孙希旦征引朱子，有与清儒相同者。其中引文最长的是宗庙、性之动静和鬼神魂魄三处。
《王制》篇“天子七庙、诸侯五庙、大夫三庙”章引《中庸或问下》长达1 500余字，[23]征引时将提问文字隐去。《中庸》第十八章“无忧者其惟文王乎”和十九章“武王、周公其达孝矣乎”言“达孝”，以文、武、周公为例，说明善于继志述事、光宗耀祖，就是孝之大者。由此衍生出宗庙昭穆之礼的问题。
朱子对宗庙昭穆制度十分关注，他这段文字分4层意思：先说明昭穆方位朝向，昭南面而向明，穆北向而深远；再说明新神主祔庙后昭穆的变化方式，应昭常为昭，穆常为穆；再说明昭穆分左右，不分尊卑，昭常在左，穆常在右；最后说明天子七庙之制。又撰《论古今庙制》及《汉同堂异室庙及原庙议》，[24]裒辑典籍中论及庙制的文字，提出昭穆的设置和毁、迁、祔的原则。又有《禘祫议》《祧庙议状》《面奏祧庙劄子》《议祧庙劄子》《祧庙申省状》《再申省状》《别定庙议图说》讨论宋当代庙制问题，又有《答陆子寿》《答许顺之》《答胡伯量》《答李继善》言祔礼，又有《答廖子晦》《与吴晦叔》《答王子合》《答万正淳》《答吴斗南》言庙制。
在朱子看来，设置宗庙，摆放神位，并排定位次，是祭礼首要之事。朱子虽未亲自编纂祭礼，但关于祭礼的设想在《答吴伯丰》中表述甚明：排在第一的就是《庙制》，后面依次为《特牲》《少牢》《有司》《祭义》《九献》《郊社》《祭统》。他还提出一种设想，在《庙制》之前再别立《祭祀》一篇，凡统言祭祀者皆附入。[25]
为何朱子如此关注昭穆问题？因为经学家治礼经，无法逾越这个问题。昭穆反映的是尊卑长幼次序等社会基本问题，与继承制、亲属称谓、社会治理密切相关。昭穆制与周以来的嫡长子继承制存在矛盾，祭礼中又必须序次昭穆，带来无可避免的操作上的困难。宋代君王又有兄终弟及的情况，在这个问题上存有较大争议。作为一位重礼的道学家，朱子不能不明确表达自己的观点。另外，朱子将天子、诸侯礼列为《祭统》，士大夫之祭归于《祭义》，体现了以天子之制作为规范，为诸侯、大夫、士之祭礼订立原则的意图。朱子关于宗庙的观点得到很多支持。清《礼记义疏·王制》全引，《周官义疏》卷十九《春官宗伯三之三》全引，清张叔珽（1666—1734）《九庙考》全引；秦蕙田《五礼通考》卷一百九引“大夫三庙”一节，晚清黄以周《礼书通故》征引一节。说明朱子关于宗庙昭穆的观点在清代被广泛地认同。
又，《乐记》“人生而静天之性也”章，主要征引朱子《乐记动静说》约880字。[26]朱子逐句解释此章，第一句讲性情之别，第二句讲性情之动，第三句讲反躬以求天理，第四句从反面讲不反躬自省的危害。总体而言，朱子认为，天理人欲之间，应当反躬自省，存养自固。后面还征引了两条，皆出自《朱子语类》卷八十七，强调应该“自有主宰”，[27]不为外物所诱。朱子的性理之学，对元明清儒者影响极大，论述者众多，此处不再赘述。
又，《祭义》“宰我曰吾闻鬼神之名”章，征引朱子4条计350余字。孙希旦认为：“夫子乃专以气与魄言之者，盖宰我所问者祭祀之鬼魄，故夫子专以其在人身者言之，以明报气、报魄之礼所由起也。”然后征引朱子予以申说。所引四条，第一条言神与魄，第二条言气与神鬼、魂魄之义，引孔子、郑玄、高诱言。第三条以阴阳言魂魄。第四条言魂魄为形气之精英。一、三、四条是朱子诠释《祭义》的文字，第二条是朱子《楚辞辨正》中文字。朱子言鬼神魂魄的文字甚多，《朱子语类》卷三专言“鬼神”，《文集》一些书信中也有讨论。《礼记义疏》此章征引朱子文字更多，计1 000余字，孙希旦征引这四条都在其中。
