顺治三年（1646）正月，钱谦益被清廷授予礼部右侍郎之职。这样的一个官职，离他的期望太低了。受到冷遇之后，他对清朝统治者也失望了。五个月之后，他离开了北京，带着悔恨之心回到了家乡常熟。人们送他一副对联，写道：“南北三朝元老，清明两代词臣。”到此钱谦益知道，自己并没能落得五代时期冯道那样政坛“不倒翁”的实际好处，却得了跟冯道一样的骂名。他的投降也违背了父志。康熙《常熟县志》记载说，他的父亲钱世扬“志节激昂，好谈古忠节奇伟事，每称述杨忠愍、海忠介诸公，嚼齿奋臂，欲出其间，尝戒子谦益必报国恩，以三不朽自励，毋以三不幸自狃”。三不朽，指立德、立功、立言，除了立言之外，立德、立功于钱谦益全然无干。即便立言，也未必顺利。钱谦益的文学，自然在明清之际为人景仰，然而他一直以来的为明朝修国史的愿望并未能完全实现。钱谦益是有史才的。他在明天启四年开始作《皇明开国功臣事略》，天启七年完稿。他还写过《国初群雄事略》，记载元末明初起事诸雄的历史。他还写过《太祖实录辨证》之类考异的著作。在南明弘光元年三月，他一度上疏要退居林野，请朝廷允许他在自己家开馆修《明史》，没能得允。入清之后，修史的打算依旧没能得到清朝政府的支持，他只能以一己之力尝试修史。然而，他私修的《明史》二百五十卷在顺治七年（1650）冬天绛云楼的一场大火中也化为灰烬。
清朝统治者并不完全信任他。顺治四年（1647），钱谦益被怀疑与山东起兵案有牵连而被捕，后经柳如是斡旋出狱。顺治五年，抗清志士黄毓祺被捕，后查出黄毓祺曾在钱谦益家中居住，“且许助赀招兵”，钱谦益因此又被捕，次年春才出狱。据说案情侦办下来后发现，黄毓祺将起义前曾“遣江阴徐摩致书钱谦益提银五千，用巡抚印钤之”，但钱谦益心知其事不密，必败，拒绝提供资助。不过，此狱过后，明朝遗民转而同情起钱谦益来，纷纷前来慰问，给钱谦益于悔恨之余带来了新的慰藉。从此，他的诗文中反映出来与清廷的距离更远，而离遗民的心绪更近了。正因为此，后来的乾隆皇帝在乾隆四十一年（1776）指斥钱谦益等人历事明、清两朝，是没有骨气的“贰臣”，要求修史时将钱谦益等人列入《贰臣传》。也正因此，后来多有为他曲讳的声音，说他当初的投降是为了之后的反清复明。钱谦益的学生瞿式耜甚至在上南明永历皇帝的奏疏也还谈到钱谦益与南明暗中联系之事。易代之际的史料，错综复杂，难辨真伪，但想来那种由悔恨而来的故国之念，是真切的。章太炎先生《訄书》中公允地说：“初明之亡，有合肥龚鼎孳、吴吴伟业，皆以降臣善歌诗，时见愤激，而伟业辞特深隐，其言近诚。世谓谦益所赋，特以文墨自刻饰，非其本怀。以人情恩宗国言，降臣陈名夏至大学士，犹拊顶言不当去发，以此知谦益不尽诡伪矣。”同样是降臣，同样是明清之际文坛的风云人物，龚鼎孳、吴伟业的诗歌中也常见愤激之音，降臣陈名夏官至大学士而内心深处依然抵制清朝薙发的政策，降臣和遗民的复杂心态，在那一批人的心中是共存的。因此，钱谦益诗文中流露出的故国之思，真非掩饰，而是自然的心态流露。康熙三年（1664）五月二十四日，八十三岁的钱谦益病卒；六月，因为族人之欺凌逼债，柳如是自缢。党争、国难之后，继之以“家难”，而易代之际的爱情，在复杂的政治与形势中磨砺二十年后戛然而止。(www.xing528.com)
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