全面抗战时期，甘肃作为后方基地和陕甘宁边区政府所在地，战略地位十分重要，国民党中央加强在甘肃的军事部署。国民党中央第八战区司令长官部（公署）设在兰州，蒋介石兼司令长官，朱绍良任副长官，辖甘肃、宁夏、青海及绥远一部。在天水设置军事委员会委员长天水行营。1941 年1 月，国民党军委会又在兰州设立陕甘宁边区总司令部，朱绍良任总司令。
国民党在甘肃的驻军情况是：胡宗南部驻庆阳、平凉、固原及天水一带；马步青部驻武威；马步芳部驻张掖、酒泉；邓宝珊、孔令恂驻兰州；鲁大昌驻陇南。1937 年7 月在兰州设立兰州警备司令部，邓宝珊兼任司令。1939 年9 月，邓宝珊被任命为第21 集团军军团长，调往陕西榆林。1942 年秋，蒋介石到甘肃视察，重新部署河西军政，将马步芳驻张掖、酒泉部队以及马步青骑5 军调往青海，任马步芳为国民革命军第40 集团军总司令，马步青为副司令。河西由中央军驻防，在酒泉设立第29集团军总司令部。(www.xing528.com)
（二）国民党在甘肃的行政统治
全面抗战时期，国民党在甘肃先后有三位省政府主席主政甘肃。“西安事变”后，贺耀组暂行代理甘肃省政府主席，按战时党政军三位一体的原则，设立军委会委员长西安行营派驻兰州副主任办公厅，由贺耀组负责，节制国民党驻甘军队。贺在甘期间（1937年4月28日—12月17日）国共合作刚开始，贺执行了国民党在第二次国共合作政策中积极的一面，从抗战大局出发，组织成立甘肃民众抗敌后援会，与中共甘肃地方组织一起，推动甘肃的抗日救亡运动。1937 年12 月中旬，朱绍良第二次任甘肃省政府主席，提出“在安定中求进步”的治甘方针，积极执行国民党中央的“防共、反共”政策。1940年10月，朱绍良辞去甘肃省政府主席职。1940年11月中旬，谷正伦担任甘肃省政府主席兼保安司令（在职时间1940年11月到1947年6月）。谷正伦主甘期间（兼国民党甘肃省党部主任委员），为了和朱绍良有所区别，提出“在进步中求安定”的口号，强化基层统治，将党政渗透到基层，推行新县制，建立保甲制度，重视大后方经济建设。
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