公元221年，南京，被秦始皇贬损为“秣陵”的称谓，终于被另一个更有气势的名称“建业”所替代。三国大戏中的一个重要的历史人物登场，公元229年，东吴大帝孙权在建业称帝。
石头城，孙权在原有城基上修建而成，有“东吴第一军事要塞”之称，也是六朝时期兵家必争之地。此后数百年间，这里成为军事重镇，南北战争，往往以夺取石头城决定胜负。
中科院南京地理与湖泊研究所副研究员李春海说：“南京过去称为‘石头城’，后来秦淮河这道河塑造了南京城的历史。最早是在三国的时候开始修建城池。它的目的主要是军事目的，但同时还有一个重要原因，就是秦淮河还能够运输。南京城最初建立之后，有两个作用，一个是军事的防御作用，还有一个就是它是一个交通要道。”
尽管东汉时期就已经有人重视对江南的开拓，但真正意义上第一个振兴江南经济的，毫无疑问是孙吴，孙吴直到灭亡时还是一个经济比较发达的地区。南京被定为一国之都，作为中枢，它需要一个能够顺畅联结王朝各个部分的交通体系，南人以舟为车，水路交通自然是首选。
王凯说：“孙权在南京建都，派兵在赤山湖屯田，开发了赤山湖。赤山湖开始的面积很大，唐代的时候光周长就有一百多里，渐渐地，围田造湖到现在，赤山湖面积只有7.8平方公里了。它的位置在哪里呢？在整个句容县西边，和我们江宁的湖熟交界。赤山湖现在在秦淮河流域有很重要的作用，是蓄滞洪区。就是在汛期的时候，句容北边的宝华山下来的水、南边茅山下来的水，都汇入赤山湖。赤山湖就起到了调蓄的作用，然后再根据情况，把洪水放下来。这样就保证下游南京城的防洪。它起到很好的作用。”
那时长江风大浪急，特别是其中的镇江河段有风涛之险。为解决这一困难，在赤乌八年（245），孙权便派遣陈勋率兵士三万人开凿句容中道，也就是破岗渎。
王凯说：“句容赤山湖往东，连接江南运河，在太湖流域和秦淮河流域分水岭上，切开一个沟，这条沟的名字叫破岗渎，可以把江南的粮食运到南京来。”
南京作为皇宫所在地，城市的总设计师孙权当然也少不了对其好好改造一番。
王凯说：“南京作为孙吴的首都，人口多，这是南京第一个大发展时期，有宫城，外面有护城河，利用原来的河道开发的新河道。东吴的宫城，西边的运渎，东边的青溪，北边的潮沟，南面的秦淮河，形成了这么一个环绕着建业的护城河。”
唐代文献《建康实录》记载：“潮沟，吴大帝所开，以引江潮。接青溪，抵秦淮，西通运渎，北连后湖。”这是说，潮沟是孙权在位时开凿的。
南京市地方志学会副会长薛冰说：“它的目的是把长江的水通过玄武湖引到潮沟里，而这个水接到运渎里，就保证了运渎的水流能够行船。”
初夏阳光下幽深的湖水，折射着五光十色的光芒，隐隐有一种高深莫测的意味。当时，挖通了今天北极阁与九华山之间最低的地方，将玄武湖的水引入以今天大行宫、新街口为中心的南京城里。今天潮沟最主要的部分已经不在了，但这条人工河在东吴末年进行了南延，又开凿出一条支流，也就是现在的珍珠河。
珍珠河河深水广，由清凉山泛舟，可直达鸡鸣山。相传南朝陈后主与宫人乘彩船在潮沟取乐，忽然天降暴雨，雨水落在河面上，陈后主指着水泡说：“此乃满河珍珠也。”于是下令改潮沟为“珍珠河”，此名一直沿用至今。
孙吴都建业图(www.xing528.com)
武庙闸，位于玄武湖解放门附近。这座至今依然还在使用的水闸，历史最早可追溯到三国东吴时期：当年为吴后主孙皓引玄武湖水进宫所用，后来到了明初，朱元璋利用秦淮河和玄武湖等水系作为护城河，也为了控制城内河道的水位，在秦淮河、玄武湖及其他河流入水口处，设置了水关、涵闸、涵洞20多处，其中最为著名的就是武庙闸以及东水关、西水关。
王凯说：“武庙闸，到现在还在为我们服务，我们还在利用这个涵洞从玄武湖调清水到秦淮河流域，改善秦淮河水环境。”
武庙闸由两个半圆形闸道组成，其工程设计在当时是世界一流水平，是南京使用时间最长的水闸。
武庙闸旁的铁和尚塑像，还伴随着一个传说。相传，很早以前有一水怪藏身玄武湖底，常在凌晨时浮出水面兴风作浪，危害黎民百姓，搅得金陵城不得安宁。于是百姓去鸡鸣寺焚香，祈求菩萨解救。是夜，菩萨显灵，锁水怪于湖中，约定五更三点将其释放，但金陵城只打五更不敲三点！为防止水怪挣脱锁链再次危害百姓，于是铸了一尊赤身铁和尚置于闸口，永镇水怪。
武庙闸沟通了玄武湖和东吴宫城南面的秦淮河，而宫城西侧的运渎除了护城之外，更主要的功能是专运皇粮。宫城东侧的“青溪九曲”则是当年著名的“金陵四十八景”之一。
薛冰说：“青溪是东边的一个水道。东边的这个河流从紫金山上下来，下来以后是弯弯曲曲的，经过明故宫，进明故宫之前要到燕雀湖，接着再往西南走。最后到哪里呢？到了夫子庙的淮清桥，古名‘青溪大桥’。淮清桥就是因为是青溪和秦淮河汇合的地方，就叫淮清桥了。”
武庙闸
李春海说：“因为过去的皇宫，除了观赏，还需要进行防御的。所以湖和河是城墙以外一个非常好的防御手段。一般来说，古人在城的外面都会有护城河，过去都是穿盔甲，有了河以后进攻就会有很大的不便。像南京城内有些河和湖，能起到交通运输的作用，还有一些可能起到一个净化作用。因为城市里面的水除了运输和给人吃以外，一个很重要的作用就是净化功能。如果这是死水的话可能形成瘟疫。”
古代的大交通首先是由水系决定的。从交通地位上而言，最重要的是长江与海洋，为此，南京素有“江海交汇”的大交通战略地位，是贯通东西方“海上丝绸之路”的重要节点城市。如果没有秦淮河水系在古代南京发挥的大交通网络建构作用，就不会有南京作为中国古代都城的文明地位和持续繁荣。
李春海说：“由于秦淮河的流域面积相对较大，承载能力比较强，就形成了南京这个城市独特的特点。就是能够承载比较大的城市发展，同时又处于交通要道当中，所以在长江中下游地区来讲，这个城市是比较独特的。”
通览整个中华文明历程，孙权定都建业以后江南的崛起，是中国历史上的重大事件。而正是秦淮河，强劲地助力了这一进程，开辟了长江文化板块乃至中国发展的新格局，使中国的政治中心城市走出黄河文化板块的一元格局，开启了多元竞美的中国都城文明的新时代。
武庙闸位置图
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