清代北方地区主要是指漠南、漠北蒙古及唐努乌梁海、青海大部分蒙古民族游牧生活的草原地区。早在清军入关前蒙古各部就已先后归附，并建立了蒙古八旗，对不隶属于蒙古八旗的蒙古牧民，清（后金）统治者保留蒙古族固有传统，在蒙古地区旧有的军政体制——鄂托克的基础上参用八旗组织的原则，建立盟旗制进行管理，由中央理藩院掌管。
盟旗制度是蒙古地区的基本社会组织形式。在这一制度下，清政府将蒙古各部重新设“旗”，旗上组成“盟”。
旗是盟之下相对独立的军政合一的社会行政单位，旗长称为札萨克，由理藩院奏请清政府选派旗内最有威望的王公大臣担任，掌管本旗的军政、民政及入京朝觐、年班诸务，履行政府委派的职责；札萨克之下，设有协理台吉2或4人，辅佐札萨克办理旗务。管旗章京1或2人，奉札萨克、协理台吉之命，办理旗内日常事务，如刑讼、司狱和行政工作。梅伦若干名，分为和硕梅伦、地方梅伦，奉协理台吉、管旗章京之命，掌管基层军事、行政事务。此外还设有笔帖式若干名，掌管公文、档案、册记等事宜。旗以下设“佐”，又称箭、苏木，最初负责统辖兵役，150丁为1佐，后来又掌管行政事务，是旗以下掌管兵役、行政的基层组织。1旗内一般有20～40个佐，少者仅有1佐，多者达80、90佐。每佐，设佐领1人，或称箭长、扎兰、苏木章京，负责统辖全佐兵丁，审理编报丁册、贯彻旗的施政方针、征收税课、贡物，征派伕役、调解民事纠纷、传送公文等事项。佐领以下又设有骁骑校、领催等官吏，受佐领之命，承担办理军事、行政事宜。佐以下每10户设1什长，受佐领管辖，贵族则每1家庭，设族长1名，称“努图克达”，掌管旗内事务，直接受札萨克管辖。
清王朝规定各旗定期会盟，合数旗为1盟，盟设盟长，正、副各1人，由各旗中最有威望的札萨克或闲散王公担任，由理藩院奏请皇帝任命，主要职责是3年召开会盟1次，以“清理刑狱，编审壮丁”，[47]战时则奉旨率领所属各旗出征。盟长主持各旗会盟事务，无号令权，但代表皇帝监督各旗，可随时向理藩院告发各札萨克的问题。会盟时，清政府派遣钦差大臣，或者指定当地的将军、大臣和理藩院派遣官吏出席，盟内各旗札萨克必须率领本旗官吏参加。盟内一切重大事件，必须随时向理藩院汇报，由理藩院请旨定夺，同时报告当地驻防的将军、都统、大臣会同处理，盟长无权专断各项事务。
清政府经过稽查户口，在漠南、漠北及漠西蒙古中各自建立了旗与盟。(https://www.xing528.com)
漠南蒙古指内蒙古和套西蒙古，共24部49旗，分为哲里木盟、卓索图盟、昭乌达盟、锡林郭勒盟、乌兰察布盟、伊克昭盟6个盟，[48]分设绥远城将军、察哈尔都统和热河都统统辖。[49]
漠北蒙古通称外蒙古（亦喀尔喀蒙古），共4部86旗，分为喀尔喀汗阿林盟、喀尔喀齐齐里尔克盟、克鲁伦巴尔和屯盟、扎克必拉色钦毕都哩雅诺尔盟4盟，分别由乌里雅苏台将军、科布多参赞大臣和库伦办事大臣管辖。[50]
漠西蒙古即厄鲁特蒙古，又称额鲁特、卫拉特蒙古，共4部65旗9盟，由伊犁将军管辖。
此外，在青海地区设西宁办事大臣，辖青海蒙古5部29旗，诸旗之上不另设盟。还有套西蒙古，包括阿拉善厄鲁特蒙古、额济纳土尔扈特蒙古，地处河套以西，直隶理藩院，也不设盟。[51]
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