50%的行政许可事项进入大厅，实行一站式办理。到2008年，全省编制完成依据地方性法规、省政府规章设定的行政许可（审批）项目目录，先后分6批取消和调整省级部门行政审批事项，审批事项由原来的2315项减少到763项，累计减少1552项，减幅为67%。(www.xing528.com)
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