清代西南地区包括云南、贵州、四川、广西及湖广5省，该地区内生活着众多的少数民族，如彝族、白族、苗族、壮族等。清朝统一西南以后，保留了当地的土司制度，但随着顺、康时期中原与西南政治、经济关系的加强，土司制度的割据性严重阻碍着清朝中央集权的统治。于是雍正初年在西南地区大力推行“改土归流”措施，这一措施打击并限制了土司割据势力，加强了中央和地方的联系。
清代土司制度，土司职衔承明制，仍分为文职与武职，分别注册于吏部和兵部，各有品级，此外还增加了土舍与土目两个土司名目，他们没有严格的文武界限，是土司中最末一等，属于无职衔、无品级的土司。
清代的土司承袭制度进一步发展和完善，首先在承袭人的承袭顺序上做出明确的规定，“嫡子嫡孙承袭；无嫡子嫡孙，则以庶子庶孙承袭；无子孙，则以弟或其族人承袭；其土官之妻及婿，有为土民所服者，亦准承袭”，并且规定承袭人必须年满15岁才能承袭任职，“如有子而幼者，或其族或其母能抚孤治事，由督抚拣委，至其子年及十五岁，再令承袭”。[55]同时为了防止承袭过程中冒名顶替发生，清政府还制定了预定袭嗣的办法，“今后每遇岁终，土官各上其世系履历，及有无嗣子，开报布政司。三年当入觐，则预上其籍于部。其起送袭替时，有争论奏拢者，按籍立办。斯方策既明，而衅端预杜矣”。[56]这些做法收到了良好的效果，在一定程度上保证了地方的安宁，同时更有利于清政府对边疆少数民族自治区的控制。(www.xing528.com)
土司对清政府需要承担交纳贡赋及土兵征调义务。清代土司的贡赋是交办土贡和承担赋税，土贡的交办以3年为期，所贡物品均为各地的土特产，后来也可以折银；田赋的交给多沿用明代的旧额，对于新设的土司则釆取自报估定额度的“认纳”方式，经过地方政府认可批准，一般来说土司地区的赋税比之内地要轻一些。此外，还负有服从朝廷征兵的义务。
雍正四年（1726），清廷釆纳云贵总督鄂尔泰的建议，在云南、贵州、广西等地进行大规模的改土归流，废除世袭的土司制度，改派流官去统治，至雍正九年（1731），5年的时间里共改了309处，基本上完成了云、贵、广地区的改土归流任务，内地的行政制度得以在西南实行。
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