由此可见，宗庙、性之动静与鬼神魂魄气这些概念，是宋元明清儒者非常关注的，清儒也普遍认同朱子的观点。(www.xing528.com)
孙希旦征引朱子有与清儒相异者，如《表记》“情欲信辞欲巧”章，争议在“巧”字。郑玄认为巧谓顺而说。孔颖达解释说：君子情貌欲得信实，言辞欲得和顺美巧，不违逆于理，与巧言令色者异。郑、孔都将“巧”理解为和顺美巧，令人愉悦，同时又指出这种和顺美巧与《论语》所言“巧言令色”是不同的。为什么不同？没有申说。
陈澔《礼记集说》此章注曰：“巧当作考，即《曲礼》则古昔称先王之谓，否则为无稽之言矣。”《礼记义疏》按曰：“考古文作丂，此字误耳。情见乎外谓相接之，蔼然可见处考成也，谓自验其实。记者以此结上四章，盖情而信则不以色亲人，辞而考则不以辞尽人。不以口誉人，必无口惠而实不至者矣。”将“巧”训为“考”，也是为了与《论语》“巧言令色鲜矣仁”的批评保持一致。如果“巧言令色”是不好的表现，那么“辞欲巧”就不对，所以只能是“辞欲考”。这样训诂是否有文字学依据，尚不可知。
孙希旦赞同郑注孔疏，并不采信陈澔及三礼馆儒之说，他说：“孔子恶巧言，谓其无诚心而徒致饰与言者也。此云‘情欲信’，则其心固已有其实矣。但恐恃其信而发为言者或失之鄙朴，或失之径随，故又欲其巧。巧，谓善达其情，而非致饰于外也。”[28]然后引朱子《巧言令色说》证之曰：“容貌、词气之间，正学者持养用力之地。然有意于巧、令，以悦人之观听，则心驰于外而鲜仁矣。若就此持养，发禁躁妄，动必温恭，只有体当自家直内、方外之实事，乃是为己之切，求仁之要，复何病乎？故夫子告颜渊以克己复礼之目，不过视听言动之间，而曾子将死之善言，亦不外乎容貌、颜色、辞气三者而已。夫子所谓‘逊以出之’，辞欲巧者亦其一事也。”[29]
朱子也想将看似矛盾的两句统一起来，作一个两全其美的解释。“巧言令色”在《论语》中两次出现，（一）“巧言令色鲜矣仁”（《学而》篇）；（二）“巧言令色足恭左丘明耻之”（《公冶长》篇），都是被否定的。前者朱子注曰：“好其言，善其色，致饰于外，务以说人，则人欲肆而本心之德亡矣。”意思是说“巧言令色”的问题出在有意讨好人，其好言善色缺乏诚意。朱子所言“夫子所谓‘逊以出之’，辞欲巧者亦其一事也”如何理解？“逊以出之”出自《论语·卫灵公》，原文是“君子义以为质，礼以行之，孙以出之，信以成之。君子哉！”意思是出之必以退逊，即为人应当谦退。“巧言令色”、“逊以出之”与“辞欲巧”如何是一事？此三者都是日常生活中应对进退之礼仪，朱子认为，人应当在日用常行中持养，敬以直内，义以方外，居敬穷理，内心始终保持戒慎恐惧的态度，外在表现自然合乎天理仪节。这与《四书章句集注》的主体精神是一致的。
又如《曲礼》“并坐不横肱，授立不跪”章，《礼记义疏》广引郑注、孔疏、方悫、陈澔、徐师曾、陈祥道、姚舜牧之言，而不用朱子之说。这些儒者观点的共同点是强调尊卑之间的授受，孙希旦不支持尊卑授受的看法，而是征引朱子《跪坐拜说》，[30]从跪坐拜的古今称谓辨析和行礼动作的协调性来诠释此章。朱子有《跪坐拜说》，又有《周礼太祝九拜辨》，表明他非常重视辨析跪、坐、拜三者之间的异同，因为跪、坐、拜是冠、婚、丧、祭、朝、聘、燕、饮等礼仪中的最基本动作，是行礼必须弄清楚的细节问题。
孙希旦征引朱子与清儒相同者，可见朱子礼学在清代被普遍认同的部分；与清儒相异者，可见朱子礼学在清代存有争议处。反映了朱子礼学逐渐从思想权威回归学术一家之言，可以质疑，可以争议，可以批评。
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