元朝末年，皇帝贪图享乐，官员贪恋权势和财富，统治异常黑暗。从元武宗海山起，元朝就处于内部争斗的混乱之中。皇亲国戚们为了争夺皇帝宝座，大打出手。官员们为了争夺权力，互相倾轧，让大量国家财富流入自己的口袋。
元惠宗时期的贪污腐败现象是最为严重的。元朝的皇帝对蒙古贵族们无节制地封赏，还开展大规模的佛事活动，花掉了国家很多钱。中央政府的国库空了，朝廷就去发行纸币，增加赋税，这样导致了通货膨胀。针对地方上买官卖官的现象，皇帝派中央的官员下去查访。但是，这些中央官员因为收了好处，便睁一只眼，闭一只眼，同流合污。除此之外，还有蒙古王爷在地方上占有了大量的土地，给老百姓耕种的时候总要附带各种苛捐杂税。有的王爷干脆派人到农民那里去强取豪夺。
这令老百姓的生活苦不堪言。可元政府还偏偏把人民分成四个等级：第一等是蒙古人；第二等是色目人；第三等是汉人；第四等是南人。可元朝统治的是整个中华大地，在中原地区，汉人与南人的数量庞大。这样的民族歧视与压迫，必然会遭到反抗，形成大规模的农民起义便成为必然。
我们完全可以这样认为，当时的元朝社会已经千疮百孔了。天灾接连不断发生，更加坚定了老百姓谋反的决心。反正大家团结起来反抗元朝也是死，饿肚子闹瘟疫也是死，很多人便想要搏一搏。于是，农民起义在元朝大规模展开。
在河南，赵丑厮与郭菩萨以弥勒佛之名发起的农民起义，可以被看作元末农民起义的开端。接着诸如广东、河南、江西等地，爆发的农民起义皆以佛教为名，虽然起义规模不算太大，但次数很多，总有数百次。这让元朝统治者头疼不已，更加重了对农民起义的镇压力度，以及对汉人和南人的防范与迫害。
1350 年，在脱脱命人整治黄河时，爆发了韩山童、刘福通等人领导的红巾军起义。红巾军最初以白莲教的名义，号召人们加入反抗元朝的队伍之中。这下，元末农民起义成了全国范围内的大起义。韩山童在元军的镇压下牺牲了，刘福通继续组织起义军坚持抵抗。
想要反抗元朝的老百姓随处可见，刘福通随随便便就能召集到很多人跟着他一起造反。尤其是元惠宗把脱脱的兵权给拿走之后，很多人看到了元朝亡国的必然，更是死心塌地跟着刘福通，要把元朝打败。
1355 年，刘福通的红巾军打出了大宋的旗号，还让韩林儿当上了大宋的皇帝。然后，刘福通开始北上，将河北、山东等地的元军打败。刘福通的大军甚至打到了元上都，连高丽都被他两次攻入。同时，湖北、陕西、四川、甘肃、宁夏等多个地方都被红巾军攻下。刘福通还在汴梁建立了都城。(www.xing528.com)
元朝统治者更加重了对农民起义的镇压力度，以及对汉人和南人的防范与迫害。
这时元政府又看到了汉人与南人的利用价值，开始借助中原地主武装的力量，来抗击红巾军。因为红巾军中的大部分人是贫苦的农民，这些中原地方势力也很担心和害怕他们造反，会威胁到自己的利益。因此，有些大地主就开始帮助元朝，一些原先跟红巾军一起反元的汉族地主转而倒戈去与红巾军作战，张士诚就是这样一个人。当然，还有不少汉族地主在一旁观望着战争局势，想要瞅准机会，再去捞好处。
元政府联合中原地主们打击红巾军，取得了一定的成效。刘福通率领的起义军渐渐被动起来。后来，张士诚把刘福通的起义军团团包围，刘福通最终死去，倒是张士诚的力量得以继续壮大。除此之外，徐寿辉在杭州领着红巾军反抗元朝，打了很多胜仗，并且派人把四川和云南的很多地方占领下来。
只是红巾军在与元军对抗的同时，其内部各势力之间常会发生争斗。为了争夺地盘和利益，他们大打出手。最终让元朝灭亡的朱元璋，就在这样的混战环境中成长起来。朱元璋经过战争的历练，其实力不断发展壮大。他开始跟着红巾军抗元，后来自己逐渐独立出来，从南京向外四处征战，将皖南和浙江东南部占领下来。
朱元璋在自己的领地内养精蓄锐，操练兵马，储备军粮。他这些治理地方的政策很得民心，比起张士诚等已经向元朝投降的大地主，老百姓对朱元璋更加拥护。随后，朱元璋在打败了陈友谅、张士诚等对立势力后，取得了江南地区的控制权。紧接着，朱元璋就要带兵向北，与元朝展开大战了。
这支由朱元璋领导的北伐军队，纪律严明，先是在山东、河南、陕西等地打败元军，然后步步逼近元朝都城元大都。都城内的元朝皇帝元惠宗，赶紧狼狈逃跑到了元上都。朱元璋就这样带兵攻陷大都，建立了明朝，当上了明朝第一个皇帝，也就是历史上的明太祖。曾经在中华大地上繁盛一时的元朝，就这样退出了中原，返回到了北方。
不过即便是这样，元末农民起义的战火依旧在燃烧。元朝皇帝没能成功平息叛乱，就连朱元璋登基后，前前后后也用了大约20 年的时间才将农民起义军陆续消灭，同时对逃亡北方的元朝皇族进行追杀。这时候元末农民起义才算真正结束了！
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