（一）面积缩小，调蓄功能减弱
以湖泊湿地为例，与其他土地类型相比，湖边湿地内的土壤富含营养物质（氮、磷、钾），这些营养物质对农业高产非常重要。据一项研究表明，新开垦的湖边湿地土壤可高产达3年之久而无须施加任何有机或化学肥料。因此，湖区大量的湿地变成可开垦的土地。从1954—1996年，江西鄱阳湖整个湖面面积减少了1300 km2，相应的水容量减少了850×108m2。湿地的损失减少了湖泊的集水面积，减弱了湖泊的贮藏和保持水的功能，使河道扭曲，泥沙在河床淤积，影响了防洪能力。在鄱阳湖，由于湿地面积减少造成洪水泛滥，自20世纪90年代以来，每两年要发生一次洪灾，造成巨大的经济损失。另一方面，泥沙的淤积破坏了鱼类的涸游通道，使有些鱼类不能洄游到上游孵卵，导致渔业资源的退化。
（二）一些地方过度利用，而另一些地方则闲置
由于湿地资源具有多种功能，管理权限分属水利、航运、国防、渔政、农林、湖州等多个部门，不同行政管理部门具有不同的管理目标，如水产部门要发展养殖、农业部门要围垦种植、水利部门要空湖纳洪、水运部门要通航运输、湖州管理部门要发展芦苇等。地方之间、部门之间、上游与下游之间常出现矛盾，对开发价值大的天然资源采取“杀鸡取蛋、涸泽而渔”的过度利用方式，而对开发价值较低或破坏后生产力水平下降的湿地任其荒芜。(www.xing528.com)
（三）水污染问题
随着工农业生产的发展和人口增长，中国许多河流、湖泊湿地遭到严重的污染。以江西鄱阳湖为例，鄱阳湖的湿地生态系统比较脆弱，它依赖的水体来源于其他河流，特别是江西境内的五大河流。随着五河流域经济发展和人口的增长，大量的工业废水和生活废水被排进五大河流，然后流入鄱阳湖内，其污染份额占湖区水污染的85%。另外，湖区农业生产所产生的化学污染也对湖水水质产生影响。从1986—1990年的监测数据表明，湖水中磷的含量范围在0.038～0.131 mg/t，该含量范围足以造成富营养化。来源于五大河流水土流失产生的悬浮物降低了水的透明度，从而抑制了水生植物的光合作用和藻类的繁殖，严重破坏了湿地的生态平衡。
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