清代台湾是汉族和少数民族高山族等居住的地区。顺治元年（1644）清朝建立后，台湾尚被荷兰殖民者强占。康熙元年（1662），民族英雄郑成功收复台湾，结束了荷兰殖民者对台湾38年的殖民统治，郑成功及其后代在台湾设置行政机构，有效管理台湾地区。康熙二十二年（1683），清政府结束郑氏在台湾的统治，收复台湾，台湾成为清疆域的一个组成部分。清政府收复台湾后，设台厦道管理台湾及厦门地区，设道员1人，按司狱1员，典吏数人。雍正五年（1727），“加福建兴泉道巡海道衔，移驻厦门，改台厦道为台湾道，添设台湾府通判一员驻澎湖，裁澎湖巡检一员”。[60]乾隆五十一年（1786），台湾道加按察使衔。康熙六十年（1721），正式设立巡视台湾监察御史满汉各1员。
清政府除了往台湾派遣御史外，还在台湾设立府县，直接管理。康熙二十三年（1684），清政府在台湾设立1府3县：台湾府、台湾县、诸罗县（乾隆五十二年改为嘉义县）、凤山县，府设知府1员，海防粮捕同知1员，经历司经历1员。台湾知府在福建巡抚直接管理下，总领台湾各属县，宣布国家政令、治理百姓、审决讼案、稽查奸宄、考核属吏、征收赋税；海防粮捕同知后改名为台防同知，隶属于知府，职掌进出口船舶考察，兼理台湾、凤山、诸罗三县司法事务。雍正元年（1723），增设淡水同知1员，稽查北路兼督彰化捕务。雍正五年（1727），改设澎湖通判1员。[61]
光绪十三年（1887），清政府在台北设立台湾巡抚衙门。光绪十四年（1888），台湾正式建省，刘铭传为首任巡抚，称“福建台湾巡抚”。设台湾府，辖4县1厅；台北府，辖3县2厅；台南府，辖4县1厅，另设台东直隶州。光绪二十一年（1895），台湾被迫割让给日本。[62](www.xing528.com)
清以少数民族的身份入主中原，统治下的民族关系极为复杂，统治者吸收前朝的经验教训，在不改变边疆民族地区原有的行政制度、风俗习惯、宗教信仰以及社会组织形式的前提下，以中央政府对边疆地区进行有效统治为根本保证，结合自身特点，在边疆各民族地区实行因地制宜、“因俗而治”的民族区域统治，既体现“一体共之”的精神，又区别对待，使周边地区包括蒙古、新疆、西藏、台湾等真正成为中国版图中不可分割的一部分。
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