明清成都官学以外的书院勃兴，是成都文化史上值得重视的一个领域。
（一）元明两代的书院
元明两代继宋代以来由民间创办书院的余绪，成都开办了有地方文化特色的书院。元初，蜀帅纽璘奏请以文翁石室、扬雄墨池、杜甫草堂列入学官，并捐资修建石室、草堂、墨池书院。[1]元罗焘《成都赡学田记》对学田制度作了阐说：
（元代）列圣绳承，诏郡国崇学，给田养士，以风天下。成都在蜀为会府，昔以武定，故所授多莱田。少中大夫赵公世延使指蜀道，悯士习之颓弊，教养道息，无以承流宣化，乃选秀民年二十上下者，复其身，补弟子员。定章程，树令于学，以明经治行为业。步其地，得其田，得其亩，制其域，如市地法，会其利入，岁以为赡学永业。所输入廪，师弟子有度，所司时其出纳焉。
明弘治中，巡按御史姚祥在杜甫草堂附近开设浣花书院，先设于草堂后，因游人喧哗，移建草堂前。嘉靖十二年（1533），成都草堂浣花书院旧址重修少陵书院。正德时，垣败屋颓，布政使熊相命成都知县张纶重修。同时，还恢复重建了石室书院。正德十三年（1518），提学佥事王廷相建大益书院（在今书院街）。嘉靖三年（1524）四川巡抚许廷光修，嘉靖十三年（1534）巡按熊爵等重修。[2]
明代书院的经费来源虽与官学无异，但其办学形式与内容均与官学有别。书院“多以名贤遗址为之。其在蜀者，比如北岩（程颐贬谪涪州著书处）、紫岩（宋张浚在绵竹的读书地）、青莲（李白在江油的故居）、金华（陈子昂在射洪的故居）书院，皆名人遗址。元明成都的四个书院中，文翁、草堂、墨池书院也都建立在前代名人遗址上。选择名人遗址作为书院之址，具有光大前贤业绩、激励后学奋发的重要意义。书院的规模虽无官学庞大，但一般也有讲堂、藏书楼和斋舍，还辟有祭祀先师圣贤的堂庑。书院山长不由官府委任，而往往聘请饱学之士执掌。书院教学较少受封建官府干预，学术空气比较浓厚，学生思想活跃，关心时政，臧否人物，因此引起物议，有人认为“书院之建，非制也”（嘉庆《四川通志》）。南轩书院在汉州城西房湖北，始建于明嘉靖元年（1522），由成都府丞尹兖创建。万历五年（1577），张居正正式提出革除宇内书院，目的在于“毋使诸生聚议”（嘉庆《四川通志》），成都书院也因此遭到查禁。
（二）清代开办的书院
清初，成都文化教育开始恢复发展，在重建官学的同时，书院也渐次兴建。举其要者如下。
1.锦江书院。
康熙四十三年（1704），四川按察使刘德芳为振兴蜀学，培育人才，在文翁石室遗址之上，成都府学之旁重建讲堂斋舍，取名锦江书院。刘德芳在《锦江书院碑记》中记载：
今建此（锦江）书院，延访贤士，可为人师者主其席，定课试之，约筹膏火、廪饩之资，日与诸生揖让、讲习乎其中！将见蜀之士皆蹈徳咏仁、追前贤懿轨，上达天子升平文治之功，以无孤我公之教，且以继石室之流风于无穷。俾后之周览学舍，自文翁以来，上下千百余年，其间之建而废、废而兴者，仅公继高公而三。政教盛衰，视乎其人，顾不重欤！遂为之记，一垂永久，而告来者。
于是，锦江书院成为四川最有声望的学府，“为通省作育人才之所”，开办时，“驰檄各庠，拔取才隽，延师教授之，其时之负笈来游者盖踵”。锦江书院师资和学生质量要求很高，“为全川书院之首，规制崇宏，它无与比，名师较多，人才辈出”。
