大学评价指标体系的科学化程度直接决定了评价结果的有效性和可靠性。因此，评价指标的选取和权重的设定都应科学、合理，才能使评价结果更具权威性。但是就目前情况看，国内知名度和影响力最大的四个大学评价机构仍然没有建立起比较科学的评价指标体系，影响了评价结果的公信力。
首先，有些评价指标的设立缺乏明确的目的指向，不知道其能反映大学的什么问题。如“专任教师数”“研究生导师数”“国家大学科技园”作为评价指标能说明什么问题?各种档次的“科研项目数”“发表论文数”又能说明什么问题?“毕业生就业率”作为评价指标的科学性也值得商榷，一是由于该指标为学校自报，其准确性值得怀疑，二是该指标并不能反映毕业生真实的就业质量。因此，专家在设计评价体系时必须对每一项指标作全面的考量。
其次，指标选取和权重设定缺乏明确的依据，且变动过于频繁。国外知名的大学评价体系，如美国的US News，英国的QS、THE，其指标和权重均保持多年不变，而国内大学评价机构几乎每年都要对其指标和权重进行调整，且大多不对调整原因作出解释和说明，其结果一方面造成一些大学名次剧烈波动，令大学感到无所适从，另一方面也反映了其评价体系还不够科学，仍处于逐步完善过程中。(www.xing528.com)
最后，定性评价方法缺乏，在一定程度上影响评价结果的准确性。高等教育评价是一个复杂的系统工程，任何一种评价方法都不能“包治百病”，有各自的优点、缺点和特定的适用范围。目前，国内四个知名大学排行榜均采用定量评价方法，不可否认其在推进大学评价客观化方向的作用。然而，过分注重对指标的定量分析往往忽略了对评价对象概念和本质的定性揭示，一些定性评价方法仍然是必要的。建议将定性与定量方法相结合，使评价结果更加科学、合理。
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