在教学方面，锦江书院仿北宋王安石创立太学三舍办法。将院生划分为三舍，始入书院学生为外舍，以后每月、每年参加课读考试，成绩优秀者逐年升迁，经内舍、下舍而卒业。锦江书院学生名额，最初正课50人，附课50人，外课根据成绩和正附课人员名额盈亏情况而定，约20人，为候补性质。正课月给米一斗五升，银一两五钱；附课生减半；外课生不给津贴，属自费性质。(www.xing528.com)
由于社会经济的恢复和发展，成都文化教育出现繁荣局面，教育事业中富有特色的书院受到官方重视，开始纳入地方要务。康熙六十年（1721），锦江书院规模扩大，在四川提学使方觐主持下，增修了讲堂学舍，招生名额有所增加。雍正十一年（1733），清廷谕令北京设金台书院，各省省会设立书院一至二所。于是，锦江书院成为全国规定的22所书院之一，书院条件因而有了改善，学生学习、生活津贴一律由官府划拨的学田开支。乾隆三十九年（1774），四川总督文绶、布政使钱鋆等，再次扩建书院讲堂，并增置学田地产，作为书院常年经费，书院办学经费有了可靠的保障。嘉庆十九年（1814），成都知府李尧栋又增修讲堂于石室之后。道光二十八年（1848），书院学生名额增加，正附课各60人，外课约30人，共约150人。咸丰七年（1857），院生名额又有所增加，附课学生名额扩大28名，正附课生共计148名，加上外课生52名，总额达到200名。
锦江书院教学讲求治学方法，“先经义而后时文”，要求学生从经义入手，认真读书；同时，注重学生品德修养，“先行谊而后进取”。开设课程，有《古文辞》，“十三经”“廿二史”《资治通鉴纲目》《御纂经解》《性理》《历代名臣奏议》《文章正宗》五言八韵诗等。书院学风良好，尊师重道，“石室云霞思古梦，锦江风雨读书灯”，正是当时读书环境的写照。为了保证高水平的教学，书院延聘许多经学大师和著名学者主持教学，先后担任讲席的名家有彭端淑、高白云、杨彦青、姜尔常、敬华南、张普生、侯度、易简、杨锡麟、李惺、顾汝修等，其中雍正十一年（1733）进士、丹棱人彭端淑，嘉庆二十二年（1817），进士、垫江人李惺，均先后在书院执教20年。名师出高徒，锦江书院在乾、嘉时期造就了许多人才。乾隆二十四年（1759）书院诸生中乡试者十余人，著名“锦江六杰”绵州李调元、崇庆何希颜、成都张鹤林、内江姜尔常、中江孟鹭洲、汉州张云谷，以文章著于时，都是锦江书院廪生。当然，由于科举制的影响，锦江书院不可能成为世外桃源，它也不能不服务于腐朽没落的“仕途经济”，书院规定月课仍以八股制艺为主，经史、道德沦为附庸。为了将锦江书院置于封建文化专制主义的严厉控制之下，嘉庆二十四年（1819），四川总督蒋攸铦还专门指定《锦江书院条规十条》，虽在整饬纪律方面有积极作用，但在根本上是维护封建道德、钳制士子思想，使锦江书院师生不能越雷池一步。
2.潜溪书院。
潜溪书院在成都外东五养乡（静居寺侧）。乾隆十二年（1747），华阳县令安洪德为满足士子求学热望，于成都外东五养乡创办潜溪书院。因为院后有明代文学家宋濂之墓，故定名为潜溪书院，以表追思纪念之意。据嘉庆《成都县志》，书院开办之后，“延名师，设讲席，集生徒，朝夕肄业于其中”，“一时负笈者户外之履满焉”。潜溪书院执教者多为知名人士，其中，新都杨凤廷（乾隆丙辰举人）博览群书，精通《易》学；江西上元县马秉肃（贡生），游蜀有年，其诗文有法度，工书法；江陵朱云焕（乾隆辛卯举人），曾任永宁县令，主讲潜溪书院数十年，著有《浣花溪锦集》；遂宁张问安（著名诗人张问陶之兄，乾隆戊申举人），以诗知名，著有《小琅嬛集》《亥白诗集》。由于这些名师的辛勤努力，潜溪书院成为著名学府。
道光十三年（1833），华阳知县高学濂以潜溪书院距城太远，每逢阴雨，道路泥泞，官长生徒行走不便，于是集资购置梨花街屋宇一区，改建讲堂，将师生迁入新校教学，同时，重订潜溪书院章程，从县财政中划拨书院经费，将书院置于官府直接控制之下。光绪二十九年（1903），教育改革中，潜溪书院直接改为华阳县小学，以后又升为华阳县中学堂。
3.芙蓉书院。
芙蓉书院创办于嘉庆六年（1801）。据同治《重修成都县志》，成都知县张人龙重视培育人才，认为“化民须隆学校，教士应首重师儒”，首倡募捐兴学，自捐银200两，集绅耆募资7000余两，与县儒学教谕王子诏在北署袜街拐枣树购民房一所（今帘官公所街省建一公司），动工修建书院，命名芙蓉书院。书院占地不大，但规模齐备，“自门而庭，而讲堂，而山长书斋、诸生书院，共三十余间”。并购置水田200余亩，“为修圃膏火之资”。芙蓉书院办学认真，其课程设置虽也是经史时艺，但考得严格，“与锦江（书院）、潜溪（书院）遥相辉映”。
4.墨池书院。
墨池书院重建于道光元年（1821），据同治《成都县志》，四川学使聂铣敏游览“扬子云洗墨池”，生思古之幽情，决心在先贤故址重建书院，以补锦江书院之不足，“继文翁之兴学，复子云之遗迹”。首倡集资办学，自捐俸禄，购得墨池故处前剑南道郑氏私宅三大院，房屋200余间，空地数亩，重修院舍。将中院作为墨池书院，左院为东园，右院为廉泉精舍。经过增修补建，房舍作为讲堂、学舍，其余亭榭作为游览之所，园圃栽培蔬菜，庭院广植花卉，环境幽静，别具洞天，“较之锦江（书院）规模又有别焉”。学者在此环境，既可静心读书，又有游赏雅趣，是成都书院中独具特色的读书佳处。墨池书院在温江白家碾有学田70余亩，还有数量较多的房屋铺面，田租铺税收入丰裕，足供书院修圃膏火之费。道光元年以后，学生参加乡试，多人中式，足见其教学效果良好。
道光二年（1822），聂铣敏去职后，墨池书院一度衰落，“奈事无专主，不肖之辈从而破坏之，各种什物、图书大量失散，房舍、亭榭益剥落倒塌。”道光十三年，聂铣敏之子聂有湖、聂有浣派人来川，将书院房契交成都知县，作为公所，什物、舍宇价值万金，均移交知县。以后，书院经费无着，陷入困境。书院日益衰落，“向之月榭风亭渐为荒烟蔓草，向之净几明窗，今且破瓦颓坏矣”。咸丰二年（1852），地方当局打算将帘官公所迁到墨池书院[3]，士绅反复恳求，愿意将原芙蓉书院作为帘官公所，辟墨池书院多余之地为芙蓉书院。经官方批准，芙蓉书院从拐枣树迁入墨池书院西侧，中间划墙为界。帘官公所则占用了拐枣树芙蓉书院旧址。
此外，尚有元音书院、八旗少城书院、景贤书院、万春书院、繁江书院、绣川书院、龙门书院、岷阳书院、唐昌书院、岷江书院、九峰书院、凤山书院、崇阳书院、通津书院、方亭书院，名重一时，培育了不少青年才俊。
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